28 августа 1999 г. Образовано Управление по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом на базе Департамента по борьбе с терроризмом и Управления конституционной безопасности. Первый раз в российской истории функции борьбы с терроризмом и политического сыска объединяются в одном подразделении спецслужбы.
9 сентября 1999 г. Взрыв жилого здания на юго-востоке Москвы, 94 человека погибли. Спустя четыре дня, 13 сентября взрыв большой силы в подвале жилого дома на Каширском шоссе на юге Москвы, 118 жертв.
16 ноября 1999 г. Создается Управление программ содействия ФСБ. В состав нового управления входит Центр общественных связей (пресс-служба).
7 февраля 2000 г. Путин, премьер-министр и и.о. президента, подписывает «Положение об управлениях (отделах) ФСБ РФ в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях», дающее военной контрразведке право выявлять потенциальные угрозы режиму в войсках.
26 марта 2000 г. Путин избран президентом России.
22 января 2001 г. На ФСБ возложено руководство антитеррористической операцией в Чечне.
24 апреля 2001 г. Николай Патрушев подписывает приказ, регулирующий правила прикомандирования офицеров ФСБ к госструктурам, организациям и компаниям.
23 октября 2002 г. Чеченцы захватывают театральный центр на улице Дубровка в Москве. Трагедия, вошедшая в историю как осада «Норд-Оста», продолжается в течение трех дней. 26 октября спецподразделения ФСБ предпринимают штурм театра. 130 жертв, большинство погибших отравились фентанилом — газом, использовавшимся при штурме.
11 марта 2003 г. Президент Путин распускает ФАПСИ и Пограничную службу в качестве независимых агентств. Пограничные войска включаются в состав ФСБ; ФАПСИ поделено между ФСБ и Федеральной службой охраны. В тот же день создается Управление авиации ФСБ.
30 июня 2003 г. Принята поправка к закону «Об органах Федеральной службы безопасности РФ», в соответствии с которой в ФСБ создается специальное подразделение внешней разведки.
4 июля 2003 г. Руководство Региональным оперативным штабом по управлению контртеррористическими операциями в Чечне передано от ФСБ Министерству внутренних дел.
И июля 2004 г. Путин проводит структурные изменения в ФСБ. Сокращается число заместителей директора, департаменты переименовываются в службы.
1—3 сентября 2004 г. Чеченские террористы захватывают школу в Беслане, Северная Осетия. 334 погибших.
12 июля 2005 г. Указом президента все тюрьмы ФСБ, включая Лефортово, предписано передать в ведение Министерства юстиции. Распоряжение президента выполняется в январе 2006 г.
6 марта 2006 г. Путин подписывает закон «О противодействии терроризму». В соответствии с этим законом, ФСБ возглавляет борьбу с терроризмом, и создается Национальный антитеррористический комитет (HAK). НАК представляет собой межведомственную структуру, возглавляемуую директором ФСБ. Задача НАК — координация антитеррористической деятельности спецслужб.
5 и 7 июля 2006 г. ФСБ получает право уничтожать террористов за границей.
28 августа 2006 г. Путин меняет цвет формы офицеров ФСБ, Федеральной службы охраны, Службы специальных объектов и Службы внешней разведки с защитного на черный.
31 января 2007 г. Путин объявляет о значительном увеличении финансирования ФСБ, не называя конкретных цифр.
13 мая 2008 г. Директором ФСБ становится Александр Бортников. Николай Патрушев назначен секретарем Совета безопасности РФ.
29 марта 2010 г. Террористы возвращаются в Москву: две смертницы почти одновременно взрывают себя в переполненном людьми московском метро. 40 погибших.
24 января 2011 г. Подрыв смертника в столичном аэропорту «Домодедово»: 37 человек погибли.
Приложение 3
АТЦ — Антитеррористический центр СНГ
ВВ — Внутренние войска МВД
ГРУ — Главное разведывательное управление Генштаба Советской и Российской Армии
ГУСП — Главное управление специальных программ Администрации Президента
ДАПСП — Департамент анализа прогноза и стратегического планирования ФСБ
ДОИ (бывш. УКОИ) — Департамент оперативной информации ОВР ФСБ
ДПЭ — Департамент по противодействию экстремизму МВД
ЕИТКС — Единая информационно-телекоммуникационная система МВД
ЕСПЧ — Европейский суд по правам человека
ЕСПЧ — Европейский суд по правам человека
ИДУ — Исламское движение Узбекистана
КГБ — Комитет государственной безопасности СССР
КС ФСБ — Консультативный совет при ФСБ
ОВР — Органы внешней разведки ФСБ
РАТС — Региональная антитеррористическая структура ШОС
СБП — Служба безопасности Президента
СВР — Служба внешней разведки
СЗОКС и БПЭ — Служба защиты основ конституционного
строя и борьбы с политическим экстремизмом
СКФО — Северо-Кавказский федеральный округ
СОРБ — Совет руководителей органов безопасности СНГ
ССГ — сводные специальные группы Регионального штаба
Оперативного управления ФСБ
ССО — Служба специальных объектов ГУСП
ТАСС — Телеграфное агентство Советского Союза
ТОФ — Тихоокеанский флот
УКОИ — Управление координации оперативной информации ОВР ФСБ
УРПО — Управление по разработке и пресечению деятельности преступных объединений ФСБ
УФСБ — управление ФСБ
ФАПСИ — Федеральное агентство правительственной связи и информации
ФАС — Федеральная антимонопольная служба
ФМС — Федеральная миграционная служба
ФПС — Федеральная пограничная служба ФСИН — Федеральная служба исполнения наказаний
ФСК — Федеральная служба контрразведки, в 1995 г. переименована в ФСБ
ФСО — Федеральная служба охраны
ШОС — Шанхайская организация сотрудничества (Казахстан, Китай, Кыргызстан, Россия, Таджикистан, Узбекистан)