Прошло немного времени, и преподобный, оставив игуменство, снова вернулся в Лавру к любимому им безмолвию. Как раз в это время пришел из Калаврии всескверный Варлаам, который изо всех сил доказывал, что он согласен с Восточной Церковью и хочет стать монахом. В удостоверение этого он сочинял речи против единоплеменных ему латинян. Однако, выслушав его доводы, божественный Григорий понял, что Варлаамовы обличения латинян притворны и обманчивы, и на самом деле направлены против истины. Это послужило причиной того, что Варлаам стал его врагом. Придя в Константинополь, Варлаам начал общаться с какими–то монахами–простецами, делателями умной молитвы и трезвения, притворяясь, что хочет быть их учеником и другом. Узнав от них чего должны беречься начинающие монахи при умной молитве, он гнусно обозвал их»еретиками»и написал статьи, направленные против священной молитвы и богомыслия. Прежде чем эти его богохульства стали известны, он был посрамлен перед Вселенским Патриархом за другие постыдные и нечестивые свои деяния и с позором покинул Константинополь, вернувшись в Салоники. Но и там он продолжал повторять свои обвинения против монахов и, что еще хуже, не довольствовался только клеветой на монахов своего времени, но силился доказать, что причиной монашеского заблуждения стали богоносные отцы и учителя Церкви.
По этой причине Солунские иноки написали святому Григорию письмо, горячо прося его прийти и защитить истину от Варлаама. Святой тотчас же отправился в Салоники, и попробовал разными средствами исправить Варлаама. Он много раз наедине убеждал его, желая привести в согласие с Православной Церковью. Поскольку же тот не переставал и в беседах, и в сочинениях бесстыдно выступать против Церкви и не исправлялся, святой вынужден был полемизировать с ним и в сочинениях, защищая православную веру от Варлаамовой лжи. Варлаам же, как только узнал, что его писания опровергнуты дивными сочинениями святого о священнобезмолвии и об истинности Православия, перестал писать трактаты против монахов и набросился на божественного Григория. Но он не мог спорить с ним лицом к лицу, и снова из Салоник вернулся в Константинополь.
Святой Григорий пробыл в Салониках три года и все это время произносил поучения, писал дивные сочинения об истинной славе Божией. Свободное же время проводил в привычном плаче, в совершенном одиночестве и безмолвных молитвах. Поскольку рядом не было возлюбленной им пустыни, он построил небольшую келью в задней части дома, в котором жил, и, когда была возможность, безмолвствовал там. Однажды, в день празднования памяти Антония Великого, ученики и сподвижники святого вместе с дивным Исидором совершали бдение божественному Антонию. И — о чудо! — Антоний Великий явился в этот день святому Григорию. Когда божественный Григорий молился, внезапно его окружил Божественный свет, как это случалось уже много раз, а вместе со светом появился Антоний Великий и сказал:«Хороша молитва в умном безмолвии, потому что она очищает умные очи души и сподобляет человека неизреченных откровений Божиих. Однако иногда монаху требуется общение и встреча с единодушными братьями, чтобы вы вместе молились и пели. Итак, ты должен сейчас пойти к братьям, которые служат бдение, ибо они весьма нуждаются в твоих заботах». После этого Антоний стал невидим. Божественный же Григорий в тот же час отправился к братьям, которые приняли его с радостью и всю ту ночь они провели в праздничном бдении. Вернувшись на Святую Гору, он показал исихастам и избранным от монастырей свои сочинения, написанные в защиту Православия от заблуждений Варлаама. Монахи удивились, похвалили их и единодушно все одобрили.
Произошел и такой случай. Когда Григорий еще только собирался отправиться на Святую Гору, он узнал, что его сестра Феодота находится при смерти. Ученики и друзья спросили у святого, как быть с погребением. Святой же, Божиим Промыслом провидя будущее, ответил:«Не нужно меня спрашивать сейчас об этом, поскольку, если будет угодно Богу, я к тому времени вернусь и буду здесь прежде ее кончины». Как он сказал, так и случилось. Когда настал последний час Феодоты, она стала звать божественного Григория, доброго ее брата и духовного наставника. Услышав, что он на Святой Горе, она всем сердцем опечалилась и пожаловалась, что не удостоилась в последний раз увидеть его и побеседовать с ним. Вскоре она замолчала и совершенно успокоилась, как будто погрузилась в себя. Присутствующие уже готовили все к погребению, но случилось чудо! Прошло восемь дней, в течение которых Феодота лежала без пищи, без сна, не разговаривая, не испытывая болей и лишь слабое дыхание и движение глаз указывало на то, что она еще жива и ждет брата. В вечер восьмого дня пришел со Святой Горы долгожданный брат и, приблизившись к сестре, заговорил. Она услышала сладчайший голос своего брата, отверзла телесные свои очи, а вместе с ними и душевные и, поскольку не могла говорить, немного приподняла руки к Богу, чтобы возблагодарить Его, и через несколько мгновений, славя Бога, предала дух свой в руки Божий.