Поскольку многие в то время стали предполагать, что ископаемый окаменевший череп из Неандерталя, найденный ещё в 1856 г., представляет собой вещественное доказательство истинности гипотезы об обезьяночеловеке, Вирхов категорически дезавуировал его, зачислив опять-таки по ведомству патологии: череп принадлежит патологическому субъекту. А позже Вирхов всем своим авторитетом старался дезавуировать кости яванского питекантропа: согласно его упорным экспертизам, и черепная крышка, и бедренная кость принадлежат ископаемому гигантскому гиббону.
Наконец, наиболее успешно Вирхов опроверг ещё одно широко распространившееся мнение, что предковый вид, обезьяночеловек, пока не полностью вымер и что именно его Линней описал в XVIII в. среди живущих на Земле видов. Он описал его под именем Homo troglodytes (человек троглодитовый), определяя его также словами «сатир», «человек ночной» и др. Линней опирался на свидетельства ряда авторитетных в его глазах древних и новых авторов. За эту идею линнеевой классификации горячо ухватились было почитатели Дарвина. Они считали возможным найти в некоторых труднодоступных районах Земли это живое ископаемое — они называли его также встречающимся у Линнея в другом смысле именем Homo ferus. Вирхов категорически отверг достоверность всех прошлых и современных сведений о Homo troglodytes. Доставленную из Индокитая и демонстрировавшуюся в Европе волосатую, лишённую речи девочку, прозванную Крао, он осмотрел лично. Диагноз его гласил, что это — патологический случай и что девочка по расовому типу — сиамка. Остаётся весьма странным дальнейшее поведение Вирхова: в подтверждение своего диагноза он счёл нужным опубликовать письмо абсолютно далёкого от науки путешествовавшего по Азии герцога Мекленбургского, который, по его просьбе, якобы нашёл сиамскую семью, где родилась девочка. Письмо это в глазах историка является документом сомнительным.
Борьба Вирхова против дарвинизма достигла своей кульминации в 1877 г. на съезде естествоиспытателей в Мюнхене. Здесь Геккель выступил с докладом «О современном состоянии учения о развитии и его отношении к науке в целом», а Вирхов — против него с речью «О свободе науки в современном государстве», где обрушился на дарвинизм и требовал ограничить свободу преподавания дарвинизма, поскольку он является «недоказанной теорией». Вирхов запугивал слушателей примером Парижской коммуны и предостерегал их от пагубного влияния дарвинизма. Геккель выступил с ответом: дарвинизм, говорил он, не могут отменить нападки ни церкви, ни таких учёных, как Вирхов. Позже Геккель писал: «…после мюнхенской речи все противники учения об общем происхождении, все реакционеры и клерикалы в своих доказательствах опираются на высокий авторитет Вирхова»[45]. А Дарвин, ознакомившись с речью Вирхова, двинувшего против дарвинизма и религию, и политику, писал Геккелю, что поведение этого учёного отвратительно, и он надеется, что тому когда-нибудь будет этого стыдно. История не располагает данными, чтобы надежда Дарвина когда-либо оправдалась.
Но атака Вирхова запоздала. В 1871 г. Дарвин уже вывел свою систему из-под его огня, ибо главной мишенью Вирхова был преимущественно обезьяночеловек. Удары достались в основном Геккелю и Фохту.
В первых двух главах и в шестой главе своей книги «Происхождение человека и половой отбор» Дарвин счёл необходимым резюмировать и кое в чём дополнить то, чего достигли авторы, применившие к антропологии идеи эволюции видов. Следуя во многом Гексли и Фохту, он охарактеризовал сходство строения тела и функций у человека и других животных, в особенности антропоморфных обезьян; следуя во многом Геккелю — эмбриологическое сходство человека и других животных; следуя во многом Канестрини (1867 г.) — свидетельства рудиментарных органов человека в пользу его происхождения от животных; следуя во многом Фохту, — свидетельства атавизмов. Наряду с фактором естественного отбора Дарвин ввёл здесь биоэстетический фактор эволюции — развитие некоторых признаков для привлечения противоположного пола, однако, хоть и вынес его в заглавие, не приписал ему особенно большой роли в антропогенезе.