Сначала он подумал о местечке возле Уайт-Хауса, но Руни написал в ответ, что местность вокруг обугленных руин дома Кьюстисов опустошена тремя годами боев и федеральной оккупации, не говоря уже о том, как подействует на его мать почерневший кирпичный дымоход - все, что осталось от дома, где Джордж Вашингтон сватался и женился на Марте Дендридж Кьюстис. Ли, видимо, это не убедило, и в конце мая он решил убедиться в этом сам. Он проехал на "Тревеллере" мимо полей, где его армия сражалась в 1862 и 1864 годах, мимо скромных мест, чьи названия стали знаменитыми: Механиксвилл, Мельница Гейнса, река Чикахомини, Колд-Харбор. Выезд в сельскую местность на "Тревеллере" был частью процесса исцеления Ли. Может быть, он и не знал об этом, но он обнаружил это в пути - лошадь, фермы, знакомые дороги, друзья, которые пришли навестить его, когда он ночевал в доме своего лихого молодого кузена полковника Томаса Картера, чьи пушки поддерживали Пикеттовский заряд в 1863 году, - все это вытеснило на время из его головы мрачную реальность Ричмонда. У него не было желания возвращаться на старые поля сражений; он наслаждался роскошным семейным ужином в старинном виргинском стиле эпохи антебеллумов, на котором присутствовали его сыновья Руни и Роб, и впервые за много лет играл с маленькими детьми; он был среди людей, которые ничего от него не хотели и не относились к нему как к диковинке или идолу. В то же время он сразу понял, что Руни был прав: это не то место, где стоит искать дом для себя и Мэри. Здесь было слишком много напоминаний о войне, слишком много призраков, слишком много полей сражений вдоль реки Памункей, чтобы сделать этот выбор удачным, но он также понимал, что его порыв был правильным и что для восстановления собственного равновесия он должен уехать из Ричмонда и найти мир и покой, чтобы решить, что делать с остатком своей жизни, ведь Ли никогда не был человеком, который мог бездельничать.
Находясь в Пампатике, в доме Томаса Картера, Ли узнал, что всем, кроме нескольких бывших конфедератов, будет предложена полная амнистия и помилование при условии, что они дадут клятву поддерживать правительство и конституцию Соединенных Штатов. Ли не мог не удивиться, что он оказался в числе исключенных, но, прочитав прокламацию, он обнаружил, что имеет право подать индивидуальное прошение о помиловании, и через две недели он сделал это, убедившись, что генерал Грант с радостью одобрит письмо Ли президенту Джонсону и доведет его до сведения президента. Это было более важное решение, чем кажется на первый взгляд. Хотя Ли не делал публичных заявлений о том, что он просил о помиловании, вскоре об этом стало известно. Его готовность подчиниться федеральной власти послужила примером для других конфедератов, чтобы они поступили так же. Теперь, когда война закончилась, он твердо знал, что чем скорее Союз будет полностью восстановлен и принят на Юге, тем лучше для всех. В очередной раз, по-своему тихо, Ли выступил в роли лидера для всех, кто сражался за Конфедерацию. Если бы он мог подать прошение о помиловании, мало кто из других людей мог бы проявить такую гордость, чтобы отказаться, и таким образом он сделал первый шаг к примирению Севера и Юга.
В случае с Ли его прошение о специальном помиловании было осложнено тем, что федеральный судья хотел предъявить ему обвинение в государственной измене - попытка, которую Грант пытался "отменить", поскольку она противоречила написанным им условиям капитуляции, - и в итоге прошение было "замято" каким-то бюрократом. Сам Ли предсказывал, что "мы должны ожидать промедления в принятии мер по облегчению положения". Он был, безусловно, прав: прошло более 100 лет, прежде чем его помилование было наконец подписано, а американское гражданство восстановлено.
Тем временем, благодаря одной из тех счастливых случайностей, которые так часто происходили в жизни Ли, его решение покинуть Ричмонд было принято, когда одна богатая вдова предложила ему коттедж на своей обширной плантации площадью 3000 акров, Окленд, расположенной в пятидесяти милях к западу от города, на южном берегу реки Джеймс. Миссис Элизабет Кок незамедлительно отправилась в Ричмонд, чтобы поговорить с миссис Ли, которая, несомненно, к облегчению Ли, быстро согласилась на эту идею. К тому же до Окленда можно было добраться по реке и по каналу, что избавляло миссис Ли от боли и усталости, связанных с поездкой по дорогам такой протяженности. Это была часть штата, где еще не было боев между враждующими армиями и где не было урожая, и Ли показалось, что это прекрасная возможность увезти жену и трех дочерей из города.