В Конгрессе напрямую начали задавать неудобные вопросы — способен ли вообще такой флот защитить США от возможного вторжения? В результате Баррон был лишен должности и попал под трибунал. После длительных слушаний было решено отстранить его от командования сроком на пять лет.
Что касается англичан, то они быстро поняли, что перегнули палку. Английский представитель в США Эрскин был отозван, прибывший вместо него Джексон предложил денежную компенсацию семьям погибших и увечных, а также возмещение моральных издержек. В обмен он предлагал заключить новый торговый договор между странами, причем Америка имела бы в нем режим наибольшего благоприятствования.
Но США инцидент с «Чесапиком» восприняли как пощечину и отказались от подписания торгового договора, более того — президент Джефферсон приказал ввести эмбарго на торговлю с Англией. Он также отвесил Англии не менее звонкую дипломатическую пощечину — попросил отозвать Джексона и отказался вести с ним переговоры. В результате в Америке более не было официального британского представителя, так что все контакты между странами были возможны или через американского посла в Лондоне, или с использованием посреднических услуг других государств. Тем не менее, Джексон оставался в США до мая 1810 года, пока по решению Конгресса не был насильно выслан из страны.
Кроме того, Джефферсон опубликовал Декларацию, гласившую, что эмбарго будет распространяться не только на Англию, но и на Францию, а также на любые другие страны, которые удерживают в плену американские торговые суда. Французы отреагировали довольно быстро — в августе Наполеон издал ряд указов, в которых запрещался захват американских торговых судов, а арест с уже захваченных снимался. Однако, несмотря на эти прокламации, французы продолжали удерживать купеческие корабли США во Франции и Италии. В результате эмбарго действовало с 1808 по 1810 годы.
Надо отметить, что современными историками Embargo Act от 22 декабря 1807 года оценивается неоднозначно. Этот закон просто разрушил североамериканскую внешнюю торговлю. В портах Новой Англии и атлантических штатов гнили на приколе корабли, портился товар на складах. На сельскохозяйственном юге начались серьезные волнения — фермеры не могли сбыть свою продукцию. Штаты, граничащие с Канадой, просто игнорировали на эмбарго. В Вермонте, который присоединился к Конфедерации не так давно, вообще решили, что декларация Джефферсона нарушает свободу торговли и является просто незаконной. Контрабандный поток превратился в водопад: через озеро Шамплейн и реку Ришелье с декабря 1807 по март 1808 года прошло товаров на 140 тысяч долларов (28 тысяч фунтов стерлингов), а с марта 1808 до 1 января 1809 гг. — на 183 тысячи долларов.
Купцы Новой Англии, традиционно связанные с британским рынком, начали продавать суда с товарами сразу в американских портах подставным гессенским, ганноверским, вюртембергским и тому подобным фирмам, которые конечно же являлись филиалами английских торговых компаний. В Коннектикуте поступили хитрее, там ввели особый таможенный сбор — «регулярный платеж» (Standing Order), внеся который купец получал так называемое «специальное разрешение». Согласно этой бумаге купцы могли торговать со странами, на которые наложено эмбарго. В результате из северо-восточных штатов в порты Канады и Британии рекой потекли лес, хлопок, лен, конопля, заместив в эти трудные годы столь нужные англичанам товары.
Правительство начинало выглядеть глупо в этой ситуации. 8 января 1808 года Джефферсон запросил у Конгресса одобрения на вербовку в Континентальную Армию 30 000 человек, чтобы эффективно закрыть границу с Канадой. Конгресс отверг это предложение, однако поддержал президента по вопросу штрафов и конфискации имущества у нарушителей эмбарго. Но всё это осталось словами — протесты продолжали усиливаться, а объем контрабанды в 1810 г. перевалил за отметку 1,2 миллиона долларов (240 тысяч фунтов стерлингов).
Как ни странно, Британия спокойно пережила эмбарго США, ведь у этой проблемы было две стороны. Первая — невозможность покупки в США материалов и товаров, которые негде было заместить. Эта задача была легко решена с помощью контрабанды, о масштабах которой мы рассказали выше. Сбыт же своих собственных товаров британцы переориентировали на Южную Америку, благо, американские корабли из-за эмбарго стояли в портах на приколе и в море не выходили. Таким образом, Англия просто заместила Америку на южноамериканских рынках.