В этой атмосфере растущей реакции эмансипация евреев была невозможна. Та бюрократия, которая приостановила дело «великих реформ» в общерусской жизни, не хотела продолжать и малые реформы в положении евреев. Тут действовали, главным образом, экономические причины. Освобождение крестьян разорило многих еврейских посредников, заработки которых были связаны с помещичьим хозяйством. Эти выбитые из колеи люди бросились в торговлю и индустрию. Общий хозяйственный подъем в России, в особенности расцвет железнодорожного строительства, открыл широкое поприще для промышленной энергии. С упразднением питейной откупной системы в 1861 г. часть крупного еврейского капитала ушла в новые широкие предприятия; «акцизники» сменились «железнодорожниками», учредителями акционерных обществ, фабрикантами и поставщиками для правительственных учреждений. Нарождалась новая еврейская плутократия, рост которой возбуждал зависть среди русских предпринимателей. Увлеченное насаждением индустрии, правительство сначала не делало национальных различий по отношению к капиталистам, но потом оно стало прислушиваться к крикам русского купечества о «еврейской эксплуатации», как называли еврейскую конкуренцию. Возникла теория «коренного» и «пришлого» населения. В связи с этим поставлен был вопрос: насколько оправдались надежды на русификацию или (по официальному выражению) «слияние евреев с коренным населением»? — и получился неудовлетворительный ответ. Не сбылось наивное ожидание, что после первых подачек, облегчения бесправия, евреи станут массами «сливаться» с русскими. Как ни усилилась в 60-е годы склонность к обрусению в верхних слоях еврейского общества, о такой же тенденции в массах не могло быть и речи. И опять правительство призадумалось: может быть, хитрое еврейство надует и не заплатит слиянием за «дарованные» права? Так получился новый материал для канцелярских размышлений на годы, на десятилетия.
Некоторые явления того времени толкнули правительство на путь усердных розысков во внутренней жизни еврейства. В конце 60-х годов в Литве появился человек, предложивший властям свои услуги в роли сыщика-доносителя. То был крещеный еврей Яков Брафман, уроженец Минской губернии, присоединившийся к православной церкви в молодости, чтобы избавиться от кагальных «ловцов», желавших сдать его в солдаты. Озлобленный против развращенных правительством агентов кагала, Брафман решил мстить кагалу вообще, самой идее еврейской общинной организации. Когда из высших сфер Петербурга дан был лозунг «слияния», ловкий выкрест стал делать карьеру на разоблачении причин, мешающих слиянию. Какая-то записка, поданная им в 1858 г. в Минске Александру II, открыла Брафману двери Святейшего Синода; его назначили учителем еврейского языка в православной семинарии и поручили изыскать средства для устранения затруднений, встречаемых желающими креститься евреями со стороны своих единоверцев. Когда в середине 60-х годов, после подавления польского восстания, дан был лозунг русификации Западного края, Брафман отправился в главный штаб русификаторов, Вильну, и там стал раскрывать перед высшей администрацией края «тайны еврейского кагала». Он уверял, что официально упраздненный в 1844 г. кагал в действительности еще существует как могущественная тайная организация, которая деспотически властвует в общинах при помощи угрозы «херемом» или поощрения «хазакою» (предоставление монополий) и поддерживает в еврейских массах вредную национальную обособленность, вражду к христианскому обществу и правительству. Искоренить это еврейское «тайное правительство» можно только путем уничтожения последних остатков кагального самоуправления: нужно закрыть все особые еврейские общества и союзы и растворить каждую еврейскую общину в местном городском или сельском обществе, — словом, уничтожить еврейство как национальную организацию или «государство в государстве».
Эти идеи новый Пфеферкорн развивал в ряде статей, напечатанных в официальной газете «Виленский Вестник». В особом сочинении «Книга Кагала» (1869—1871) Брафман доказывал существование «тайного еврейского правительства» на основании выписей из старых кагальных пинкосов, из Талмуда и раввинских кодексов, и осветил все это так, как будто русское правительство стоит перед альтернативой: либо разрушить еврейскую общину со всеми ее учреждениями, либо подвергнуть Россию опасности быть завоеванною «всемирным кагалом». К последнему был причислен и союз «Alliance Israelite Universelle», учрежденный недавно в Париже для целей взаимопомощи евреев различных стран. Изданная на казенные средства, «Книга Кагала» была разослана по всем присутственным местам империи, дабы русские чиновники руководствовались ее указаниями и знали, как бороться с «внутренним врагом». Напрасно еврейские писатели в брошюрах и статьях обличали невежество Брафмана и полное извращение роли кагалов в прошлом и настоящем; напрасно боролись против проектов доносчика еврейские делегаты в комиссии, учрежденной виленским генерал-губернатором для обсуждения этих проектов (1869). В Петербурге за виленские откровения ухватились, как за доказательство опасного еврейского «сепаратизма».