Находки палеонтологов и археологов мало что говорят об одном из самых интересных вопросов — о связи мышей с человеком. Вероятно, па стоянки древних предков человека костные остатки этих зверьков могли попасть в желудках и с экскрементами более крупных животных, на которых охотились первобытные люди. Первые свидетельства присутствия мышей в человеческих поселениях обнаружены в Турции при раскопках неолитического города Чатал Ююк (6500—5600 гг. до н. э.). Интересно, что у истоков развития человеческой культуры мышиные косточки играли определенную ритуальную роль: в захоронениях Чатал Ююк оказались многочисленные черепа и лапки мышей. Антропологи предполагают, что они должны были напоминать умершему о его ручных зверьках или обеспечивать ему пищу в пути. Судя по костным остаткам, найденным на Иберийском полуострове в отложениях бронзового века, там обитали уже две формы мышей: комменсальная и дикая. Найдены доказательства присутствия мышей в городах Древнего Египта и Южной Европы. Вероятно, от домовых мышей страдали жители не всех городов древнего мира. Например, в Помпее не обнаружено костных остатков этих грызунов.
Если в нашем распоряжении есть довольно богатый материал по распространению мышей из Южной Европы, то с севера этого континента его довольно мало. Фрагменты костей найдены в отложениях бронзового века Голландии (1200—777 гг. до н. э.). Есть материал из Франции, со Скандинавского полуострова, островов Балтийского моря. Распространение различных видов домовых мышей происходило, вероятно, с помощью человека — мыши получали возможность преодолевать водные преграды, в том числе и моря.
Превратившись в синантропных грызунов, эти зверьки стали одним из древнейших и постоянных спутников человека. Предполагают, что они широко расселились по Европе в железном веке. Относительно поздно эти грызуны проникли на Британские острова (где-то в конце доисторического времени). Во всяком случае, во времена древних мореплавателей домовые мыши были широко распространены по всей Европе и завезены ими в Америку. Интересно, что на Американский континент попали представители М. m. domesticus.
В настоящее время домовых мышей можно назвать космополитами, обитающими на всех материках земного шара. Нет их лишь в Арктике и Антарктиде.
Л. И. Прилуцкая на основании изучения большого литературного материала пришла к выводу, что сейчас ареал домовых мышей в СССР охватывает всю территорию страны. Эти грызуны населяют все ландшафтно-географические зоны от пустынь на юге до тундры на севере. Исключение составляют лишь районы Крайнего Севера, суровые арктические тундры азиатской части СССР, ряд районов Чукотского полуострова и острова Полярного бассейна, а также бесплодные пустыни, где мыши обитают в оазисах. Численность представителей рода Mus на территории СССР в различных районах неодинакова. Особенно много этих грызунов на юго-западе европейской части СССР.
Расселение домовых мышей продолжается и по сей день. Они осваивали районы Сибири вместе с человеком. В Якутии, например, отдельные устойчивые поселения этих зверьков возникли лишь во второй половине XIX в., а за последние двадцать лет, интенсивно расселяясь, маленькие грызуны заняли северо-восточную часть Якутии. Устойчивые популяции облигатно синантропных домовых мышей (т. е. в течение всего года живущих в постройках человека) образовались в ряде населенных пунктов по Алдану и ее притокам в долине Вилюя. В некоторых пунктах зверьки хотя и появляются, но не образуют устойчивых поселений. Домовая мышь проникает в район верхней Яны и в зону Адычанской ГЭС, а совсем недавно вслед за человеком расселилась вдоль БАМа. Судя по внешнему виду и морфологическим особенностям, по БАМу идет распространение двух форм мышей (каких именно, пока неясно), которые скрещиваются между собой.
Вместе с человеком домовые мыши не только покоряют материки, но и проникают на океанические острова. Анализ литературных данных по заселению островов провели зоологи В. В. Кучерук и В. А. Лапшов. Попав на остров вместе с грузом — продуктами, фуражом или сырьем, домовые мыши заселяют его в том случае, если оказываются способными успешно конкурировать с грызунами местной фауны и завезенными синантропными крысами. Особенно широко расселились домовые мыши на островах и побережьях Северного Ледовитого и Атлантического океанов, где найдены на 69 и 79% обследованных островов, причем, как правило, эти зверьки обитают вместе с крысами. В Тихом океане мыши распространены не так широко: они обнаружены на трети островов, заселенных синантропными грызунами. Здесь им приходится уживаться с серыми и черными крысами, а также с другими крысами рода Rattus. В Тихом океане эти зверьки обосновались на 38% островов, причем половина из них населена только домовыми мышами. В Антарктической области домовым мышам удалось проникнуть также на 38% островов, причем на половине из них другие синантропные грызуны отсутствуют. Замечена такая закономерность: наиболее мелкие океанические острова населены лишь домовыми мышами. Возможно, это связано со спецификой каботажной транспортировки, размерами и устройством судов.