Морозов продолжает тот пересмотр оснований исторического знания, который начался в европейской и русской науке еще на рубеже XVIII-XIX вв. В России это было связано с преодолением летописной традиции, зависимость от которой ощутима еще у В. Н. Татищева. Становление исторической науки привело к разработке трех разделов исторического знания: источниковедения, методологии истории и исторического повествования. Историческое исследование начинается с установления фактов, т.е. реальных оснований истории, продолжается на уровне исторической реконструкции и завершается историческим повествованием. Однако само понятие «исторический факт» двусмысленно. С одной стороны, факт предполагает некое «положение дел», фрагмент реальности, с другой — факт истории недоступен непосредственному наблюдению; его необходимо восстанавливать, риторически реконструировать. Иными словами, исторический факт — это аргументированно воспроизведенная реальность. Исторические факты, конечно же, основа истории, но эта почва вымощена аргументами. Аргументы могут быть разными, но сами факты должны оставаться как некое подлежащее, иначе история рассыпается. У нас есть только наши аргументы и «фрагменты» реальности (материальные и духовные источники). Исторические факты поэтому очень уязвимы. Достаточно поменять доводы, и реальность истории начинает трансформироваться, но, несмотря на искажения, удерживается благодаря источникам. Для того чтобы опрокинуть реальность истории, необходимо опровергнуть сами источники, а через них отметить и факты. Как последовательный нигилист, Морозов наносит удар по «сделанности» фактов как идеологической конструкции и тем самым ничтожит факты и уничтожает историю.
«Нигилизм» точнее всего характеризует то направление, к которому примыкал Морозов. Совестливое и беспокойное поколение разночинной интеллигенции, не видящее способов улучшения мира исходя из самого этого мира и окрещенное «нигилистами», отличалось неверием в Россию и ее исторические силы. Отторгнутые от народа, выпавшие из народа, нигилисты являли тип сознания, утратившего ценностные ориентиры, безбытный тип интеллигента, которым овладела страсть к разрушению. Для нигилистического сознания действительным признается только сущее, доступное чувственному восприятию и отрицающее любые авторитеты и традиции. В этом значении Морозов также использовал термин «реализм». М. Хайдеггер следующим образом отмечал специфику нигилизма: «Нигилизм есть тот исторический процесс, в ходе которого „сверхчувуственное“ в его господствующей высоте становится шатким и ничтожным, так что само сущее теряет свои ценность и смысл. Нигилизм есть сама история сущего, когда медленно, но неудержимо выходит на свет смерть христианского Бога». Полнее всего нигилизм выразился в жизни того поколения, к которому принадлежал Морозов. Появление термина «нигилизм» в России, как известно, связывают с романом И. С. Тургенева «Отцы и дети». Однако его распространение обязано, в том числе, и одному из ближайших друзей и соратников Морозова по террористической борьбе — С. М. Степняку-Кравчинскому, написавшему роман «Андрей Кожухов, или Карьера нигилиста». Логика рассуждений Морозова следует логике нигилизма, раскрытой еще А.И. Герценом: «Нигилизм — это логика без структуры, это наука без догматов, это безусловная покорность опыту и безропотное принятие всех последствий, какие бы они ни были, если они вытекают из наблюдения, требуются разумом. Нигилизм не превращает что-нибудь в ничего, а раскрывает, что ничего, принимаемое за что-нибудь, — оптический обман». Мир, с точки зрения нигилистического сознания, теряет единство твари в творце, утрачивает истину прошлого (наши знания больше не соответствуют реальности), а осмысленную цель жизни заменяет эволюцией Вселенной. Расшатывание исторической идентичности, дезориентация в прошлом — результат отрицания религии и опровержение клерикальных основ историографии. Отвечая на критику Н. М. Никольского, Морозов писал по этому поводу: «Падение клерикализма в XX веке неизбежно приведет и к падению созданной им ортодоксальной древней истории. Новая история останется, конечно, как была, а средневековая сильно обогатится за счет обломков псевдо-древней и осветится ими, как нечто закономерное, возможное для теоретической обработки».
Однако выход из нигилистического отрицания Морозов видел не в истории. Сознание невыносимости данного мира и существующего порядка вещей для него приводит не к аннигиляции в Ничто, а к поиску новой целостности. Смириться с тяжестью этого мира можно лишь в осознании ценностей более значительного масштаба, в осознании ценности Вселенной и в сознании этой своей сознаваемости. Так Морозов приходит к идее космической сущности человеческого сознания; человек вновь обретал ценностное измерение, но уже не как созданная по образу и подобию творца тварь, а как венец эволюции Вселенной. Возвращение самоценности человека и смысла жизни шло для Морозова помимо истории. Обратиться к истории означало вновь опереться на традицию и авторитет.