Высокой продуктивностью пойменных угодий невозможно добиться без правильного регулирования уровня грунтовых вод в пойме. Часто, осушая избыточно увлажненное притеррасье, переосушают территорию всей поймы, что неизбежно приводит к падению продуктивности пойменных лугов. Недопустимо сквозное сбрасывание дренажных вод в реку. Необходима организация простого регулирования и управления водным режимом поймы. Это прежде всего шлюзование всей дренажной сети и регулярное наблюдение за уровнем грунтовых вод. Опыт территорий с высоким уровнем мелиоративной культуры (Прибалтика) позволяет сделать вывод: регулирование водного режима — дело хотя и не очень сложное, но ответственное. На хозяйственно важных пойменных угодьях необходимо иметь несколько смотровых скважин для наблюдения и регулирования уровня грунтовых вод. Следует помнить, что их оптимум в поймах находится на глубине 1,0—1,5 метра, и поддерживать его.
Кроме того, пойменные местообитания играют важную роль в жизни биосферы Земли. Они представляют собой естественный барьер, аккумулирующий смытые с водораздела вещества и предотвращающий их попадание в моря и океаны.
Поймы — мощный биологический фильтр по очистке растворенных веществ, поступающих со стоком грунтовых вод. Особая роль в фильтрации химических веществ почвенно–грунтовых вод принадлежит притеррасной части поймы.
Как известно, именно пойменные луга больше всего пострадали от гидростроительства. Если при инвентаризации природных кормовых угодий в 1932—1933 годах пойменных лугов насчитывалось в стране 36 миллионов гектаров, то сейчас эта цифра снизилась до 30 миллионов. Только затопленная водохранилищами площадь на начало 1983 года составила 6,8 миллиона гектаров, из которых 2,9 миллиона приходится на сельскохозяйственные угодья, в том числе 2,1 миллиона гектаров — пойменные сенокосы и пастбища и 800 тысяч гектаров — пашня.
Исходя из сложившихся темпов выделения средств на гидротехническое строительство, можно предположить, что до 2000 года водохранилищами может быть затоплено еще более 2,2 миллиона гектаров земельных угодий, из которых более 700 тысяч гектаров сельскохозяйственных угодий и земель, потенциально пригодных для сельскохозяйственного освоения.
Кроме затопления пойменных лугов, а следовательно, и исключения их из сельскохозяйственного оборота, создание водохранилищ повлекло за собой также подтопление прилегающих к ним земель и образование мелководий. Площадь подтопленных пойменных лугов в целом по стране оценивается в 297 тысяч гектаров, тогда как общая площадь мелководий составляет 1378,5 тысячи гектаров. В связи со строительством новых водохранилищ площадь подтопленных сенокосов и пастбищ к 2000 году возрастет по экспертным оценкам на 187 тысяч гектаров, а площадь мелководий — на 405,6 тысячи гектаров, что, конечно же, вызывает сильную тревогу.
В настоящее время подтопленные площади, как правило, или совсем не используются, или превращены в малопродуктивные пастбища. Между тем еще в 1974 году СевНИИГиМ разработал “Рекомендации по использованию в сельском хозяйстве подтопленных и временно затопляемых водохранилищами земель”, но они вышли ограниченным тиражом и не имели широкого выхода в практику.
Помимо всего прочего, в нижних бьефах гидроузлов происходят изменения режима обводнения и удобрения илом заливных лугов. Травостой их постепенно изменяется: влаголюбивые растения сменяются менее влаголюбивыми, злаковые и бобовые травы уступают место неприхотливому, но и менее ценному в кормовом отношении разнотравью. Происходит, таким образом, процесс превращения заливных лугов в суходольные. Такова судьба знаменитой Волго–Ахтубинской поймы.