Вся дальнейшая деятельность Цунца направилась по указанным им двум путям: истории литературы и мартирологии, в связи с религиозной эволюцией иудаизма. В 1832 г. была опубликована первая большая книга Цунца, содержащая под скромным заглавием («Богослужебные проповеди у евреев» — «Gottesdienstliche Vorträge der Juden») глубокий анализ всей агадической, таргумской и мидрашитской письменности в связи с историей богослужения от времен Эзры до конца средних веков. Несоответствие между заглавием и содержанием книги объясняется тем, что автор хотел реагировать на тогдашнее запрещение немецкой проповеди в синагогах Пруссии и доказать правительству, что евреи во все времена пользовались в синагоге местными языками. Прусских правителей он не убедил, но науке оказал незаменимую услугу, осветив самую темную полосу истории иудаизма. С политической тенденцией было связано и появление новой книги Цунца: «Об именах евреев» (1837), в которой автор поставил себе целью доказать прусскому правительству, запретившему евреям называться «христианскими именами», что народ, привыкший употреблять в древние и средние века личные имена греческие, римские, арабские, испанские, галльские и германские, может позволить себе подобную роскошь и в современной Пруссии, не навлекая на себя обвинения в отступлении от традиции, о которой столь отечески заботились прусские власти. Берлинские евреи были восхищены тенденцией книги и поднесли денежный подарок бедному автору, добывавшему средства к жизни школьным учительством. Исследование Цунца содействовало отмене закона об именах (выше, § 4). В разгар реформистского движения появился обширный труд Цунца по истории средневековой раввинской литературы в Европе («Zur Geschichte und Literatur», 1845), как будто с затаенным же перед хулителями раввинизма его богатые сокровища в области этики и религиозной философии. Дальнейшие труды Цунца, относящиеся уже к эпохе после 1848 года, были посвящены главным образом второму элементу еврейской истории — мартирологии. В его научной трилогии о синагогальной поэзии средневековья разработана история «пиута» во всех его видах; с особенной любовью автор останавливается на поэзии мученичества, на тех элегиях и скорбных гимнах («селихот», «кинот»), которыми оглашались синагоги в годины народных бедствий в средние и новые века. Историк провозглашает апофеоз еврейского мученичества: «Если есть ступени в лестнице страданий, Израиль достиг ее вершины. Если продолжительность страданий и стойкость, с которою их переносят, налагают печать благородства на страдальцев, то нет нации благороднее еврейской. Если богатою мы называем письменность, давшую нам несколько потрясающих душу трагедий, то что сказать о возвышенной трагедии, длящейся уже 15 веков, трагедии, в которой сами герои выступают актерами!» — Эти глубокие исторические эмоции не давали Цунцу, вообще сочувствовавшему идее религиозного обновления, примкнуть к боевым реформистам. Они заставили Цунца выступить против реформистов в момент наибольшего их натиска на устои иудаизма и резко заявить в 1845 г. Гейгеру, что «клич против Талмуда есть уже позиция апостата», что «мы должны реформировать себя, а не религию, нападать на злоупотребления, а не на унаследованную святыню».
Между тем как Цунц обтесывал циклопические камни для здания еврейской историографии, подготовляя материал для будущих строителей, его школьный товарищ Исаак Маркус Иост (1793— 1860), учитель в Берлине и затем во франкфуртском «Филантропине», взял на себя смелую задачу построить здание из еще не обработанных материалов. Уже в первое десятилетие новой еврейской науки (1820—1829) он успел издать девять томов «Истории евреев (Geschichte der Israeliten) от времени Маккавеев до наших дней» — труд, не возвышающийся над уровнем прагматической летописи. Иост писал всеобщую историю евреев на основании старых источников, неполных и критически непроверенных, не имея сам нужного критического чутья. Проникнутый идеями своего времени, умеренный ассимилятор, умеренный реформист и неяркий публицист-апологет, он все эти умеренные тенденции вложил в свои исторические труды. С точки зрения политической благонадежности Иост порицает зелотов Иудеи, боровшихся против Рима, и доказывает, что большинство народа не сочувствовало этим «бунтарям»; в духе рационализма он осуждает процесс обособления в талмудическом еврействе, не вскрывая его источника в борьбе народа за свое существование; в Агаде и Мидраше, хранилищах народного миросозерцания, он видел только пустые сказки; картины гонений на евреев и мученичества их историк всячески старается смягчить, а малейшие облегчения участи гонимых вменяет в заслугу «мудрым и милостивым монархам». В общем вся эта «История израэлитов» пропитана духом смирения франкфуртского «израильского гражданина». Много читавшаяся в свое время евреями и христианами, «История» Иоста утратила значение после исследований Цунца, Гейгера, Франкеля, Греца и позднейших историков. Иост сам позже верно охарактеризовал свой труд, говоря, что «он строил палатки в пустыне», когда еще ничего не было кругом. Изданная им под конец жизни «История иудейства и его сект» (три тома, 1857—1859) является более зрелым трудом, но все же стоит ниже научного уровня того времени, когда в роли историографа выступил гораздо более к ней призванный Грец. Значение исторического материала сохранила только «Новейшая история евреев от 1815 до 1845 г.» (три части, 1846— 1847), где Иост с обстоятельностью летописца излагает события эпохи, им самим пережитой, освещая их более публицистически, чем исторически.