Боливийский режим воспользовался периодом гражданской войны в Перу, чтобы вмешаться и объединить эти две страны, заявив о законности их принадлежности к одному испанскому вице-королевству. Эта конфедерация стала потенциально самым мощным государством на тихоокеанском побережье, угрожающим интересам Чили и Аргентины. Снова возникла угроза региональной гегемонии. Диего Порталес, доминирующая фигура в чилийском правительстве, заявил: "Конфедерация должна навсегда исчезнуть с американской сцены. Мы должны навсегда доминировать в Тихом океане". Он пригрозил военными действиями, и, как и предполагалось, это привело к переговорам при посредничестве Мексики. Было достигнуто соглашение о торговле и тарифах, но требование Порталеса о роспуске конфедерации было неприемлемо для Боливии. Достижению соглашения помешало военное восстание в Чили, в ходе которого Порталес был убит. Хотя повстанцы потерпели поражение, многие считали, что их финансировала Перу. В Чили укрепилась партия войны. Межгосударственная война в Латинской Америке вновь была связана с попыткой смены режима во внутренней политике соседа. Это послужило поводом для объявления войны Чили.
Боливийско-перуанская конфедерация была признана Великобританией, Францией и США, но они ее проигнорировали. Аргентина и Эквадор поначалу сохраняли нейтралитет. Но когда конфедерация вмешалась во внутреннюю политику Аргентины, Аргентина также объявила ей войну. Конфедерация разгромила небольшую аргентинскую армию, направленную против нее, но в 1839 г. в битве при Юнгае чилийские войска одержали победу, и конфедерация была распущена. Общие потери в этой войне составили около 8 тыс. человек, а в последнем решающем сражении между войсками численностью около 6 тыс. человек погибло почти 3 тыс. человек, в основном боливийцев и перуанцев.
Это не были массовые военные действия, и они не пользовались большой поддержкой населения, хотя, когда войска Конфедерации якобы совершали зверства в Чили, чилийцы собирались вокруг флага. Но народ в основном не участвовал в чилийской политике, отстраненный олигархией, контролировавшей выборы. С 1830-х годов расширяющаяся внешняя торговля объединяла чилийских купцов, владельцев шахт и земель в правящий класс, который согласовывал интересы страны и себя. Семейные связи укрепляли сплоченность элиты в маленькой стране, что, при большей решимости и собранности ресурсов, было преимуществом в войне. Чили - второй исключительный случай, отмеченный Чентено и Маззукой, где, по крайней мере, на уровне господствующих классов существовало некоторое ощущение "национальной" однородности. Это была единственная война в Латинской Америке, в которой государство - новая, хрупкая конфедерация - было ликвидировано в результате войны.
Тихоокеанская война, 1879-1883 гг.
Вторая мировая война была более масштабной, в ней погибло около 12 тыс. военных. В геополитике здесь преобладали экономические интересы. В 1842 году на границе Чили, Перу и Боливии были обнаружены ценные залежи удобрения гуано. Некоторое время споры между странами продолжались, не перерастая в войну, но с открытием в начале 1860-х годов месторождений селитры, а затем и серебра соперничество обострилось. Но в 1864-66 гг. испанский флот подверг бомбардировке прибрежные города Перу, Чили и Боливии. По счастливой случайности испанцы заключили союз между этими тремя странами. В двух небольших морских сражениях погибло от двухсот до четырехсот моряков, после чего испанцы отступили. В 1866 г. Боливия и Чили подписали договор, по которому каждая из стран отказалась от части своих территориальных и горных претензий. Они договорились о разделе доходов от месторождений гуано и налогов на минеральные ресурсы.
В Чили было создано более эффективное правительство и капиталистическая экономика, основанная на горно-промышленном комплексе. Его доходы позволяли финансировать программы развития и военные расходы. В ответ на давление со стороны горнодобывающей промышленности чилийское правительство попыталось по-новому интерпретировать договор, чтобы оправдать территориальную экспансию. В 1873 г. Перу и Боливия создали противостоящий союз, но договор между Чили и Боливией, как оказалось, урегулировал их разногласия. Возникали и то затихали инциденты между странами. Но в 1878 г. боливийские власти попытались взимать дополнительные налоги с иностранных горнодобывающих компаний, а обедневшее правительство Перу национализировало принадлежащие чилийцам шахты. Эти провокации заставили чилийских "ястребов" потребовать войны для защиты горнодобывающих интересов, а взаимные просчеты сделали войну вероятной. Диктатор Боливии считал, что Чили сосредоточена на возможной аргентинской агрессии и поэтому не будет воевать, а президент Перу решил соблюдать негласный военный союз своей страны с Боливией и вступил в войну неподготовленным. Численность армий выросла примерно до 25 тыс. человек с каждой стороны, но мобилизованных в бой было гораздо меньше. У них было современное оружие, но устаревшая тактика массовых пехотных атак, отсутствовала материально-техническая поддержка. Чилийцы имели более подготовленных офицеров и сержантов, но их победа была обусловлена главным образом превосходством в гражданской инфраструктуре и политической нестабильностью в Перу и Боливии.