Была образована Прибалтийская ВМБ, ее организация показа на на схемах 3, 4 и 5.[57] Для реорганизации необходимо было провести несколько организационных мероприятий. Командование, штаб и политотдел ПрибВМ Б формировались на базе соответствующих органов старой ЛибВМБ. Командование, штаб и политотдел ЛибВМБ 2-го разряда формировались вновь. Управления 206-го, 207-го и 208-го артиллерийских дивизионов (адн) формировались по сокращенному штату. Управления 8-го зенитно-артиллерийского полка (зап) и 104-го озадн формировались вновь. Участки ПВО ЛибВМБ и Береговой обороны Балтийского района (БОБР) расформировывались. Береговые и зенитные батареи в Усть-Двинске (Даугавгриве) переводились на сокращенные штаты. На новый штат переводилась 85-я местная стрелковая рота в Риге (230 чел.). Из Лиепаи в Усть-Двинск передислоцировались: управление ОВРа (с переименованием в ОВР ПрибВМБ), отделение связи ВМБ, управление района СНиС, флотский полуэкипаж, гидрографический район (с переименованием в район ПрибВМБ). Из Риги в Лиепаю передислоцировалось управление участка СНиС, гидрографический участок. Из Усть-Двинска в Вентспилс передислоцировался 10-й отдельный железнодорожный артиллерийский дивизион. Из Лиепаи в Вентспилс на работы передисло цировалась 7-я отдельная железнодорожная эксплуатационная рота. Управление коменданта Береговой обороны Балтийского района переименовывалось в управление коменданта Береговой обороны Рижского залива (БОРЗ). Северный сектор БОБР переименовывался в передовой сектор береговой обороны (БО) Главной ВМБ (ГВМБ) КБФ и подчинялся коменданту БО ГВМБ. Южный сектор переименовывался в Эзельский сектор БОРЗ, руководство им возлагалось непосредственно на коменданта БОРЗ. Управление сектора БО ЛибВМБ переименовывалось в управление Ирбенского сектора БО БОРЗ и передавалось в подчинение коменданта БОРЗ с дислокацией в Вентспилсе. Командиру ПрибВМБ подчинялись комендант БОРЗ и командир ЛибВМБ. Реорганизация должна была завершиться к 30 июля 1941 года.[58]