В октябре 1842 г. была учреждена пятая (цензурная) экспедиция III отделения. Цензор драматических представлений соответственно стал именоваться старшим чиновником и получил нового второго помощника.
В 1849 г. произошло еще одно изменение в штате. Дело в том, что к 1849 г. окончательно оформился архив III отделения, и на основании всеподданнейшего доклада А.Ф. Орлова были введены сверхштатные должности начальника архива и двух помощников (в штат и в смету по III отделению как постоянные они были включены в 1862 г.).
В июне 1850 г. А.Ф. Орлов представил императору проект негласного дополнения к штату шести чиновников для письма, указав, что число дел и бумаг с каждым годом все более возрастает (например, если в 1826 г. по 1-ой экспедиции было заведено 120 дел, то в 1849 г. их количество увеличилось уже до 567). Государь разрешил приискать нескольких чиновников преимущественно «из молодых людей неиспорченной нравственности»[126]. Однако кандидаты, подходившие А.Ф. Орлову, являлись выпускниками высших учебных заведений и не имели трехлетнего стажа работы, необходимого при зачислении в III отделение. «Чиновников я скорее найду из числа молодых людей, которые не были в других службах, не изведали там канцелярских злоупотреблений и еще сохранили всю чистоту нравственности»[127], – докладывал императору А.Ф. Орлов и просил снисхождения. Учитывая это, шесть новых чиновников определены были сверх штата со всеми правами по службе и с содержанием наравне со штатными младшими чиновниками. В августе 1862 г. был утвержден новый штат III отделения. Прежде всего, в основной штат были включены все сверхштатные дополнения 1849 и 1850 гг. Главному начальнику разрешалось по своему усмотрению замещать вакансии младших чиновников чиновниками для письма. Для уравнивания содержания чиновников III отделения с содержанием чиновников прочих отделений Собственной Его Императорского Величества канцелярии было предложено не разделять производимое в III отделении штатное содержание на жалованье и столовые, а соединить оба эти оклада в один под общим названием жалованья. С 1863 г. добавочное содержание чиновникам предполагалось выплачивать не из суммы на секретные расходы, а из денег, получаемых от печатания в типографии Штаба Отдельного Корпуса жандармов бланкетов заграничных паспортов. По этому штатному расписанию было определено:
В 1865 г. из ведения III отделения была изъята драматическая цензура, все делопроизводство по ней было передано в Главное управление по делам печати, однако должности старшего чиновника и его помощника (по бывшей 5-й экспедиции) были оставлены за штатом III отделения.
В 1866 г. по всеподданнейшему докладу П. А. Шувалова одному из положенных по штату чиновников для особых поручений было присвоено звание секретаря при Главном начальнике с сохранением жалованья и должности чиновника особых поручений. В этом же году происходит разделение 3-й экспедиции, занимавшейся в то время политическими делами, на два отдела, во главе одного из которых стоял старший чиновник, во главе другого «особого делопроизводства» – чиновник особых поручений. Это продолжалось до 1869 г., когда дела 3-й экспедиции были вновь объединены. В марте 1871 г. дополнительно была утверждена должность товарища главного начальника III отделения. Должности управляющего III отделением и начальника Штаба Корпуса жандармов, соединенные в 1839 г., были разделены, должность управляющего была включена в штат III отделения с отнесением по IV классу и жалованьем 7000 руб.
В 1873 г. П.А. Шувалов представил императору свои соображения на предмет упразднения 4-й экспедиции, дела которой, не имея самостоятельного значения, находились в тесной связи с другими экспедициями. Был утвержден новый штат, количество чиновников по которому выросло до 58 человек за счет младших чиновников (число их увеличилось до 12) и за счет чиновников для письма (впервые введенных в штат в количестве 20 человек). Такой штат остался неизменным до упразднения III отделения в 1880 г.
Следует отметить, что процент чиновников, перешедших из III отделения в другие ведомства, был невелик. Многие чиновники проработали в III отделении всю свою жизнь, как, например, Александр Гедерштерн (зачисленный еще из Особенной канцелярии, службу оставил в 1863 г., дослужившись до чина тайного советника), Врасский (служил с 1830 по 1866 гг.), Кашинцов (1832–1850 гг.), Сагтынский (1832–1856 гг.), Грибовский (1837–1871 гг.), Никитин (1826–1858 гг.), Леванда (1830–1855 гг.) и др. В основном, это были люди дворянского происхождения, правда, встречались выходцы из обер-офицерских и солдатских детей. При зачислении в III Отделение учитывался опыт работы в «присутственных местах», на службу принимались чиновники, обязательно прослужившие в каком-нибудь учреждении не менеее трех лет, многие из чиновников имели высшее образование.