После того как преподобный дал монахам своей обители эти установления и при общем согласии насельников поставил над ними игуменом самого добродетельного и опытного во всем брата, авва стал готовиться к уходу. Однако не в силах перенести этого, братия крайне опечалилась и с горячими слезами просила отца Харитона не расставаться с ними. Святой не стал их слушать, потому что стремился к пользе не только для своей души, и в утешение братии молвил:«Не печальтесь, чада мои, из–за разлуки со мной, потому что если я уйду отсюда, никто не придет больше искать меня и беспокоить вас. Так что мое отшествие будет полезно и для меня, и для вас. Вы и я должны безмолвствовать в своих кельях, ведь только так мы принесем, с помощью Божией, мед добродетели». Попрощавшись с ними и передав их Владыке Христу, Харитон ушел. После одного дня пути преподобный обнаружил в районе Иерихона пустую пещеру, весьма пригодную для безмолвия. Здесь он скрывался долгое время совершенно никем не знаемый, наедине беседуя с Единым Богом. В пищу блаженный употреблял траву, которую случалось ему находить.
Однако Спаситель мира не дал укрыться сокровищу и явил миру раба Своего посредством чудес, которые совершались через него. Например, Харитон исцелял страдавших от телесных и душевных болезней. После его душеполезных наставлений многие захотели отречься от мира. Они стали монахами и остались жить рядом со святым Харитоном. Ради этого он построил вторую Лавру, которую позднее расширил, и назвал Эльпидий. Лавра весьма преуспела в подвижнических трудах и получила прозвище Дука (правитель), поскольку некий дука, правитель, оборонял эту святую Лавру от набегов обитавших тогда в соседнем с ней селении Ноерос евреев, которые из зависти искали возможности уничтожить монастырь.
Но и в эту обитель ежедневно стало приходить большое количество людей, так что ни святой, ни братия не имели покоя. Тогда отец Харитон вновь оставил насельникам Лавры заповеди и, поставив для руководства над ними старшего, ушел в другую часть пустыни, называемую Фекоос. Господь наш, ищущий всем спасения, устроил так, что святой менял места жительства, чтобы, с одной стороны, сделать его добродетель еще более явной, а с другой, — чтобы к нему приходили и научались полезному разные люди, прежде всего, идолопоклонники. Кто–то из них обретал веру во Христа и принимал Крещение, кто–то приходил к жительству по Богу, оставляя мирскую суету и попечения, становился иноком и старался во всем подражать преподобному.
Ради собравшегося там народа Харитон построил и третью Лавру, названную Сукас. Но так как сам он весьма любил безмолвие, ибо опытно знал его сладость и пользу в стяжании добродетели, недалеко от новосозданной обители святой отец нашел богозданную,«подвешенную»высоко над землей, на крутой и неприступной горе пещеру. Туда можно было добраться только с помощью лестницы. Однажды поднявшись в эту пещеру, мужественный Харитон там и поселился.
Харитон провел в безмолвии долгое время, но будучи не в силах по причине старости и многолетних подвижнических трудов служить и ходить за водой, но и не желая назначать на это послушание никого из своих учеников, чтобы не стать им в тягость, богоблагодатный задумал следующее. Он знал, что по молитве праведника Бог и невозможное может сделать возможным, а трудное — весьма легким. И — о чудо! — тотчас же после молитвы исповедника в пещере забил источник чистейшей воды. И до сих пор он вытекает с одной стороны пещеры, не только утоляя жажду, но и врачуя всякую немощь. Это — лучшее свидетельство святости преподобного и того дерзновения, которое имел ко Творцу источающий благодать Харитон.
Данному повествованию недостает рассказа об успении преподобного, которое тот предвидел по Божественному откровению.
После того, как преподобный Харитон узнал о приближающейся кончине, он спустился из пещеры в святую Сукасскую Лавру и вместе с игуменом и братиями пришел в монастырь Эльпидий, откуда в сопровождении пастырей и паствы обеих обителей прибыл в святую Фарасскую Лавру -туда, где впервые пролил пот своих подвижнических трудов. Здесь он оставил в наследство своим ученикам завещание. Суть его такова:
«Поскольку приблизилось время моей кончины, я пойду к Богу, куда и вы, чада мои, возлюбленные о Господе, потщитесь прийти со всяким прилежанием, хорошенько подготовившись сейчас, пока есть время. Ибо вы знаете, что после смерти никакое раскаяние не поможет. Настоящая жизнь — время покаяния и подвигов для стяжания добродетели, а будущая жизнь — время воздаяния. Всякие печали и трудности этого мира скоро исчезают, подобно этому — все радости и наслаждения. А в будущем как наслаждение благами, так и адские мучения, — вечны и бесконечны. Посему заповедую вам, прежде всего, тщательно блюдите богоданную веру, нисколько не отклоняясь и не колеблясь от обстоятельств времени или от опасности. Потому что через малое время, как мне открыл Господь, случится великое смущение в святых Церквах Христовых от еретиков, которые многих совратят в свои еретические мнения. Вы же твердо стойте в догматах Церковных до крови, если этого потребует время. Далее, блюдите, чтобы никто вас не осуждал за вашу жизнь, и храните себя непричастными всякому греху. Если же вы еще не достигли этого, очищайтесь от грехов с великим усердием, всякий день. Блюдите девство и святость тела, чтобы быть вам храмами неоскверненными, и чтобы Чистейший Бог возжелал обитать в вас и наполнил души ваши Своей святостью и неизреченным благоуханием.