Пониженные части территории (пойменные террасы) застраивались и заселялись в последнюю очередь, поскольку строительные работы в этих местах были сопряжены с рядом трудностей (наличие болот и заболоченных участков в сочетании с ежегодным затоплением паводковыми водами). Эти территории использовались в основном под сельскохозяйственные угодья. С ростом города возникли и новые оборонительные сооружения. Строится стена Китай-города. Нагорная часть Китай-города, являвшаяся продолжением кремлевского холма, с востока была ограничена болотистой местностью. Здесь вдоль берега Москвы-реки вплоть до Яузы тянулся Васильевский луг, а сама Яуза текла в крутых берегах. С северной и восточной стороны Китай-города был ров, Яуза на восточной границе Китай-города, Москва-река на юге, р. Неглинная - на западе прикрывали Москву от внезапных набегов татарской конницы. Запруженная речка Ольховка образовывала Великий пруд (будущий Красный пруд). Южная часть Занеглименья примыкала к Чертолью - урочищу, расположенному недалеко от впадения Неглинной в Москва-реку и получившему название от ручья Черторый. Между нынешними улицами Горького и Герцена находился Успеньев овраг. Пересекая теперешнюю площадь Свердлова, Неглинная превращала во время половодья значительную часть ее в топь. Отсюда начиналась Петровка, ведущая к стоявшему на крутом восточном склоне Страстной горки Петровскому монастырю.
Оборонительный ров вдоль стен Белого города тоже был построен с учетом местных водных артерий. В западной части в ров был спущен ручей Черторый, с северной - протоки Неглинной. По восточной стороне на месте рва были отдельные озерки, питавшиеся речкой Рачкой.
Еще в XVI в. расселение перешло черту Земляного города (современного Садового кольца) и в течение XVII в. Москва застраивалась узкими полосами вдоль радиальных дорог. Извилистые линии дорог и спусков к берегу соединяли разные уровни города. Таким образом, элементы застройки вступали в тесное взаимодействие с формами природного рельефа, подчеркивали топографические особенности территории.
В начале XVII в. в связи с ожиданием набега татар, было предпринято возведение грандиозного земляного вала вокруг Москвы по линии современного Садового кольца со рвами с внутренней и внешней сторон. Память об этом земляном вале сохранилась в названиях московских улиц - Крымский вал, Коровий вал, Валовая, Земляной вал, Землянка.
Побывавший в Москве в 30-х годах XVII в. немецкий путешественник А. Олеарий в своем «Описании путешествия в Московию…» писал о городе: «Величина его окружности считается до 3 немецких миль, но в прежние времена он был, должно быть вдвое больше. Матфий из Мехова пишет, что в его время Москва была вдвое больше, чем Флоренция в Тоскане или Прага в Чехии. Но в 1571 году, во время великого нашествия крымских или перекопских татар, и в другой раз, в 1611 году, поляками она была совершенно выжжена до самого Кремля.
Улицы в Москве довольно широки, но осенью и вообще в дождливую погоду ужасно грязны, и грязь там глубокая; поэтому лучшие улицы выложены деревянной мостовой…».
Замощение мостовых улиц началось приблизительно с середины XIV в. и, конечно, ограничивалось на первое время только главными улицами. Материалом для мостовых служило дерево, для приобретения которого так называемый Земский Приказ собирал со всех жилых мест «мостовые деньги». Английский посол в Москве того времени Д. Флетчер в своем сочинении «О государстве Русском» дал описание тогдашнего способа мощения. По его словам, мостовые устраивались из бревен, обтесанных с той стороны, по которой следовало ездить. Иногда поперек улицы раскладывались просто неотесанные кругляки, но в таком случае поверх их настилались вдоль улиц барочные доски, а на важнейших царских проездах - брусья. Остатки этих мостовых нередко обнаруживаются в наше время при раскопках на главных улицах, причем всегда эти мостовые оказываются лежащими в 2 или 3 яруса, отделенные друг от друга доходящими до 1 аршина и наполненном грязью промежутком; самые древние мостовые почти везде лежат на глубине двух аршин.
В 1692 г. велено было мостить улицы камнем, а в 1705 г. Петром I был издан указ, возложивший повинность мощения московских улиц на все государство. Согласно этому указу, сбор «дикого камня» был распределен по целой империи. Та же повинность была возложена сообразно промыслам на торговых людей, а занимавшиеся извозом или просто приезжавшие в Москву крестьяне обязывались предъявлять в городских воротах «по три камня ручных, но чтобы меньше гусиного яйца не было». Долго ли собирался таким образом камень - неизвестно, по только и в середине XVIII столетия, т. е. спустя 50 лет после названного указа, каменные мостовые существовали в Москве лишь на самых главных улицах, а деревянные, не говоря уже о многих отдаленных переулках, сохранились даже до вступления в столицу французов.