ПВО базы осуществлялось в соответствии с разработанным наставлением по ПВО. Командные пункты и позиции ПВО размещались следующим образом. Командный пункт участка ПВО располагался на стадионе «Олимпия», ЗКП — в здании военного коменданта Лиепаи. Командный пункт 84-го озадн в 2 км восточнее моста через военный канал (воздушный мост). Батареи 84-го озадн располагались: 841-я зенитная батарея занимала позиции в районе южной оконечности Тосмарского озера у левофлангового редута, 842-я — в районе северных фортов, 843-я — в 400 м. южнее Воздушного моста. 43-го озадн: 501-я — 300 м. южнее городского маяка (на стадионе «Олимпия», который в свою очередь находится на территории бывшей береговой батареи № 6 Русского императорского флота), 502-я — в 400 м. южнее 27-й береговой батареи, 503-я — у деревни Батпурви, рядом с Гробиньским аэродромом. Отдельные батареи распологались в Вентспилсе, 513-я на северной окраине города, 514-я на южной.[52]
На ПВО возлагались также и дополнительные задачи. 84-й озадн взаимодействовал с 23-й береговой батареей. Его зенитная пулеметная рота обороняла завод «Тосмаре», корабли в ремонтном бассейне и бассейн для стоянки судов военного канала и интендантские склады. Дополнительные задачи зенитных батарей были следующими: 841-й — не допускать прорыва противника через переш еек, 842-й и 843-й — отражать прорыв в аванпорт торпедных катеров противника. 43-й озадн взаим о действовал с 27-й береговой батареей. Его батареи имели задачи: 501-я — защищать от торпедных катеров противника Зимнюю и Вольную гавани, 502-я — не допускать прорыва противника с юга, вдоль морского побережья, 503-я — оборонять межозерный перешеек. В Вентспилсе 513-я и 514-я батареи были в готовности отражать прорыв торпедных катеров противника в аванпост порта Вентспилса.[53]
К лету 1941 года наосновании приказа командующего КБФ № 0049 от 14 мая 1941 года была проведена реорганизация подводных сил. В Лиепае и Риге базировалась 1-я бригада подводных лодок. В её составе было четыре дивизиона ПЛ. В 1 — й дивизион ПЛ вошли подводные лодки С-1, С-3 — С-9; во 2-й дивизион ПЛ вошли подводные лодки С-10, С-101, С-102; в 3 — й дивизион — подводные лодки Л-3, бывшие эстонские «Калев» и «Лембит», бывшие латвийские «Ронис» и «Спидола»; 4-й дивизион ПЛ состоял из подводных лодок М-71, М-77, М-78, М-79, М-80, М-81, М-83. Первые два дивизиона и командование бригады с мая 1941 года базировалось на Ригу, последние два дивизиона — на Лиепаю. В Лиепае дислоцировалась береговая база 1-й бригады ПЛ. В Риге базировались пловучие базы «Иртыш» и «Смольный».[54] В состав 1-й бригады ПЛ передавался тральщик Т-297.
19 и 20 мая 1941 года в К Б Ф был уточнен перечень работ текущего строительства мирного времени увеличиваемых и вновь вводимых при объявлении мобилизации по МП-41[55] и перечень работ, свертываемых при мобилизации. Перечни были составлены на основании утвержденного заместителем НК ВМФ СССР плана работ капитального строительства на КБФ в 1941 году (№ 001092сс от 9 апреля 1941 года). В число разворачиваемых после объявления мобилизации работ вошла котельная для 152-мм батареи в Микельбаке (180 тыс. руб.) и склад жидкого топлива в Лиепае (329 тыс. руб.). Кроме этих работ планировалось завершить уже начатое строительство. Силами строительства № 011 достраивались в Вентспилсе-южном баня-прачечная, в Вентспилсе-северном электрическое освещение городка; в Лужне баня-прачечная и электростанция, шоссейная дорога Вентспилс — Лужня; на Киш-озере — бетонные площадки для самолетов; в Овиши — деревянная вышка поста СНиС и огневая позиция железнодорожной батареи и, такая же позиция у Вентспилса. Заверш алось развитие железнодорожной станции Вентспилс и строились 25 км главных путей в Лиепае. Силами строительства № 012 в Лиепае достраивались: две бани-прачечные; бетонные площадки для самолетов и бензохранилище на гидроаэродроме в Лиепае; четыре 8-ми квартирных дома начальствующего состава; столовая на 180–200 чел.; радиостанция. Завершалось переоборудование тюрьмы под баню-прачечную (бывшее здание госпиталя военного порта Алекандра III в военном городке, которое ещё в 1905 году наспех переоборудовали в тюрьму). Либавская военно-морская база до июня 1941 года являлась основной базой КБФ на южной Балтике. Весной 1941 года угроза вовлечения СССР во Вторую мировую войну возросла. Германия сосредотачивала у своих восточных границ отмобилизованные войска. Развитая сеть железных дорог позволяла ей собрать ударные группировки раньше, чем СССР создаст оборонительные. Начальный период войны рассматривался командованием ПрибОВО и Красной армии как действия силами армии прикрытия на период отмобилизования главных сил. Поэтому, учитывая развернутость немецких войск, предполагались боевые действия вначале оборонительные, с последующим переходом в контрнаступление. Именно такой вариант развития событий первых дней и недель войны отрабатывался на командно-штабных играх в штабе ПрибОВО. Дополнительных сил для сухопутной обороны Лиепаи у округа не было. На совещании, проведенном в марте 1942 года, начальник штаба КБФ контр-адмирал Ю. А. Пантелеев, в докладе «Оборона Рижского залива и островов в 1941 г.» так описывал ситуацию, складывающуюся вокруг ЛибВМБ: «Примерно в начале апреля [1941 г. — Авт.] в Риге Командующим округом проводилась оперативная игра с высшим комсоставом округа. Случайно будучи в округе, на эту игру был приглашен ВС [член военного совета — Авт.] КБФ и НШ [начальник штаба — Авт.] флота. Несмотря на то, что кончался только первый этап игры, по ходу ее фронт уже проходил севернее Либавы и Виндавы и операции разыгрывались под Ригой».[56] В связи с этим Наркомом ВМФ было принято решение оттянуть на восток базирование КБФ в юго-восточной части Балтики, а ЛибВМБ сделать маневренной базой КБФ. Приказ о реорганизации был подписан Наркомом ВМФ 21 июня 1941 года, то есть, за один день до начала войны. Однако фактически реорганизация началась с мая 1941 года.