Насытившись кровью, крестоносцы приступили к разделу империи, которую считали уже покорённой, и к выбору «своего» латинского императора. На место убывшего из столицы православного патриарха Иоанна X Каматера папа Иннокентий III назначил кардинала Фому Морозини. За «императора» полагалось голосовать. Дандоло сам отказался от этого титула; Бонифатий, страстно его желавший, не получил необходимой поддержки. Хитрых венецианцев более устраивал простодушный Балдуин, граф Фландрский (он всё ещё мечтал о завоевании Гроба Господня). Его и выбрали, как кандидата менее одиозного и не столь одарённого умом.
Венеция получила все права на беспошлинную торговлю, и в придачу - побережье Ионического моря (Эпир). Граф Блуа был назначен «герцогом Никейским». Бонифатий завладел Солунью (Фессалониками), где организовал собственное королевство, почти независимое от «императора» Балдуина. Дож Дандоло с его венецианскими (по большей части еврейскими) банкирами сделался фактическим хозяином Царьграда и морских проливов. Так на территории Византии образовалась чуждая греческому населению «Латинская империя». Она изначально не была жизнеспособной, и тем не менее, просуществовала более полувека.
Греки не сразу оправились от удара, нанесённого крестоносцами, зато пробудились нравственно. Православный народ, не замечавший прежде различий между своею верой и западной, быстро почувствовал эти различия, а простые граждане начали каяться, что вовремя не поддержали своих господ. Защиту Константинополя они считали делом одних дворян и наёмных воинов. До смены власти им казалось, что подати платить всё равно кому - рыцарям или византийской знати. Окрестные сельчане поначалу даже радовались, скупая задёшево товары, награбленные в столице. Однако очень скоро они испили чашу феодального гнёта и ощутили духовное иго католицизма.
Опомнились и церковные иерархи с богословами. До вторжения крестоносцев не все они сознавали степень лицемерия и глубину падения папистов. Если латинское филио квэ, внесённое католиками в Никео-Царьградский Символ веры, наряду с отступлениями от Апостольских правил и богослужебных канонов, греки считали серьёзными, но всё же поправимыми ошибками Запада, то теперь, когда папа, вопреки всем каноническим нормам, сделал «патриархом» своего легата, им стало ясно, что Рим не только утратил честь и совесть, но вообще - по-иному понимает Церковь.
Это ужаснуло греков, возмутило и побудило взяться за оружие.
В ту ночь, когда крестоносцы ворвались в Константинополь, а правящий патриарх Иоанн Каматер был изгнан (или бежал), произошла ещё одна смена царей. Алексей Дука, отчаявшийся в успехе обороны, всё бросил и скрылся в неизвестность. Императором спешно избрали Феодора Ласкариса. Короновать его было некогда и некому. И Феодор с остатками войска перебрался на азиатский берег. Он закрепился в Никее, которую не уступил крестоносцам, несмотря на все их атаки, и оттуда повёл освободительную борьбу.
Противостав Западу, Никея сделалась центром притяжения всех греческих сил. Патриарх Иоанн укрылся во Фракии (в Дидимотихе), где латинское засилье было свергнуто уже в феврале 1205 года, а на Пасху Болгарский царь Колоян, призванный фракийскими греками, разгромил крестоносцев под Адрианополем. Иоанн Каматер не захотел перейти к никейцам и скончался в 1206 году. Новый патриарх Михаил Авториан, избранный уже в Никее, короновал Феодора I Ласкариса. Таким образом было положено начало династии никейских царей, отнявших у латинян большую часть их завоеваний и подготовивших окончательное освобождение Царьграда.
Никея, а затем и другие «имперские центры» Византии (Эпир, Фессалоники, Трапезунд), не всегда дружные меж собой, но объединённые общей идеей воссоздания греческой державы, вели непрерывные войны с латинской «Романией» (так крестоносцы называли свою империю), пока не пал последний оплот западного владычества.
Вифинию (область вогруг Никеи) в эти годы отличает бурный экономический рост, подъём патриотизма и военной мощи, но вместе с тем и так называемый восточный ренессанс, зародившийся именно здесь в никейский период византийской истории. Впрочем, это отдельная тема. И чтобы раскрыть её, нам необходимо закончить рассказ о злополучной латинской империи, образованной франкскими завоевателями.