С начала 80-х годов XVII в. обстановка в Забайкалье и Приамурье стала более тревожной. Установив свое господство в Китае и подавив сопротивление китайского народа, маньчжурская (цинская) династия (1644–1911 гг.) начала подготовку к осуществлению широких захватнических планов. Убедившись в твердости политики России в отношении дальневосточных земель, маньчжурский двор решил пойти на прямой захват Забайкалья и Приамурья, с тем чтобы лишить русских какого-либо внешнеполитического влияния на Дальнем Востоке и обеспечить себе полное господство в этом регионе.
Занятое в начале 80-х годов сложными внешнеполитическими задачами борьбы против Турции, царское правительство не сразу оценило опасность и возможные последствия маньчжурской агрессии и отказалось от мысли о переговорах с двором цинского богдыхана.
В этих условиях в начале 1683 г. была изменена структура управления Восточной Сибирью: все восточносибирские уезды (Якутский, Иркутский, Илимский, Нерчинский, а также выделенный из него Албазинский) объединялись в Енисейское воеводство, во главе которого был поставлен князь К. О. Щербатов — крупный администратор того времени. Выделение Албазина из состава отдельного Нерчинского уезда, охватывавшего территорию собственно Приамурья, было демонстративно политическим актом, которым правительство подчеркивало незыблемость присутствия на Амуре русской администрации, по своим правам ничем не уступавшей воеводам других сибирских уездов.
В этот трудный для края момент подавляющая часть населения Забайкалья и Приамурья сохраняла верностъ российскому подданству. Население, платившее ясак, само просило у русских властей защиты, сообщало военные вести, служило проводниками, выдавало изменников, участвовало непосредственно в боевых действиях на стороне русских. Так, например, чтобы подтвердить свою лояльность, «князец» Гантжмур, выдачи которого длительное время добивались маньчжуры, со своим старшим сыном Катанаем выразил желание креститься и принять православную веру. Их крещение и поверстание в службу имело очень большое значение, так как окончательно исключало основания для притязаний маньчжурского двора.
Агрессивные вылазки цинских войск поставили перед правительством России трудные военные и дипломатические задачи. Маньчжурские войска стали угрожать русским поселениям на Амуре и на побережье Охотского моря в Якутии. Доставка подкреплений и оружия сюда требовала много времени, и к 1685 г. для обороны Забайкалья и Приамурья после понесенных потерь оставалось мало сил.
Сибирской администрации удалось использовать противоречия между халхаскими феодалами и удержать наиболее влиятельного из них — Очирой Саин-хана от прямой военной поддержки цинского двора, хотя позиция другого монгольского феодала — Галдана оставалась неясной и внушала большие опасения. Царское правительство России допускало даже возможность создания сплошного фронта от Западной Сибири до Амура.
В этих условиях русским властям в Забайкалье и Приамурье предстояло противостоять захватническим действиям цинского правительства с одной стороны и северомонгольских феодалов — с другой.
После захвата острогов на Зее и Селемдже командиры маньчжурских отрядов решили путем кавалерийских набегов из укрепленного лагеря в устье Зеи уничтожить русские селения на Амуре, обеспечивавшие Албазин продовольствием, а затем осадить и взять его. В марте 1685 г. маньчжурский войска появились непосредственно под Албазином. Кавалерийский отряд занял в трех верстах от крепости мельницу, пленил находившихся там казаков и работников и тотчас же отошел. До лета маньчжуры больше не подходили к крепости, и местное население смогло засеять пашни близ нее.
В начале июня маньчжурские отряды вновь появились под Албазином с намерением осадить его. При этом, как говорилось в грамотах цинского богдыхана, маньчжурский двор претендовал не только на Албазин, но и на всю Восточную Сибирь до Якутска и Енисейска. Такие ультимативные требования объяснялись тем, что маньчжуры знали о своем абсолютном превосходстве над русскими и надеялись на успех своего союзника Очирой Саин-хана в Забайкалье. Однако горстка казаков Тункинского острога, прикрывавшего Иркутск, с честью выдержала месячную осаду десятитысячного отряда монгольских конников. Это вынудило халхаских феодалов отозвать свои отряды.
