Его управление Вашингтонским колледжем было тщательным и кропотливым. Он вел огромное количество корреспонденции, что всегда казалось ему неприятным занятием, но он выполнял его безропотно, с поразительной оперативностью и вниманием к деталям. Опыт работы в Вашингтоне, а также его склонность побуждали его держаться как можно дальше от центра внимания. Единственный раз он вышел за рамки своей роли весной 1866 года, когда, узнав, что разъяренная толпа собирается линчевать конокрада, отправился прямо в городскую тюрьму, чтобы убедить толпу разойтись и позволить правосудию свершиться. Вида победителя Чанселорсвилля было достаточно, чтобы успокоить (или, возможно, пристыдить) горожан и подтвердить авторитет престарелого смотрителя тюрьмы.
Ли без труда утвердил свою власть над студентами Вашингтонского колледжа. В конце концов, он уже справлялся с кадетами в Военной академии США. В Лексингтоне, как и в Вест-Пойнте, он был терпелив, тверд и пользовался глубоким уважением. Он не пытался навязать какую-либо военную дисциплину. Это была не VMI (которая находилась совсем рядом), и он не готовил молодых людей к офицерской службе. Тем не менее, его бдительный взгляд и то, что он знал сильные и слабые стороны каждого из своих студентов, были теми же качествами, которые сделали его таким восхитительным командиром в Вест-Пойнте. Он был не столько строгим, сколько мудрым и просвещенным дисциплинатором, но, как только он принял решение, от него не было отбоя, и, кроме того, он требовал постоянных и максимальных усилий, абсолютной правдивости и манер джентльмена, а также впечатляющего самоконтроля. Уже через год после его вступления в должность президента число студентов увеличилось с примерно 100 до почти 400, * учебная программа была смело обновлена и расширена, а финансы колледжа были в безопасности.
Конечно, Ли никак не мог оградить своих учеников от последствий поражения или от нарастающей волны Реконструкции - неизбежно возникали "инциденты". Страсти, разделявшие Север и Юг, не утихали, и даже Ли не мог оградить "своих молодых людей", многие из которых были ветеранами армии Конфедерации, от случайных конфликтов с федеральными властями или навязать им ту "покорность", которую он сам себе навязал. Ему удавалось развенчивать случайные слухи о том, что он собирается баллотироваться на пост губернатора, и он старался не допускать, чтобы вокруг него, даже в его собственном доме, высказывались мнения, которые могли бы разжечь северян. Целью Ли - как и Гранта - было сохранение мира и восстановление Союза.
Это была непростая задача. Ученики Ли, как и сам Ли, признавали, что война проиграна, но они не принимали право федерального правительства искоренять древние южные институты и расовые представления. Ли без колебаний пожал руку чернокожему, а когда другой чернокожий вошел в церковь Святого Павла в Ричмонде и подошел к перилам алтаря, чтобы принять причастие перед шокированной, возмущенной, молчаливой белой паствой, Ли поднялся со своей скамьи, подошел к этому человеку и опустился рядом с ним на колени. Ли был полон решимости относиться к чернокожим с тем же достоинством и вежливостью, что и ко всем остальным, но это не означало, что он признавал их полное равноправие. Под присягой он заявил, что не считает их "способными разумно голосовать", а также что "для Вирджинии будет лучше, если она сможет от них избавиться", хотя и добавил, что всегда верил в "постепенную эмансипацию". Ключевое слово здесь, конечно, "постепенная". Как и его ученики, Ли не до конца понимал, что поражение Юга приведет к разрушению традиционной южной социальной системы, перестройке, которая должна была отдать предпочтение черным перед белыми в политическом плане и стереть социальные барьеры между расами, и его ученики все еще были менее склонны принять эту политику, чем он сам. С другой стороны, "постепенная эмансипация" - это не то, чего хотели сторонники реконструкции Севера, и они не были готовы ждать, пока эти изменения будут происходить постепенно, по воле Божьей, в свое благое время, как это делал Ли.