В 1996 году Ельцин вернул офицеров госбезопасности в «Динамо» — специальным указом, учреждающим «общественно-государственное спортивное объединение “Динамо”». Сотрудники госбезопасности вновь стали занимать места в административном аппарате клуба. Из 500 сотрудников, прикомандированных к клубу, 226 были направлены от МВД, 78 от ФСБ, 52 от ФПС, 11 от СВР, 90 от налоговой полиции и 43 от ФАПСИ6.
Указ был выполнен лишь в декабре 1999-го, причем никаких объяснений причин задержки так и не последовало7. Л в 2000 году ФСБ открыто взяла «Динамо» под свой контроль: первый заместитель директора ФСБ Владимир Проничев, крепкий генерал, популярный в спецслужбе благодаря своему спецназовскому прошлому, был назначен председателем Всероссийского общества «Динамо». Сергей Степашин, возглавлявший ФСБ с 1994 по 1995 год, а в 1999-м кратковременно занимавший пост премьер-министра, стал председателем Попечительского совета клуба. Вскоре сменился и собственник футбольного клуба «Динамо»: в декабре 2001 года занимавший в течение десяти лет должность гендиректора «Динамо» Николай Толстых оставил свой пост и передал контрольный пакет акций клуба другим владельцам. В результате 50 % оказалось у фонда развития «Динамо», возглавляемого генерал-майором ФСБ Владимиром Кудияровым, 25 % — у Всероссийского физкультурно-спортивного общества «Динамо» во главе с Проничевым, и 25 % осталось у старых учредителей клуба.
Командные позиции ФСБ подкреплялись назначениями на региональном уровне. Так, начальник УФСБ по Москве и Московской области Виктор Захаров возглавил московское отделение «Динамо».
Оказавшись под покровительством ФСБ, «Динамо», десять лет страдавшее от безденежья, забыло о финансовых сложностях. В 2001 году клуб подписал спонсорский договор с «Юкосом» Михаила Ходорковского, в то время — крупнейшей нефтяной компанией страны, вложившей в него по разным оценкам до 20 миллионов долларов. В 2003 году, когда Ходорковского арестовали и «Юкос» стремительно шел ко дну под давлением государственной машины, «Динамо» обратилось к другому инвестору, подписав в 2004 году контракт о спонсорстве с живущим в Монако российским бизнесменом Алексеем Федорычевым, главой холдинга «Федкоминвест», крупного поставщика серы. Федорычев, не теряя времени, «закачал» в клуб 200 миллионов долларов.
Следующим спонсором «Динамо» по договору, подписанному в феврале 2008 года, стал «Металлоинвест» — компания, принадлежащая магнату металлургической промышленности Алишеру Усманову, как выяснилось, старому болельщику «Динамо». В апреле 2009-го «Внешторгбанк» объявил, что становится генеральным спонсором «Динамо», заменив в этом качестве «Металлоинвест» и пообещав помочь клубу выплатить банковский заем на строительство нового стадиона.
Известно, что в России успехи спортивных клубов в очень большой степени зависят от спонсоров: доходы от продажи билетов относительно невелики. Согласно данным, опубликованным самим спортивным обществом «Динамо», в 2009 году, например, спонсоры должны были вложить в клуб миллиард рублей — при общем бюджете в 1,8 миллиардов8.
Для спортивных клубов протекция ФСБ означала конец финансовых проблем, дружеские отношения с губернаторами и даже возможность доступа в Кремль. Это было куда лучше спортивной конъюнктуры 1990-х, когда криминальные авторитеты предлагали клубам деньги и дружбу в обмен на «обеление» собственной репутации. Покровительствуя любимым командам и клубам, генералы ФСБ могли устанавливать неформальные контакты с нужными людьми. Национальная федерация волейбола долгое время контролировалась руководством ФСБ, в том числе самим Патрушевым (после 2004 года). Примечательно, что за столом президиума федерации рядом с Патрушевым сидел Олег Добродеев — генеральный директор ВГТРК, избранный вице-президентом федерации.
В октябре 2009 года президент Дмитрий Медведев распорядился, чтобы сотрудники органов госбезопасности покинули посты руководителей спортивных федераций, заявив, что спортивными объединениями должны руководить профессионалы. Большинство правительственных чиновников подчинились этому требованию. Формально это сделала и ФСБ, однако де-факто ведомству удалось сохранить контроль над своими спортивными «владениями».