С 1692 года Ньютон приступил к работе над новым изданием. Вначале переделки касались в основном второго закона движения. Добавились новые тексты. Учтены поправки, сделанные стремительным, хотя и лёгким Фацио. Изучены обстоятельные замечания Грегори. Появились новые гипотезы, потом гипотезы исчезли, превратившись в «Явления» и «Правила». Всё это было прекрасно, но касалось в основном умозрительной, теоретической части «Начал».
Сначала наиболее вероятным кандидатом на роль редактора второго издания считали Фацио, затем слухи переадресовали её Грегори, шотландцу тридцати с небольшим лет, довольно известному математику. Он был профессором астрономии в Эдинбурге, а затем и в Оксфорде — по прямой рекомендации Ньютона, Грегори действительно включился будто бы в издание, поскольку сохранились его «меморандумы» и «заметки», где он собственноручно отмечал все те исправления, которые Ньютон полагал бы необходимым внести в новый текст «Начал», а также свои предложения по изменению этого текста. Ньютон внёс поправки в свой текст первого издания, снабдил текст замечаниями на чистых страницах, а затем велел переписчикам сделать несколько аналогичных экземпляров, которые и разослал друзьям. Сегодня известно одиннадцать таких экземпляров: среди них — два экземпляра Ньютона, экземпляры Фацио, Бентли, Локка, Грегори.
У экземпляра Грегори — примечательная судьба. Его другом в то время — в девяностые годы — был медик Арчибальд Питкарн, один из крупных шотландских врачей. Он обожал Давида Грегори и помогал ему, вплоть до того, что согласился быть курьером между ним и Ньютоном, подготавливал рукописи Грегори, сравнивал результаты расчётов, делал копии. В 1692 году, встретившись с Ньютоном в Кембридже, он уговорил его отдать ему рукопись «О природе кислот» для опубликования. Именно Питкарн, по мнению советского исследователя В. С. Кирсанова, выполняя поручение Грегори, скопировал замечания Ньютона для второго издания и подготовил рабочий аннотированный экземпляр для Грегори. Экземпляр книги чудом уцелел и был недавно обнаружен в библиотеке Московского университета, куда он попал из библиотеки Петра.
Грегори оставил в своих дневниках заметки, по которым можно судить о ходе работы Ньютона над книгой. В 1702 году ему уже ясно, что Ньютон намеревается переиздать книгу. Через два года Ньютон вновь подтвердил своё намерение выпустить второе издание и рассказал, что в свободное время исправляет книгу и уже довольно далеко продвинулся. К лету следующего года, как сообщает Грегори, «работа целиком закончена, вплоть до секции VII, книги II». Ньютон считал, что здесь начинается самый трудный кусок работы, — и если раньше самыми трудными были теории движения комет и Луны, то теперь положение меняется — седьмая секция посвящена сопротивлению жидкостей движению тел, и именно она, по-видимому, явилась для него камнем преткновения, хотя и теория комет, и теория Луны оставались по-прежнему не вполне прояснёнными ввиду недостатка астрономических наблюдений. Вот почему книга не вышла ни в 1707 году, как надеялся Грегори, ни в 1708-м. Издание заняло ещё несколько лет, но не потому, что Ньютон не спешил, а в силу совершенно иных причин.
Ньютон, напротив, очень спешил. Откладывать второе издание было уже невозможно. Первое разошлось, и если какие-то экземпляры оставались ещё у книгопродавцев, то их окружал ореол величайшего раритета — торговцы заламывали бешеные цены. Некоторые доходили до того, что требовали за книгу две гинеи. Студенты копировали книгу от руки.
На повторном издании настаивал и Бентли, ставший сейчас мастером Тринити-колледжа. Это могло бы не только материально поддержать университетскую печатню и университет в целом, но и укрепить его — Бентли — пошатнувшийся авторитет. На вопрос о том, почему он разрешил печатать книгу именно Бентли, человеку, мало разбирающемуся в вопросах, изложенных в «Началах», Ньютон простодушно отвечал:
— Бентли любит деньги, пусть подзаработает.
