Шииты и сунниты, как правило, доминируют в разных государствах. Шииты преобладают в Иране, Азербайджане и менее значительны в Ираке и Бахрейне. В остальном мусульманском мире большинство составляют сунниты, которые составляют более 80% всех мусульман. Таким образом, в большинстве стран значительные внутренние конфликты будут разворачиваться между суннитами и суннитами по той простой причине, что шиитов недостаточно для создания крупного движения. Иначе обстоит дело в Иране (90% шиитов) и Азербайджане (85% шиитов). Однако было два крупных случая, когда геополитическая борьба между государствами усиливалась за счет межконфессиональных противоречий между ними: ирано-иракская война 1980-х годов и тлеющее ирано-саудовское противостояние, продолжающееся до сих пор.
В 1980 г. иракские войска начали вторжение в Иран. Для иранского режима это была война в целях самообороны, в первую очередь для защиты своей недавней исламистской революции. Авангардные силы исламской республиканской гвардии наступали людскими волнами, неся большие потери и прославляясь как мученики. Единственным союзником Ирана была правящая (но находящаяся в меньшинстве) шиитская община алавитов Сирии. С иракской стороны помощь пришла от многих суннитских государств и от США. Хотя правительство Саддама Хусейна было преимущественно суннитским, оно также было достаточно светским. Саддам предпринял внезапное нападение на Иран, полагая, что это окно возможностей, что недавний революционный хаос ослабил иранские вооруженные силы. Но был и сектантский мотив, поскольку он опасался, что шиитская революция в Иране может вызвать восстание в Ираке шиитов, составляющих большинство населения, которых он держал в подчиненном положении. Кроме того, он надеялся присоединить к себе богатую нефтью провинцию. Таким образом, война была одновременно геополитической и идеологической борьбой сект с добавлением материальных целей. После восьми лет кровавой бойни война закончилась патовой ситуацией на прежних границах. Превосходному иракскому оружию противостоял превосходный иранский боевой дух; погибли миллион иранцев и полмиллиона иракцев - третья по количеству погибших в современной войне в соотношении с населением воюющих стран. Иран был поставлен в оборонительное положение американской враждебностью, но полускрыто помогал шиитским движениям в других странах.
Второе крупное межконфессиональное противостояние произошло после поражения Саддама в 2003 году и распада Ирака. В качестве доминирующих региональных держав остались шиитский Иран и суннитская Саудовская Аравия, обе - крупные нефтяные державы. Их борьба обострилась после прихода к власти в обеих странах сторонников исламистского толка - аятолл в Иране и ваххабитов в Саудовской Аравии. И те, и другие имеют пропагандистские и образовательные сети, ориентированные на единоверцев за рубежом. В настоящее время они являются основными противниками в геополитико-идеологической борьбе , в которую все больше вовлекаются США и еще три страны - Бахрейн, Сирия и Йемен. Основным мотивом двух держав стало геополитическое превосходство в регионе. Однако в выборе союзников и клиентов явно преобладало сектантство. Ни один альянс между этими государствами не пересекал конфессиональных границ.
Протесты "арабской весны" в марте 2011 г. имели прямые межконфессиональные последствия в Бахрейне, где народное движение протеста, основанное в основном на угнетенном 60-процентном шиитском населении, было подавлено вооруженными силами суннитского правительства Бахрейна, в состав которых входили многочисленные иностранные наемники, а также тысяча саудовских и пятьсот солдат ОАЭ. Все эти силы были суннитскими. Затем режим разрушил около сорока шиитских мечетей, что стало явным жестом репрессий на религиозной почве. Это была короткая гражданская война между враждующими исламскими религиозными общинами, в которой суннитское правительство одержало победу над народным восстанием, в основном, хотя и не полностью, состоявшим из шиитов.