Введенная Пием IX полулиберальная конституция не могла водворить порядок в Риме. В ноябре вспыхнула революция: Папа бежал из Рима; созванное национальное собрание, среди депутатов которого были два еврея, провозгласило в Риме республику (февраль 1849); во главе правительства стал знаменитый Иосиф Мадзини. Это правительство в согласии с национальным собранием объявило евреев равноправными. В магистрат города Рима вошли три еврея, избранники населения, между ними глава общины Самуил Алатри. Но недолго суждено было жить новорожденной республике: анархия подточила ее корни. В низших слоях народа стерлась граница между республиканскою свободою и свободою разбоя; город был наводнен всяким сбродом, стекавшимся из разных частей Италии под маской революционеров и державшим население в страхе. Французская армия появилась у ворот Рима. В июне 1849 г. город был взят и возвращен «законному правительству», папской курии, которую уже тогда поддерживал президент французской республики Луи-Наполеон. Правители Рима из коллегии кардиналов, при помощи французского гарнизона, жестоко расправлялись с республиканцами, особенно с евреями, которых они винили в революционизме. Повторился спустя полвека исторический круговорот 1798—1799 годов в судьбах того же римского гетто (том I, § 25). Повторился и печальный финал: возвращение папы и восстановление режима гнета.
Пий IX вернулся в Рим (апрель 1850) совершенно переродившимся. От его прежних либеральных стремлений не осталось и следа. Злобою и жаждою мести дышала новая политика первосвященника религии всепрощения. Евреи подлежали каре за то, что они не удовольствовались папским «благодеянием», снесением стен гетто, а пожелали большего: гражданского равноправия, данного им временной республикой Мадзини. За это Пий IX решил отбросить их назад, к мрачному режиму гетто. Были восстановлены все исключительные законы прежнего времени: запрещение селиться вне гетто, ряд ограничений в занятии торговлей, ремеслом и свободными профессиями (врачи-евреи не имели права лечить христиан); среди специальных податей вновь появился оскорбительный налог в пользу «Дома катехуменов», приюта для приготовляемых к крещению евреев, часто силою или хитростью туда завлеченных. Повторились случаи похищения еврейских детей для крещения. Один из таких случаев получил огласку в прессе и вызвал шум во всей Европе. То было знаменитое «дело Мортары».
В июне 1858 г. отряд папских жандармов, сбирров, ворвался в дом еврея Мортары в Болонье и увел его шестилетнего сына, Эдгара. Выяснилось, что служанка-католичка этого дома рассказала на исповеди священнику, что она во время болезни ребенка тайно окрестила его с целью спасти его душу; священник сообщил властям — и мальчика, как «христианина», приказано было отнять у родителей. Гнусная проделка клерикалов стала известна из газет, и по всей Европе пронесся крик негодования. Протестовали итальянские евреи в свободном Пьемонте; германские раввины с Людвигом Филиппсоном во главе послали Пию IX петицию протеста; в Лондоне состоялся митинг протеста, и Моисей Монтефиоре поехал в Рим, чтобы просить папу о возвращении малолетнего пленника родителям; даже монархи из друзей Папы, Наполеон III и Франц-Иосиф, советовали ему уступить общественному мнению. Но эти протесты и ходатайства только ожесточили Пия IX. Приняв в феврале 1859 г. депутацию от еврейской общины города Рима, Папа накинулся на нее с ругательствами. «Так-то вы доказали свою верноподданность, — кричал он, — когда вы в прошлом году из-за Мортары взбудоражили всю Европу! Вы лили масло в огонь, вы раздули этот огонь, вы настраивали редакции газет. Но пусть газеты пишут, что им угодно: я смеюсь над всеми!» Секретарь общины, которого Папа в гневе обозвал «дураком», униженно оправдывался, выражая сожаление, что газеты раздули дело Мортары вопреки желанию римских евреев, и наконец даже расплакался; но Папа не смягчился. Когда вслед за тем Болонья была присоединена к владениям Виктора-Эммануила, родители похищенного ребенка сделали попытку вернуть его при помощи нового правительства; но мальчик был уже увезен в Рим, и вырвать добычу из цепких рук католического духовенства оказалось невозможным. Патеры дали Эдгару Мортаре такое воспитание, внушили ему столько ненависти к иудейству, что, достигши совершеннолетия, он сам отказался вернуться к вере отцов и остался фанатичным патером-миссионером на всю жизнь.