Бросая эти страстные вызовы на борьбу с хасидами, старый рыцарь раввинизма был глубоко убежден, что «новая секта», насчитывавшая своих адептов уже сотнями тысяч, ведет и религию и нацию к гибели, ибо раскалывает стан израильской внутри в такое время, когда он раздробляется извне политическими переворотами. Пугал его и разросшийся культ цадиков-чудотворцев, грозивший чистоте верований иудаизма. Гнев Гаона был в особенности возбужден появившейся в том же 1796 году книгой главы северных хасидов рабби Залмана («Тания»), где ярко представлена та мистико-пантеистическая система хасидизма, в которой ревнители раввинизма усматривали богохульство и ересь. В воззвании Гаона были намеки на эту книгу, и автор ее болезненно почувствовал направленный против него удар. Залман откликнулся ответным посланием, где доказывал, что виленский патриарх введен в заблуждение относительно истинной сущности хасидизма, и предлагал противнику устный или письменный диспут по этому вопросу, дабы выяснить истину и «водворить мир во Израиле». Но суровый Гаон отказался спорить с «еретиком». Виленское послание между тем распространялось и во многих общинах вызывало резкие столкновения между миснагидами и хасидами, причем первые обыкновенно были нападающею стороною.
Доведенный преследованиями до крайнего раздражения, кружок хасидов в Вильне позволил себе бестактную выходку. Когда, через год после обнародования своего последнего циркуляра, престарелый Илия Гаон умер (осенью 1797 г.), и вся виленская община облеклась в траур, местный хасидский кружок собрался в одном доме и устроил там веселую попойку по случаю избавления секты от ее гонителя. Эта безобразная демонстрация, совершенная в день похорон Гаона, вызвала взрыв негодования в виленской общине. Вожди ее еще на кладбище, над гробом покойника, поклялись отомстить хасидам. На другой день состоялось заседание кагальных старшин, в котором был намечен ряд репрессий против хасидов. Наряду с мерами, подлежавшими оглашению, как, например, объявление нового «херема» против сектантов, были приняты решения негласные. Особой комиссии из пяти членов кагала были выданы самые широкие полномочия по делу борьбы с ересью; из намеченных способов борьбы, как показали дальнейшие события, не исключались и доносы русскому правительству на главарей секты.
Скоро совершилось позорное дело. К генерал-прокурору Лопухину в Петербурге поступил донос «о вредных для государства поступках начальника Каролинской (хасидской) секты Залмана Боруховича» в Белоруссии и его сообщников в Литве. Ранней осенью 1798 г. местные губернские власти получили от генерал-прокурора царское повеление: арестовать в местечке Лиозне главаря секты, Залмана, и двадцать двух его «сообщников» в разных местах. Залман был экстренно отправлен, «под крепким караулом», для допроса в Петербург, а прочие содержались под стражею в Вильне. Залмана допрашивали в Тайной экспедиции, где рассматривались дела по государственным преступлениям. Ему был предъявлен ряд обвинений: в создании вредной религиозной секты, изменившей порядок богослужения у евреев, в распространении превратных религиозных идей, в собирании денег для посылки на какие-то тайные надобности в Палестину. В допросе сквозило подозрение в политической неблагонадежности узника, в принадлежности его к тайной масонской организации с революционною программой. Обвиняемый дал на все вопросы обстоятельный письменный ответ на еврейском языке. Переведенный на русский язык, ответ Залмана произвел в Петербурге благоприятное впечатление. На основании доклада генерал-прокурора царю Павлу I обо «всех обстоятельствах, оказавшихся при исследовании», последовало повеление: Залмана и прочих арестованных главарей секты освободить, но иметь за ними «строгое наблюдение, нет ли и не будет ли от них каких потаенных сношений или переписок с развратно толкующими о правительстве и образе правления». В конце 1798 г. Залман был освобожден.
Теперь наступила очередь хасидов мстить своим гонителям. Так как виновниками гонений были старшины Виленского кагала, то хасиды решили свергнуть их и поставить на их место своих единомышленников. При помощи денег виленским хасидам удалось привлечь на свою сторону губернскую администрацию. В начале 1799 года они подали местным властям жалобу на кагальных старшин, обвиняя их в злоупотреблениях и растрате общественных денег. Вследствие этого несколько старшин было арестовано и на их место были назначены новые из среды хасидов или их друзей. Виленская община раскололась. Одни стояли за отрешенных старшин, другие — за новых: враждующие партии посылали друг на друга жалобы и доносы в Петербург. Язва доносительства, не случайно развившаяся именно в первые годы русского владычества в Литве, выдвинула на сцену одну уродливую личность: доносчика-раввина Авигдора Хаимовича из Пинска. Бывший раввин Пинского округа, лишившийся своей должности вследствие происков враждебной ему хасидской части общины, Авигдор больше всего скорбел о потерянных доходах. Долгое время развенчанный пастырь тягался с своей бывшей паствой по разным судам; ничего не добившись, он решил отомстить главарям секты, которой был обязан своим разорением. В начале 1800 г. Авигдор подал на имя Павла I обширное прошение, в котором изобразил секту хасидов, как «вредную и опасную» организацию, продолжающую дело прежних мессианистов-саббатианцев; ловкими толкованиями цитат из хасидских книг доносчик старался доказать, что учители секты внушают своим адептам бояться только Бога, а не людей («Бойтесь Творца, а не твари»), следовательно — не бояться начальства и даже царя. Доносу был дан ход. В ноябре того же года рабби Залман снова был арестован в Лиозне и отвезен двумя сенатскими курьерами в Петербург. Здесь заключенный в крепости цадик, после допроса, имел очную ставку с своим обвинителем Авигдором. На предъявленные ему 19 обвинительных пунктов Залман и теперь ответил письменно, решительно отвергая обвинения в непризнании власти правительства, в безнравственности, в сборе денег и устройстве собраний для тайных целей. После допроса Залман был освобожден из-под ареста, но без права выезда из Петербурга до рассмотрения его дела, переданного из Тайной экспедиции в Сенат. Пока в Сенате готовились к разбору дела, произошел мартовский дворцовый переворот 1801 года. На престол вступил Александр I, повеяло новым духом, и 29 марта 1801 г. Залман, по царскому повелению, был отпущен из Петербурга. С тех пор он официально стоял во главе белорусских хасидов до своей смерти в 1813 году.