Таким образом, все, что известно о древнем пифагорейском учении до конца IV века до н. э., сводится к трем вопросам: к учению о переселении душ, бытовым заповедям, куда относится большая часть акусмат, и космологическим теориям, связанным с учением «все есть число».
Научная деятельность древней пифагорейской школы не получила развития. Пифагорейская наука и философия пережили период преследований и просуществовали до начала IV века до н. э., до деятельности Архита в Таренте, после чего пифагорейская философия утратила всякое значение. В отличие от этого религиозное направление пифагореизма, пифагорейские мистерии, сохранились и получили дальнейшее развитие в неопифагореизме.
Под термином «неопифагореизм» подразумевается пифагорейская философия эллинистического времени и времени Римской империи. Этот термин появился в начале XIX века вместо прежнего обозначения пифагорейской философии любого времени как пифагореизма. Выделение пифагорейской философии эллинистического и императорского времени в особый этап было обусловлено свидетельствами античных авторов о прекращении существования древнего пифагореизма и возрождении пифагореизма в Риме в I веке до н. э. Выделению неопифагореизма в отдельный этап длительное время препятствовало то обстоятельство, что большая часть пифагорейской литературы представляет собой подложные сочинения, приписываемые Пифагору или другим представителям древнего пифагореизма, которые сохранились в отрывках или известны из упоминаний других авторов. Важным этапом в этом отношении явилось издание Платона Ф. Шлейермахером, вышедшее в 1804 году, который доказал, что суть платоновского учения можно уяснить только из изучения самого Платона и что неоплатоническая интерпретация Платона представляет собой искажение его философии. Шлейермахер придал новый смысл термину «неоплатонизм» — не просто новый, но также и измененный. По аналогии с эти появляется термин «неопифагореизм», вошедший в научный язык после многократного употребления его Гегелем, отделявшим древний пифагореизм от того, что относится к неоплатоникам и неопифагорейцам.
Итак, древняя пифагорейская школа прекратила существование в IV веке до н. э., но пифагорейские мистерии, напротив, получают значительное распространение. Именно мистический пифагореизм стал той средой, из которой вышли под именем Пифагора мистические сочинения, распространившиеся во II веке до н. э. Такой пифагореизм, как форма религиозного культа, сохранялся также и в эллинистическое время. Что же касается пифагорейской философии, то для этого времени нет оснований говорить о существовании научной школы или живой философской традиции. Псевдопифагорейские сочинения эллинистического времени были эклектическим сочетанием платоновско-аристотелевской философии и эллинистической науки. Таким образом, эллинистический период, к которому относятся многие пифагорейские сочинения, был связующим звеном между древними пифагорейцам и неопифагореизмом, возродившимся в I веке до н. э.
Пифагорейская литература эллинистического времени включает две группы сочинений: сочинения, приписываемые Пифагору или связанные с Пифагором, и сочинения, приписываемые другим пифагорейцам. Сочинения второй группы, датируемые III веком до н. э., происходят из Южной Италии, где центром пифагорейских занятий был Тарент, а сочинения первой группы восточного происхождения — из Александрии, Афин и других мест, и они появились после 200 года до н. э. Характерным представителем восточного пифагореизма был Аполлоний Тианский, олицетворявший пифагорейский идеал мудреца. В это время формируется представление о пифагорейском образе жизни, которое затем нашло отражение в биографиях Пифагора у Диогена Лаэртского, Порфирия и Ямвлиха, и этот образ Пифагора стал примером для Аполлония Тианского в первой половине I века н. э. Среди источников неопифагореизма преобладали академические сочинения, влияние перипатетиков и стоиков было менее значительным. Соединяя разнородные элементы, неопифагореизм содержал множество противоречий. По сравнению с платонизмом времени империи, представлявшим изложение философских взглядов, неопифагореизм преследовал религиозные цели. Псевдопифагорейские сочинения эллинистического времени были написаны с целью распространения учения определенной школы и представляли своего рода учебники философии. Большая их часть — это сознательные фальсификации, их авторы использовали чужие имена исходя из представления, что сам Пифагор не записывал свое учение и что, следовательно, это учение излагали его ученики. В целом эти сочинения относятся к до-философскому уровню: они носят дидактический характер, не претендуют на доказательство своих положений и обращаются в большей степени к вере, чем к разуму. Восточное направление неопифагореизма, первоначально независимое от западного, постепенно сближается с ним. Свидетельством их взаимного проникновения являются сочинения Ямвлиха.