В феврале 1569 года Гилберт подал петицию Сиднею, в которой изложил условия новой корпорации, которая должна была основать колонию в Балтиморе, рыболовецком порту на южном побережье. Необходимо было набрать около трех тысяч человек. Они будут иметь право на все виды рыбной ловли, свободные от таможенных пошлин, и право наделять землей "такого англичанина, который будет там жить".
Это предприятие вызвало большой интерес у лондонских купцов. По словам одного из наблюдателей, "компания из тридцати богатейших лондонских купцов" "заключила с королевой соглашение о том, что они завоюют определенную часть страны [Ирландии], лордство которой будет принадлежать им после уплаты дани". Но в итоге Елизавета отказалась предоставить Гилберту заем в размере 10 000 фунтов стерлингов, необходимый для основания колонии. Без королевского финансирования риск основания колонии был слишком велик даже для группы инвесторов-джентльменов. В очередной раз колониальные амбиции Гилберта уперлись в нежелание Елизаветы вкладывать все больше королевских средств в это, казалось бы, невозможное место.
Но даже если бы Гилберт и его единомышленники получили королевское одобрение на плантацию в Мюнстере, она могла бы столкнуться с серьезными проблемами. Когда распространились слухи о том, что корпорация Гилберта собирается просто захватить земли в Мюнстере для создания своей плантации, обе общины - гэльские ирландцы и староанглийцы - временно отложили свои разногласия и восстали в знак протеста. Один из староанглийских феодалов объявил священную войну против вторженцев, которых он назвал "гугнотами" - термин, объединявший всех протестантов, включая французских гугенотов, в одну ненавистную категорию. Ирландское восстание, подпитываемое верой, вспыхнуло как раз в тот момент, когда группа влиятельных графов, фактически управлявших севером Англии, возглавила жестокое, но в конечном итоге бесполезное восстание, чтобы свергнуть Елизавету и поставить на ее место Марию, королеву шотландцев.
Пытаясь восстановить мир в Ирландии, Генри Сидни отправил Хамфри Гилберта, который теперь был полковником, усмирять мятежников. Гилберту дали всего пятьсот человек, чтобы противостоять ирландским войскам, насчитывавшим до четырех тысяч солдат. Вероятно, из-за сложных условий Гилберт был беспощаден в войне и одержал жестокую победу менее чем за шесть недель. Как он заметил Сиднею, он "отказался от переговоров или заключения мира с любыми мятежниками". Если он требовал сдачи замка или форта, а ирландцы сопротивлялись, он брал его силой, "сколько бы жизней... это ни стоило", и не стеснялся "предавать мужчин, женщин и детей... мечу".
Томас Черчиард, придворный поэт, сопровождавший Гилберта, сообщил, что полковник приказал "отрубить головы всем тем... кто был убит днем, и принести их к месту, где он разбил ночной лагерь". Там отрубленные головы должны были быть "положены на землю по обе стороны дороги, ведущей к его собственной палатке". В результате любой посетитель палатки Гилберта должен был "пройти через полосу голов". Понятно, что это наводило "великий ужас" на ирландцев, и тем, кто приходил на переговоры или прошения к полковнику, оставалось только смотреть на безжизненные лица "своих мертвых отцов, братьев, детей, родственников и друзей".
Это поведение было настолько ужасным, а картина, которую оно вызывало, настолько наглядной, что стало определяющим выражением характера Гилберта, хотя оно было гораздо более экстремальным, чем любой его поступок до или после. Возможно, реагируя на критику, Гилберт пытался оправдать свои действия. "Ни один покоренный народ никогда не станет добровольно повиноваться из-за любви", - сказал он Сиднею, - "а скорее из-за страха". Королева, надо полагать, согласилась. В Дублине 1 января 1570 года Сидни посвятил Гилберта в рыцари за его заслуги перед Англией.
Вскоре после церемонии посвящения в рыцари Гилберт вернулся в Англию, его мечта о коммерческом ирландском поселении осталась нереализованной, но провал его колониальных амбиций не ознаменовал собой конец усилий Англии по восстановлению суверенитета Елизаветы в Ирландии. Более того, эта цель стала главной в повестке дня Тайного совета в феврале 1570 года, через месяц после возвращения Гилберта в Англию. Совершенно неожиданно папа Пий V издал буллу, или папский эдикт, объявляющий Елизавету еретичкой и требующий, чтобы католические подданные отвергли ее как свою законную королеву. Это было больше, чем отлучение от церкви, - по сути, это была христианская фетва. С этого момента Елизавета жила в страхе перед нападением и даже убийством; Сесил и Тайный совет были постоянно начеку, ожидая заговоров против нее. И они были правы. В следующем году Сесил раскрыл еще один заговор, на этот раз возглавляемый флорентийским банкиром Роберто Ридольфи, с целью посадить на трон Марию, королеву Шотландскую. Как сказал Филипп II, человек, который когда-то предлагал Елизавете выйти замуж, "если я окажу помощь, то [сообщникам Ридольфи] будет легко убить или схватить Елизавету и посадить шотландскую королеву на свободу и завладеть троном".