В Албазине же положение русских войск становилось день ото дня все труднее. Начальник отряда А. Л. Толбузин, прибывший во второй половине мая 1684 г. в крепость и возглавивший ее оборону, 16 июня 1685 г. послал гонцов в Нерчинск с просьбой о помощи. Он отверг предложение маньчжуров о сдаче, надеясь на подмогу. Однако силы защитников были слишком слабы, боеприпасы кончились, и Толбузину пришлось принять условия врага.
В дальнейшем маньчжуры не смогли развить наступление и вопреки опасениям русских властей в Нерчинске дальше устья Аргуни не продвинулись. К тому же маньчжурские воеводы получили приказ быстро возвратиться в Китай, где вспыхнули волнения.
Для сохранения хлебных полей из Нерчинска был выслан другой отряд во главе с А. Бейтоном, а вслед за ним пошел на дощаниках по Амуру Толбузин. К 1686 г. для обороны Приамурья было стянуто свыше тысячи ратных людей, число которых в случае необходимости могло быть увеличено за счет промышленных людей и крестьян.
Основную часть урожая (более чем с тысячи десятин) удалось снять. Одновременно заготавливался лес для строительства укреплений и жилищ.
Уводя войска от Албазина, цинские воеводы тем не менее продолжали укреплять и улучшать коммуникации между Гирином и Айгунем и усиливать укрепленные лагеря на Амуре.
В начале июля 1686 г. вновь разгорелись тяжелые бои за Албазин. Осадная армия подошла к русской крепости по амурскому берегу и водным путем. Она насчитывала до 5 тыс. человек и располагала 40 пушками. Перед ней была поставлена задача взять Албазин и Нерчинск, после чего вернуться для зимовки в Албазин.
Гарнизон крепости, возглавляемый А. Л. Толбузиным, насчитывал 826 защитников. Он геройски оборонялся, предпринимая частые вылазки. На пятый день обороны был тяжело ранен и вскоре скончался Толбузин. Командование крепостью принял А. Бейтон. Албазин продолжал обороняться вплоть до декабря, и, хотя в составе гарнизона осталось всего 150 человек, крепость так и не была взята китайцами. Пятимесячная оборона Албазина, начавшаяся 7 июля 1686 г., по праву занимает почетное место в истории русской военной славы.
Трудности, с которыми столкнулось цинское правительство Китая в своих действиях в Приамурье, вынудили его пойти на установление дипломатических отношений с русским правительством. Официальное послание богдыхана об условиях мира прибыло в Москву 15 ноября 1685 г. Тем временем тревожные вести из Даурии и притязания Канси на Восточную Сибирь побудили русский царский двор принять соответствующие решения об обороне Забайкалья и Приамурья.
28 ноября 1685 г. был подписан царский указ о назначении Ф. А. Головина, известного русского дипломата того времени, боярина, великим и полномочным послом для ведения переговоров с маньчжурскими представителями на пограничном съезде. Русское правительство не собиралось поступаться дальневосточными землями. Головину вменялось в обязанность отстоять дальневосточные русские рубежи не только дипломатическим, но и военным путем. Для организации обороны ему фактически на правах наместника передавалась власть над огромной территорией Иркутского, Нерчинского, Албазинского уездов.
К моменту прибытия Головина (сентябрь 1687 г.) в Забайкалье фактически прояснился вопрос о новом выступлении Очирой Саин-хана против России. В январе 1688 г. халхаские конники одной группой двинулись на Селенгинск, другой — к Байкалу, чтобы перерезать дорогу, связывавшую эабайкальские отряды с Иркутском. В конце января 1688 г. около Удинска произошло столкновение с монгольскими войсками. Противник понес крупные потери и отказался от дальнейшего наступления к Байкалу. Селенгинский гарнизон находился в осаде 11 недель. В конце марта Головин, воспользовавшись удобным моментом, выслал из крепости конный отряд, который нанес монгольским войскам поражение и вынудил их уйти в пределы Северной Монголии.