Ван Гельмонт, подобно Парацельсу, был противником галенизма с гем преимуществом, что его знания были лучше обоснованы. Изучив все отрасли знания, он стал врачом, горячо верившим в свою науку. Единство природы — вот его основное положение; человек, как и каждое существо, состоит из вещества и силы. Вещество ван Гельмонт называет материей, силу — археем. То, что Гёте много позднее выразил как «Умри и возродись!», он усматривал в непрерывном образовании и исчезновении, изо дня в день принимающем новые формы по вечной воле творца. Жизнь состоит в тесном соединении вещества и силы, материи и архея; при этом ван Гельмонт различал два источника силы: высший архей, названный им Archaeus influus, являющийся жизненным началом, более духовным, чем архей в представлении Парацельса, и Archaeus insitus, т. е. архей, каким обладали орган и каждая часть человеческого тела; этот архей тесно связан с веществом органа. Но не следует думать, что ван Гельмонт считал Archaeus influus душой; для него этот архей скорее был лишь органом души.
Ход его мысли был следующим: над материей властвует архей, ниспосланный душой; самой душой повелевает дух, божественный и бессмертный. В своем представлении о болезнях ван Гельмонт соглашается с Парацельсом. Заболевание не простая противоположность здоровья; болезнь есть действительность, ens reale, и местом ее пребывания служит сам архей, с которым она должна быть связана, ибо архей — идея жизни. В связи с этим возникают изменения в органе, в теле человека. Следует указать на символизм, лежащий в основе такого хода мыслей ван Гельмонта. Но его значительный шаг вперед в медицинском мышлении не оставляет сомнений.
Ван Гельмонт коротко высказывает свои взгляды и на причины болезней. Основой, причиной в собственном смысле всегда является idea morbosa, т. е. конституция, предрасположение. Все остальное — только случайная причина; при ней все зависит от Archaei influus; случайные причины зависят от Archaei insiti; они более важны, гак как здесь врач может вмешаться; случайные причины снова разделяются на две группы: полученное (гесерta) и задержанное (retenta); первое проникает извне вследствие колдовства или действия ядов; второе возникает, например, вследствие неправильного пищеварения.
По вопросам лечения ван Гельмонт высказывает следующие взгляды. Задача человека — изучить тайные силы лекарств, они действуют не в силу противоположности (Гален), не ввиду сходства качеств (Парацельс), а тем, что вызывают в архее новые излечивающие начала. О своих лекарствах, которые он называл тайными (arcana), т. е. специфическими, он сообщает немногое; он хотел воспрепятствовать злоупотреблению ими; кроме того, он был противником чрезмерных кровопусканий и чрезмерного применения слабительных. Он, подобно Парацельсу, был реформатором медицины и хотел таковым быть. Что он, несмотря на успехи его учения сравнительно с учением Парацельса, все–таки встретил лишь малое признание, зависело частично от него самого, частично от его эпохи. Ибо ван Гельмонт после своих странствий удалился в дёревню под Брюсселем, где как всеми уважаемый практический врач в тишине работал над своими книгами.
Многие, естественно, отвергали не только взгляды ран Гельмонта, но и ятрохимию в целом. Кроме того, как ее соперница возникла ятромеханика, или ятрофизика, не объяснявшая организма человека и жизни в свете химии, но пытавшаяся разрешить загадки природы, исходя из аналогии с механическими явлениями. Исходной точкой этого учения стал появившийся в 1628 г. труд Уиллиама Гарвея о движении сердца и крови, принесший ему честь открытия большого круга кровообращения. Впрочем, уже до него Сервет высказал мысли о газообмене в легких и тем самым открыл малый круг. Но Сервет был богословом, борцом за свою веру, за что он впоследствии поплатился жизнью, и его столь важное для физиологии замечание, высказанное им в богословском сочинении, не привлекло к себе должного внимания.
Напротив, открытие Гарвея, бывшее результатом наблюдений и эксперимента, привлекло к себе живой интерес, и врачи отныне стали рассматривать и объяснять все процессы в человеческом теле как механические явления. К этому присоединилось влияние философа и математика Декарта, видевшего в человеческом организме физическое тело, мельчайшими составными частями которого были тельца, двигавшиеся вихреобразно, что и определяло все функции и качества организма. Таким образом, человек и животные были организмами, подобными машине, и подпадали под действие законов математикй и механики.
На медицину ятрофизика вначале оказывала неблагоприятное влияние; ученые допускали преувеличения и старались все объяснить механически; весьма сильно сказывался и дух сомнения, охватывавшего Декарта. Это касалось также и восприятий органами чувств, для реальности которых требовали доказательств на основании экспериментов; с этой целью были созданы различные измерительные приборы; разумеется, пользовались и весами. Медики начали мыслить при помощи цифр и чисел.