Губернатор Уайз, возможно, говорил за всех, когда сказал о Брауне: "Он человек с ясной головой, мужественный, стойкий и просто бесхитростный. . . . Он внушил мне большое доверие к своей честности как к человеку правды. Он фанатик, тщеславный и болтливый, но твердый, правдивый и умный", - необычные слова для описания человека, который только что штурмовал и захватил город и федеральный арсенал и был ответственен, по крайней мере морально, за смерть четырех горожан и одного морского пехотинца. Уайз добавил: "Он самый азартный человек, которого я когда-либо видел", и, похоже, все разделяли это мнение.
Он также был самым красноречивым. Когда сенатор Мейсон спросил его, как он может оправдать свои действия, Браун ответил: "Я думаю, мой друг, что вы виновны в великом преступлении против Бога и человечества - я говорю это, не желая быть оскорбительным, - и было бы совершенно правильно, если бы кто-нибудь вмешался в ваши действия, чтобы освободить тех, кого вы умышленно и нечестиво держите в рабстве. Я говорю это не оскорбительно". Когда Мейсон спросил его, выплатил ли он своим людям жалованье, Браун ответил: "Никакого", а когда Дж. Э. Б. Стюарт заметил на это, немного сентиментально: "Возмездие за грех - смерть", Браун повернулся к нему и сказал с упреком: "Я бы не сделал вам такого замечания, если бы вы были пленником и раненым в моих руках".
Браун снова и снова переигрывал своих оппонентов. Когда его спросили, по какому принципу он оправдывает свои действия, он ответил "По золотому правилу. Мне жаль бедняков, которые находятся в рабстве и которым некому помочь; поэтому я здесь, а не для того, чтобы удовлетворить личную неприязнь, месть или мстительный дух. Это моя симпатия к угнетенным и обиженным, которые так же хороши, как и вы, и так же ценны в глазах Бога".
Позже Ли напишет, что неумелость плана Брауна доказывает, что он был либо "фанатиком, либо сумасшедшим", и с военной точки зрения он был прав: двенадцать из восемнадцати человек Брауна, включая двух его сыновей, были убиты, а двое (включая его самого) ранены. Но на самом деле план Брауна удался с триумфом, хотя и не так, как он задумывал.
Ли приказал лейтенанту Грину доставить Брауна в тюрьму Чарльз-Тауна для ожидания суда, но Браун далеко не был политическим заключенным в современном смысле этого слова; ему с самого начала разрешили вести бесцензурную и красноречивую переписку со своими поклонниками и семьей. Первоначальная реакция на Севере заключалась в том, что своим жестоким набегом он придал аболиционизму дурную славу, но эта реакция быстро сменилась восхищением - это был человек, который не просто говорил о ликвидации рабства, но и действовал. Хотя из-за ранений ему пришлось присутствовать на суде, лежа на койке и укрывшись одеялами, поведение Брауна во время суда превратило его в героя и мученика во всем мире, кроме рабовладельческих штатов.
Ральф Уолдо Эмерсон предсказал, что Браун "сделает виселицу славной, как крест"; Генри Дэвид Торо назовет Брауна "распятым героем"; из Франции Виктор Гюго написал открытое письмо с просьбой помиловать Брауна; а в Конкорде, штат Массачусетс, Луиза Мэй Олкотт, автор "Маленьких женщин", написав о предстоящей казни Брауна, определила растущую пропасть между Севером и Югом по вопросу о рабстве,
Ни одного памятника из камня, добытого в карьере
Никакого красноречия,
Могут ли урожаи на земле
Его мученическая смерть станет уроком.
Ли был рад покинуть Харперс-Ферри и вернуться домой, но после нескольких дней пребывания там ему приказали вернуться и организовать оборону оружейного склада, поскольку растущая буря протеста против приговора Брауну заставила губернатора Уайза опасаться нового нападения на него или попытки вооруженных аболиционистов освободить Брауна - хотя сам Браун препятствовал всем подобным попыткам, убежденный теперь, что его мученическая смерть была частью Божьего плана по уничтожению рабства. Ли, который больше всего на свете не любил эмоциональных личных столкновений, был вынужден тактично реагировать на прибытие в Харперс-Ферри миссис Браун, пожелавшей увидеть своего мужа перед казнью. Миссис Браун приехала в сопровождении нескольких друзей-аболиционистов "для последней беседы с мужем", как написал Ли своей жене, пояснив: "Поскольку это вопрос, над которым я не властен, я передал их генералу Талиаферро". (Уильям Б. Талиаферро был командиром виргинского ополчения в Харперс-Ферри).