В жадности Бентли сомневаться не приходится, особенно учитывая его перемещения в Тринити, всегда отмеченные поиском наиболее доходных мест. Но у Бентли были и другие основания, менее земные — он пытался встряхнуть Кембридж от векового сна. Внести в обучение новую струю и, в частности, пестовать новую физику — физику Ньютона. Бентли решил реформировать академическую жизнь, установить не иерархию родовитости, а иерархию научных заслуг, придать большую роль изучению естественных наук и для этого построить за свой счёт обсерваторию над главными воротами колледжа. Отвечая на призыв Бентли, Ньютон обещал сконструировать, заказать и приобрести для обсерватории за свой счёт часы с маятником.
Не понимая «Начал» Ньютона, Бентли был тем не менее ярым ньютонианцем. А ньютонианцем он был потому, что увидел в трудах Ньютона научную основу для… опровержения атеизма, гоббсизма, картезианства и всякого прочего ненавистного ему атеистического «вздора».
На исходе 1691 года умер Бойль, мучимый религиозными сомнениями. В Лондоне говорили, что чёрная меланхолия не раз подводила его к самоубийству — не было ли так и на этот раз?
— Демон воспользовался моей меланхолией, наполнил душу ужасом и внушил сомнения в святых истоках, — не раз говорил Бойль перед смертью. Сомнения приводили его к подробнейшему изучению Библии, которую он читал в ранних, «не испорченных ещё» вариантах. Исследования Библии привели к его книгам «Опыт о святом писании» и «Христианский виртуоз» — там разум примирялся с религией. Книга «Обсуждение конечных причин» Бойля — это порицание Декарта и его системы мира, доказательство божественного начала в строении Вселенной.
Когда вскрыли завещание Бойля, обнаружили там и сумму в пятьдесят фунтов, которые Бойль оставлял «теологу или проповоднику», который будет ежегодно читать восемь проповедей «в защиту христианской религии против заведомых безбожников (неверных), а именно — атеистов, деистов, язычников, евреев и магометан… не затрагивая при этом каких-либо спорных между самими христианами вопросов».
Выполнить волю покойного выпало тридцатилетнему Ричарду Бентли,
Тема бойлевских лекций Бентли — «Опровержение атеизма».
— Священные книги, — гремел с кафедры Бентли, — не могут убедить атеистов в их заблуждении. Они у них не пользуются авторитетом… Пусть! Есть другие книги, свидетельство которых они должны будут признать более повелительным и необходимым, именно — мощные тома самой видимой природы и вечные таблицы здорового разума, в которых они, если только намеренно не захотят закрыть глаз, смогут открыть свою собственную глупость. «Математические начала натуральной философии» Ньютона — вот та книга, авторитет которой раздавит атеистов!
Именно к Ньютону обратился Бентли за помощью в опровержении атеизма. Он приводил факты, вычитанные им в «Началах», в частности, что Земля расположена в отношении Солнца очень удачно; если бы она была бы размещена ближе к Солнцу или дальше от него, природные условия не позволили бы развиться на ней жизни. Как не может быть жизни, например, на орбите Меркурия или орбите Сатурна. В этом Бентли видел прямой божественный промысел.
Доказательство бытия божия с помощью натуральной философии!
Ньютон отвечает на письма Бентли уклончиво. Рекомендует литературу, соглашаясь с Бентли, отвечает ему общими фразами, иногда возражает.
Ньютон — Бентли
«Непостижимо, чтобы неодушевлённая и грубая материя могла бы без какого-либо нематериального посредника действовать на другую материю… если притяжение, как его понимал Эпикур, является главным и неотъемлемым свойством материи. Именно поэтому я и просил Вас не приписывать мне идею прирождённого материи тяготения».
Так или иначе, Бентли решил за свой счёт предпринять второе издание «Начал». Он старался, чтобы издание было ярким, нарядным. Не поленился выписать из Италии особую бумагу. Подобрал и редактора — Роджера Котса, своего молодого последователя. Котс прекрасно знал математику, был замечен Бентли и назначен Плюмиановским профессором астрономии беспрецедентным способом — ещё до того, как получил учёную степень магистра.