В 1993 году Россия вступила в Международный совет архивов — объединение специалистов, сформированное специально для описания архивов репрессивных режимов и выработки рекомендаций по работе с такими архивами. Однако после кровопролитного конфликта между Ельциным и Верховным Советом в октябре 1993-го вопрос о передаче архивов силовых ведомств был похоронен.
Большинство архивов спецслужб СССР попросту остались в архивах ведомств — ФСБ, МВД и Военной прокуратуры. В конечном итоге место Комиссии по рассекречиванию заняла Межведомственная комиссия по защите государственной тайны. В результате массив документов, доступный широкой общественности до 1995 года, закрылся для публики. Никита Петров, научный сотрудник общества «Мемориал», рассказал, что уже рассекреченные документы ЦК КПСС были изъяты из Российского государственного архива новейшей истории Службой внешней разведки13. «У нас есть закон о 30-летнем сроке рассекречивания, но он не выполняется, — говорит Петров, — 13-я статья закона “О гостайне” четко говорит о том, что после истечения 30-летнего срока должны рассекречиваться практически все материалы. То есть сейчас все документы, которые были подписашы на лето 1980 года, должны быть доступны. Но они же придумали такую процедуру рассекречивания, которая растягивает этот процесс до бесконечности. Эксперты должны посмотреть, комиссия должна принять решение… И это при том, что ФСБ наделена правом рассекречивания собственных документов, то есть им не нужно обращаться в какие-то межведомственные комиссии. Не надо забывать, что есть еще один документ, который игнорируется спецслужбами — это указ Ельцина от июня 1992 года, который предписывал безусловно снять все грифы секретности с документов, которые регламентировали массовые репрессии и нарушения прав человека. Но это не выполняется, мы и сейчас не можем просто прийти в архив ФСБ и смотреть документы 1937 года».
В МАЕ 2006 года в честь 30-й годовщины создания Московской Хельсинкской группы, Архив национальной безопасности при университете Джорджа Вашингтона разместил в Интернете серию документов бывшего СССР, имевших отношение к этой организиции, в том числе отчеты КГБ Центральному комитету КПСС об «антиобщественных элементах», создавших 30 лет назад Московскую Хельсинкскую группу, а также о разнообразных репрессивных мерах, предпринятых КГБ с целью «положить конец их враждебной деятельности». Большинство документов, опубликованных Архивом национальной безопасности, были взяты из собрания Волкогонова, подаренного им Библиотеке Конгресса в 1990-е годы. Сложилась абсурдная ситуация: отчеты о действиях органов по подавлению инакомыслия в 2006 году были доступны в Интернете на русском и английском языках, в то время как в России эти документы упрятали в закрытые хранилища и засекретили до конца 2000-х годов на основании! Закона о государственной тайне14.
Никита Петров об архиве ФСБ: «Когда в начале 2000-х пошла кампания, что у нас, дескать, читальный зал открывается, ходите-смотрите, это был в принципе даже шаг вперед. Но это был бы действительно шаг вперед, если бы он опирался на закон «Об архивном деле». А получилась в чистом виде вкусовщина. Есть зал, есть начальство, которое решает кому и что давать, при этом нет справочного аппарата — а ведь исследователь, который приходит в архив, должен получить прежде всего справочный аппарат: описи, перечень фондов, чтобы понимать, что ему тут нужно. Нет, гак не работают, работают вслепую. Пишут заявку — мне нужно про это и про это — а архивисты сами решают, дать ему что-то или нет, найти или не найти».
В конце концов даже историки ФСБ стали испытывать трудности при работе в собственном архиве. В ноябре 2010 года Никита Петров представлял в обществе «Мемориал» свою книгу-справочник «Кто руководил органами госбезопасности 1941–1954». На презентации Александр Зданович, главный историк Федеральной службы безопасности, пожаловался, что ему «не дают» материалы в архивах, поэтому он очень рад, что есть такой человек как Никита Петров, к которому он может обратиться за справочной информацией.