На третий день от похорон Феодора на его могиле разыгралась кровавая сцена. Музалон, назначенный регентом при восьмилетнем наследнике, прибыл в Сосандрский монастырь (усыпальницу Ласкарисов), и когда царевич Иоанн, окружённый роднёю регента, вошёл в храм для заупокойного богослужения, туда ворвались латинские наёмники и заговорщики из партии Палеолога. Её называли ещё партией «слепых», так как многих её членов царские палачи лишили зрения по наветам Музалона. Сведение счётов началось прямо у алтаря, и кровью избиваемых был забрызган святой престол.
Михаил Палеолог не участвовал в этом убийстве. Заговорщики не называли его имени. Народу они кричали: «Мы расправились с изменниками, которые извели царя Феодора и посягнули на свободу его сына царя Иоанна. Да здравствует свобода!» Тем не менее, регентство, как только явился Палеолог, сразу же перешло к нему, ещё до прибытия патриарха. Казна также оказалась в его руках, после чего началась её раздача. Денег Михаил не жалел: раздавал всем - и вельможам, и воинству, и архиереям; одаривал столь щедро, что скоро сделался соправителем, а затем и единовластным самодержцем (наследника Иоанна так и не короновали).
На приёмах новый царь разбрасывал золото обеими руками; устраивал для народа ристалища, игры, приказывал всем веселиться. Добро, нажитое трудами Ватаци, утекало сквозь пальцы. Моральные строгости Палеолог отменил. Вельможи снова стали наряжаться во всё иностранное, завивать локоны на западный манер, а при дворе уже кое-кто шептал: «Чешитесь, завивайтесь... потом будете драть себе волосы, когда есть будет нечего».
Национальная держава Ласкарисов уходила в прошлое. Знать, окружавшая нового императора, рвалась в Константинополь. О том, что с уходом двора из Никеи падёт за полвека созданная силовая опора государства, никто не думал. И никто представить себе не мог, что в скором будущем упадок Никейского царства, брошенного Палеологами, повлечёт за собою гибель всей Византийской Империи.
«Господи, яко се врази Твои погибнут,
и разыдутся вси делающии беззаконие»
(Пс.91,10).«Царь, ты взял Константинополь! Христос даровал его тебе!» Женский голос повторял слова среди ночи. Михаил Палеолог спросонья не сразу понял и не сразу узнал свою сестру Евлогию. Она первой получила известие из Царьграда и бросилась будить венценосного брата. Верилось с трудом, хотя все ожидали и знали, что это произойдёт, но не чаяли, что случится так скоро.
Отправляясь во Фракию со сравнительно небольшим отрядом, кесарь Алексей Стратигопул обещал царю расспросить там местных жителей, как обстоят дела у латинян. Ибо их положение в Константинополе казалось безнадёжным. По дороге полководцу сообщили, что рыцари Балдуина II, по предложению венецианцев, на их кораблях отправились грабить черноморский город Дафнусий. Раздумывать было некогда. Стратигопул решил воспользоваться ситуацией. Пятьдесят храбрецов из местных греков, под командой некоего Кутрыцака, хорошо знавшего подземные коммуникации византийской столицы, пробрались через старинный водосток, сбросили со стен латинскую стражу и, раскрыв ворота, громко запели славословие царям. Это был условный сигнал. Конница Стратигопула ринулась в спящий город. Франки почти не сопротивлялись. Император Балдуин II бросил свои регалии (корону, меч) и поспешил на венецианский корабль вместе с папским лжепатриархом Джустиниани.
Когда срочно вернувшиеся из похода рыцари подошли к Константинополю, то за стенами его увидели дым горящего Венецианского квартала, а на самих стенах - греческих воинов. Тогда они поняли, что их «Романии», просуществовавшей более полувека, пришёл конец, и что им самим пора убираться восвояси следом за своим бежавшим императором.
Взятие Константинополя состоялось 25 июля 1261 года. Палеолог, находившийся в то время в Лидии, узнал о победе через несколько дней. На Успение был назначен его торжественный въезд в освобождённую столицу. В оставшееся время царь надеялся уладить конфликт с патриархом, ибо тот, покинув Никею, упорно не желал участвовать ни в церковных, ни в государственных делах.
Патриарх Арсений Авториан хранил дружескую верность дому Ласкарисов. Он и прежде не симпатизировал Михаилу Палеологу, возглавлявшему заговор и сидевшему в тюрьме ещё приФеодоре II. Тем паче он не прощал новому императору захват власти и отстранение законного наследника. Однако вернуть кафедру в Константинополь патриарх давно стремился, и это могло стать поводом к примирению.