В то же время он выражал сожаление, что многие из духовенства на исповеди обращают основное внимание не на нарушения заповедей Евангелия: на зависть, лицемерие, тщеславие, фарисейство, сребролюбие и прочее, а на внешние дела, на церковную дисциплину: все ли правила выполнил, как часто ходил в храм, сколько говел перед Причастием, не съел ли молочка в пост и т. п. Это хотя и необходимо, но такие нарушения не столь загрязняют душу, как грехи против заповедей Христовых. Он говорил: «Комара отцеживают, а верблюда поглощают (см.: Мф. 23:24): правила можно вычитать, а причаститься в суд и осуждение».
Особенно его расстраивало, когда слышал, как некоторые священники на исповеди чисто механически разрешают верующего от грехов, нисколько не беспокоясь о чистоте его совести. В результате люди начинают смотреть на исповедь как на какой-то обряд, а не Таинство Покаяния.
Во время Литургии игумен Никон не исповедовал, совершая это или до нее, или, если исповедующихся предполагалось большое число (например, в Великий пост), накануне вечером. Он говорил: «Человек должен молиться во время Литургии, а не стоять в очереди».
Если у исповедника на совести было что-то тяжелое или он не причащался много лет, то батюшка такого человека сразу к Причастию не допускал, благословляя ему сначала походить в течение какого-то времени на богослужения, а иногда откладывал Причастие до очередного поста. При этом он давал ему исполнять дома небольшое правило: определенное количество земных (больным — поясных) поклонов и молитв Иисусовых или мытаря.
Батюшка часто повторял, что самые страшные враги священства — это, с одной стороны, человекоугодие, стремление понравиться народу, с другой — властолюбие, желание командовать людьми, иметь духовных чад (послушных рабов). Это стремление превращает священника в достойного сожаления фарисея, отвергнутого Богом и вызывающего осуждение и насмешки у людей. Такой священник, ищущий славы от людей, находится в прелести. Об этом батюшка говорил всегда с особой горячностью.
Разрушающей веру и Церковь считал отец Никон практику исполнения так называемых треб, когда священнодействия совершаются скороговоркой, неразборчиво, как-нибудь. Лучше уж меньше прочитать, говорил он, но с благоговением, отчетливо, понятно, нежели так кощунствовать над словами молитв и словом Божиим. Но его требования такого чтения и пения при совершении Таинств Крещения, Брака, Елеосвящения или молебна, панихиды и т. д., естественно, вызывали негодование у тех, кто считал, что главное — все вычитать, как положено. А понимают ли при этом люди и молятся ли они, это не имеет никакого значения. Помню, как псаломщица-монахиня, которая вечно спешила и читала молитвы небрежно, сливая фразы и слова, очень возмущалась на такие требования батюшки.
Отец Никон был очень строгим по отношению к себе (но не к другим). Вставал всегда не позже шести часов, ложился около двенадцати. В неслужебные дни до самого завтрака, который бывал где-то в одиннадцать часов, молился. Молился и днем, делая пятисотницу (триста молитв Иисусовых, сто — Божией Матери и по пятьдесят всем святым и Ангелу Хранителю), приглашая иногда к этому и домашних. Ел мало. Вино пил очень редко, немного, по каким-либо особым случаям и только сухое.
У него был дар непрестанной молитвы, который обнаружился случайно. Однажды он так угорел в бане, что потерял сознание. И когда его несли, то окружающие с удивлением услышали, как он, не приходя в себя, непрерывно произносил молитву Иисусову. Особенно поражены были этим прибывшие медработники «скорой помощи».
Он не позволял сделать для себя какую-либо услугу, принести что-либо, убрать и т. д. Считал, что без крайней нужды пользоваться трудом другого человека грешно. Он вменил себе в обязанность некоторые домашние и хозяйственные дела, например, в холодное время года загружал и вычищал котел, который топился углем и был очень неудобным для пользования, делал парники, высаживал в них огурцы, помидоры, копал огород, обрабатывал плодовые деревья и кустарники, пилил и колол дрова и т. д.