бного вылета, целью которого, официально, было тестирование новой маскировочной системы корабля. Тем не менее, экипаж отнесся к присутствию на борту Спектра, да еще и такого прославленного, с подозрением, догадываясь, что Найлус знает много больше, чем говорит; в частности, особо недоволен им был Джокер, пилот корабля, после того, как Найлус довольно сдержанно оценил его таланты во время первого прохода корабля через масс-ретранслятор, после чего он добавил, что Спектр на корабле явно находится не просто так. И его подозрения частично оправдываются уже на подлете к Иден Прайму: сначала капитан корабля, Дэвид Андерсон, признается, что на Иден Прайме находится протеанский маяк, который требуется забрать и отправить на изучение, позже сам Найлус добавляет, что его присутствие призвано оценить таланты старшего помощника Шепарда, кандидатура которого рассматривается для вступления в ряды СПЕКТР. В разговоре с Шепардом Найлус признался, что именно он выбрал его в качестве кандидата в Спектры, хотя объяснение этого выбора будет зависеть от психологического профиля Шепарда: коммандер «единственный выживший», Найлус восхитится его сильной волей и способностью действовать в самых опасных ситуациях. Также он заметил, что будет сопровождать капитана в течение нескольких вылазок, чтобы оценить его способности, после чего будет наставлять его как старший Спектр и, возможно, поможет Шепарду рано или поздно получить членство в этой элитной организации... -Не все турианцы обижены на человечество. Некоторые из нас видят потенциал вашей расы. Они видят, что вы можете предложить Галактике... и Спектрам. Но впрочем, планам Найлуса не дано осуществиться: «Нормандия» получила тревожный сигнал с Иден Прайма, свидетельствующий, что на солдат Альянса напал неизвестный враг, после чего события принимают трагический оборот: Найлус в одиночку высаживается на планете, объясняя это тем, что привык работать в одиночку, и некоторое время отряду Шепарда удается поддерживать с ним связь, но затем Найлус уходит в радиомолчание, и вскоре Шепард узнал, почему: как оказалось, в процессе исследования колонии турианец столкнулся со своим наставником, Сареном, и, хотя удивлен его присутствием, у него не возникает никаких подозрений касательно Артериуса, свободно разгуливающего по планете, заполоненной гетами. Сарен же пользуется этой доверчивостью, утверждая, что Совет послал его на Иден Прайм, дабы избежать различных «неожиданностей», после чего обходит бывшего ученика сбоку и, говоря, что «у меня все под контролем», стреляет Найлусу в голову, убивая его на месте. Причина смерти Найлуса так и осталась бы тайной (или была бы списана на гетов), если бы Шепард, исследуя колонию, не встретил Пауэлла, работника космопорта, что стал невольным свидетелем и рассказал капитану о произошедшем, что позволило Шепарду обвинить предателя-Спектра в убийстве и начать кампанию по сбору доказательств его причастности к нападению на Иден Прайм. Также стало известно, что, будучи наставником Найлуса, Сарен получил все его документы в свое распоряжение, а также ценную информацию из личного дела Шепарда, что позволяло ему долгое время избегать прямых столкновений с капитаном. Первая операция Шепарда как кандидата в СПЕКТР закончилась провалом - Найлус был убит, цель миссии - протеанский маяк - уничтожен. Причастность к этим событиям, равно как и нападение на Иден Прайм истинного виновника - Сарена Артериуса - доказать не удалось. Собственное расследование капитан-лейтенанта дало ему достаточно веские доказательства, что привели к лишению Сарена статуса члена СПЕКТР и назначения таковым Шепарда. Кроме того, в ходе этого расследования капитан-лейтенант познакомился со своими будущими друзьями и членами боевой команды - турианцем-детективом Гаррусом Вакарианом, элирианкой Элис, кварианкой Тали’Зорой нар Райя и кроганом-наемником Урднотом Рексом. Шепард получил под свое командование «Нормандию», а его первым заданием как действующего члена Спецкорпуса стало устранение Сарена. Охота за ним, по некоторым данным, продолжалась около четырех месяцев, в ходе которых команда Шепарда противостояла войскам Артериуса на Теруме, Новерии, Феросе, Вермайре, Илосе и Цитадели. Кульминацией этого преследования, как и нашествия гетов 2183 года, стала битва у Цитадели, в ходе которой был уничтожен Жнец, разбит флот гетов-еретиков и убит Сарен. Шепард, как и все участники этой битвы, был награжден Палладиевой Звездой. В том числе и Элис Кеннеди, которая тогда считалась мертвой. Вскоре после этого, «Нормандию» отправили преследовать отступающих гетов и избавиться от последних сопротивлявшихся синтетиков. В ходе миссии, Нормандия была атакована кораблем Коллекционеров и уничтожена возле планеты Алкера, недалеко от Омеги. Во время спасения экипажа, Шепард затаскивает Джокера в спасательную капсулу, но сам не успел попасть в нее. В результате взрыва, капитана выбросило в открытый космос и он погиб от разгерметизации скафандра. Получив тело Шепарда от Лиары Т’Сони, «Цербер» запустил проект «Лазарь», в результате которого Шепард вернулся к жизни при помощи технологий вживления имплантантов и биосинтеза тканей. Через два года после атаки Шепард проснулся в лаборатории на космической станции «Цербера», которая подверглась нападению. Продвигаясь по станции, Шепард узнал о проекте «Лазарь» и об усилиях, затраченных на его восстановление. На проект затрачено более четырёх миллиардов кредитов, при этом был риск, что Шепард психологически изменится в каком-то направлении, чего нельзя было допустить. Пока капитан отсутствовал, целые человеческие колонии пропадали без следа. В результате игнорирования и бюрократической волокиты со стороны Альянса и Совета, «Цербер» оказался единственной организацией, способной противостоять угрозе, и Шепард согласился работать с «Цербером», чтобы разрешить эту загадку. Под руководством «Цербера» Шепард собирает боевую команду, оснащает свой новый корабль всем необходимым, чтобы нанести решительный удар по базе Коллекционеров в центре Галактики. Во время противостояния Сарену Джон Шепард был в отношениях с Эшли Уильямс. Хотя она была отзывчива на ухаживания капитана, Эшли также не стеснялась отказать Шепарду в его возможном приказе поцеловать члена команды, аргументируя это тем, что поцелуй офицера старшего по званию, это нарушение устава. Развивая роман, Шепард раскрыл её точку зрения о любви, что женщины семьи Уильямс долго присматриваются к мужчине, но потом любят его до конца жизни. Когда «Нормандия» оказалась насильно заперта на Цитадели в результате политических интриг, Эшли убедила капитана не опускать руки и почти подарила ему первый поцелуй, но их прервал Джокер. Именно оттуда и пошел синдром «прерывания первого поцелуя» уже у самого Шепарда. Это забавило Элис. Возможно она просто хотела нечто большее, а может просто еще не их с Гаррусом время. Непростое прошлое сделало Эшли бескомпромиссной и прямолинейной, а иногда даже агрессивной по отношению к другим жителям Галактики. В то же время, она былавесьма начитанной девушкой - она демонстрировала знание нескольких стихотворений, и даже называет их авторов: это «О капитан! Мой капитан!» Уолта Уитмена и «Улисс» за авторством Альфреда Теннисона. Однако её не стало на Вермайере, что весьма сильно ранило Шепарда. Но он держался и шел вперед. Элис один раз представила, что было бы, если Архангел был действительно мертв. Лучше бы она это не представляла... Времени было в обрез и следующей остановкой был Корлус.