Однако Морозов не ограничивается опровержением отдельных источников, он переносит историческую критику на сами факты, т.е. подвергает радикальному сомнению саму реальность истории. Его теория истории сводится к астрономической датировке исторических фактов, к идее временной последовательности в смене жанров исторической литературы, применению статистических методов для определения авторского инварианта древних текстов. Ошибки в русских летописях для Морозова — это не случайные погрешности, а намеренное искажение фактов. История, таким образом, лишенная фактов, деонтологизируется, утрачивает свою реальную основу. На место онтологии истории заступает идеология истории. Иметь свою историю означает распоряжаться прошлым, подчинять себе традицию. При старом режиме, признавался сам Морозов, он не решался начать пересмотр истории. Такой пересмотр был бы расценен как покушение на власть. Пока после революции окончательно не укрепилась новая власть, оставался зазор, позволяющий приступить к переоценке истории. Но как только власть в полный голос заявила о своем праве на истину, было прекращено печатание книги Морозова. В том же 1932 г. были распущены творческие объединения и начала создаваться единая централизованная система управления наукой, литературой, искусством. Власть взяла под контроль сферу производства смыслов. Любые альтернативные исторические проекты оказались не только не нужны власти, но и опасны для ее права безраздельно распоряжаться истиной. Морозов вновь оказался в маргинальном положении, которое было закреплено возвращением ему родового имения Борок. В Советском союзе Морозов, как говорили его друзья, оставался «последним помещиком».
Импульс разоблачения идеологической сущности истории преобладал у Морозова. Этой цели служил и весь сложный вычислительный аппарат астрономии, вся эрудиция полиглота, все познания естественника. Во внедрении этих методов Морозов видел способ обосновать историю как строгую науку. Новое общество, формировавшееся в 1920-е годы, требовало новой науки, в том числе исторической. «Искоренение прежних потребностей, — раскрывал М. Хайдеггер особенности европейского нигилизма, — всего надежнее произойдет путем воспитания растущей нечувствительности к прежним ценностям, путем изглаживания из памяти прежней истории посредством переписывания ее основных моментов». Но трагедия Морозова как ученого состояла в том, что роль новой научной теории истории уже взял на себя марксизм. Что оставалось Морозову? Прекратить свои исторические изыскания, в противном случае подрыв фактологической базы истории грозил обрушением и всего здания исторического материализма. Мог ли он остановиться, когда, по словам Уварова, «дух сомнения, скептицизма, приведенный в систему, окончательно овладеет всеми отраслями знаний человеческих и сделается последним словом нашего разума?» Вопрос, как говорится, риторический. Дала ли что-нибудь «новая хронология» Морозова исторической науке? Она не привнесла ни новых источников, ни новых фактов. Это была своеобразная «работа над ошибками», по итогам которой предлагалось не дать правильное решение, а изменить сами условия задачи, которые бы соответствовали выявленным ошибкам. Все это лишь вносило новую путаницу и затруднения. Именно так эту тенденцию в свое время диагностировал Уваров: «Страсть века к разрушающему анализу, отвращение ко всем синтезам, религиозным, историческим или нравственным, совершенное безверие, перенесенное в область более или менее таинственной действительности, представляют затруднения, неизвестные древним и по крайней мере равносильные недостатку верных источников и исторической критики для времен отдаленных».