Очень важной для эволюции религиозных представлений после Реформации была внутренняя перестройка теизма, появление внутри теистических воззрений новых тенденций. Такая перестройка происходила и в католической церкви, но Реформация ее усилила. Этот результат Реформации явным образом связан с наукой XVII в. Реформация поставила на место централизованной и космополитической иерархии католицизма новые религиозные инстанции — от национальной епископальной церкви в Англии до неиерархических групп. Этот процесс привел к значительному усилению подвижности религиозной догматики. Ревизия догматов, происходившая и в средние века, стала интенсивнее в протестантских странах. Здесь она была в гораздо большей степени связана с неканонизированным мышлением и освобождалась от сурового подчинения канонам. Происходило это в странах, где уже не только средиземноморская торговля и связанная с ней промышленность, но и новые, «атлантические» области человеческой практики быстро расширяли человеческий опыт. Для догматики католицизма критериями истинного представления о боге, рае и аде были канонизированные тексты. Если человек оказывается перед природой без промежуточной системы канонических понятий, если длительная полемика против реальности этих понятий подтачивает такое средостение между чувственными восприятиями и логическими дедукциями, то религия сенсуализируется. Человек всегда исходил из своего опыта при формировании представления о божестве, но этот процесс завершился повторением традиционных образов, т. е. тем, что уже не требовало явного сенсуального обоснования. Уже Данте населил ад, чистилище и рай, не слишком считаясь с традицией и текстами. Возрождение сделало схоластическую стену между эмпирией и логикой еще менее прочной, а Реформация повернула религию к ее сохранившим сенсуальный характер истокам, отринув диктатуру богословской догматики, творений отцов церкви, канонизированного перипатетизма. Протестанту было гораздо легче, чем правоверному католику, ссылаться на сферу земного бытия, на сферу опыта, особенно нового, нетрадиционного опыта, указывать на венецианский арсенал как на исходный пункт логических абстракций, как это сделал Галилей в «Беседах и математических доказательствах, касающихся двух новых отраслей науки» (изданных в Голландии, за пределами католической контрреформационной реакции).
Напомним здесь случай с упавшим яблоком, подсказавшим Ньютону идею о всемирном тяготении. Интуиция Ньютона была гениальной — она привела его от конкретного наблюдения к новой системе мира. Точнее, это было совпадение в одном мгновении наблюдения и обобщения его на бесконечный мир. Ньютон видел яблоко и вместе с тем думал о нем, и мысль о яблоке была sub specie aeternitatis. Она охватывала бесконечное время и бесконечное пространство. На этом пути от видимого конечного к мыслимому бесконечному существовал барьер — фетишизация мыслимого бесконечного в виде богословских текстов, описывающих непространственную, вневременную и сенсуально непостижимую сущность бытия.
Указанный барьер был в значительной мере снят Реформацией. В Англии это проявилось особенно отчетливо. Протестантская идея непосредственного общения с богом, минуя разработанную церковную догматику, переносила религию в область непосредственного изучения «мудрости творца».
В первой из Бойлевских лекций (они читались с 1692 г. по завещанию Роберта Бойля «в защиту христианской религии против неверных») Р. Бентли говорил, что не священными книгами нужно опровергать атеизм, а «мощными томами видимой природы и вечными таблицами здравого разума». Здесь сразу же возникает ассоциация с «Математическими началами натуральной философии». Конечно, программа Бентли — это программа религиозного использования науки, ее подчинения апологетическим задачам церкви. Но и религиозное использование науки основывается на познании «видимой природы», т. е. на эмпирическом познании, и на «вечных таблицах здравого смысла», т. е. на логических дедукциях. Для решения апологетических задач может быть применена полученная в результате эмпирических наблюдений и логических выводов схема мироздания без согласования ее со священными книгами. Конечно, для религиозной апологетики будут использованы неразработанные части этой схемы, ее неясности и противоречия. Мы увидим, что так и произошло.