Примерно с 1438 г. сапа-инки одерживали победы в сражениях с другими народами, в частности с прибрежным королевством Чимор. Как и ацтеки, жившие дальше на севере, они были самым воинственным народом в своих окрестностях, но чаще всего запугивали противников демонстрацией силы, убеждая их выразить почтение без боя. Генералы инков обычно ставили противника перед выбором: покорность или смерть, и в сагах описывается, как народы сдавались без боя. По словам Ростворовского, на ранних этапах экспансии правители инков укрепляли связи с союзниками и покоренным населением с помощью щедрых подарков - роскошных и престижных вещей и женщин, закрепленных щедрыми банкетами. Правители, потерпевшие поражение в битве, казнились, но их дети могли получить образование в культуре инков и затем вернуться на родину в качестве правителей-клиентов. Правители, которые платили дань, оставались на своем месте. Восстание каралось жестоко, иногда истреблением или депортацией, захватом земель и имущества, сопровождавшимся многочисленными изнасилованиями. Один человек позже вспоминал: "Когда они сопротивлялись несколько дней, инки всех их, больших и маленьких, сажали на нож, и когда это видели и понимали остальные люди, они подчинялись из страха". Некоторых пленников бросали в подземелья с дикими животными, а оставшихся в живых обращали в рабство. По меньшей мере шесть правителей инков завоевывали новые территории, главным из которых был Тупак Инка Юпанки. Противники, как правило, имели меньшие армии, были хуже подготовлены к бою и, по-видимому, не могли создавать между собой балансирующие союзы - еще один случай, когда ядро зачищает периферию.
Перед битвой проводились сложные религиозные церемонии. Армия состояла преимущественно из подвластных народов, каждый из которых служил у своего повелителя и выполнял приказы на своем языке, хотя вначале была сформирована небольшая элита, состоявшая из чистокровных инков. Армии могли быть лишь слабо организованными, и основной тактикой, по-видимому, было подавление противника огромными силами, как у ацтеков. По оценкам исследователей, их численность составляла от 35 до 140 тыс. человек, иногда в поле одновременно находилось несколько армий. Большинство генералов были королевской крови инков, что заставляло правителей опасаться, что они могут бросить вызов их собственной власти. Для защиты от переворотов они увольняли слишком успешных генералов и пополняли элитные войска представителями якобы более лояльных этнических групп. В войнах за престолонаследие соперничающие сводные братья периодически претендовали на трон.
Империя инков была несколько опосредованной, однако существовала официальная административная иерархия, состоявшая из сапа-инки, его совета, состоявшего из членов королевской семьи и верховного жреца, затем правителей "четырех четвертей" империи, каждая из которых делилась на провинции, а затем на десятичную структуру местных управлений. Это государство могло собирать налоги, организовывать труд корвеев, проводить переписи населения, но неясно, насколько оно было единообразным, поскольку основная часть управления находилась в руках региональной и местной знати. Однако у них было серьезное коммуникационное преимущество: великолепная система дорог, покрывавшая длинный хребет империи. Они строились местным трудом корвеев, который наряду с военной службой был основной формой налогообложения. Две основные дороги проходили с севера на юг по территории империи, простиравшейся на пять нынешних стран Латинской Америки: одна - по побережью, другая - по высокогорью Анд. Общая протяженность дорог составляла около 40 000 км (современная французская система autoroute охватывает лишь 12 000 км). Ширина дорог составляла от одного до четырех метров, часто они были обнесены невысокими стенами. Некоторые участки представляли собой просто колею, другие были асфальтированы, на холмистой местности имелось множество мостов, дамб и ступенчатых участков. В отсутствие колесного транспорта ступени были удобны даже для перевозки грузов ламами и альпаками. В центральных регионах империи каменные террасы и гидротехнические сооружения повышали продуктивность сельского хозяйства. Качество сохранившихся дорог, террас и зданий вокруг Куско, построенных без цемента и железных инструментов, остается необыкновенным и сегодня.