Отсутствие единого командования и единой организации обороны силами армии и флота привело к оставлению Лиепаи на пятые сутки войны.
Уже в ходе войны Верховное командование пришло к тому, что оборону военно-морских баз возглавляли флотские начальники, которым подчинялись и армейские части. Оборону Одессы с августа 1941 г. возглавил командир ОВМБ контр-адмирал Г. В. Жуков. Командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц руководил обороной Главной базы флота Таллина. Оборону Севастополя с ноября 1941 г. возглавил командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский.
Командиром базы и начальником гарнизона был назначен капитан 1-го ранга Сергей Филиппович Белоусов, до того командир линкора «Марат». В июне 1940 г. его сменил генерал-майор береговой службы Алексей Борисович Елисеев.
Спустя всего два дня после приказа Наркома — 22 марта на полуостров на самолетах прибыли командир базы капитан 1-го ранга С. Ф. Белоусов, начальник тыла КБФ капитан 1-го ранга М. И. Москаленко, представители погранохраны и ряд других должностных лиц. Прибывшие командиры осмотрели территорию, где им предстояло создавать новую ВМБ.
Город Ханко был расположен на восточном берегу полуострова. Он состоял в основном из чистеньких кварталов одноэтажных деревянных домиков, окруженных кустами шиповника, елями и дубами. В центре города два-три каменных здания. Рядом с городом большой парк, пляж, кабинки для купания. На горе, над парком и россыпью одноэтажных домиков города господствовали два строения, описанные во всех лоциях, используемые мореплавателями как ориентиры: продолговатое красное здание кирхи с остроконечной колокольней и граненая водонапорная башня с часами на вершине.
Дома в городе были покинуты прежними жителями и еще не обжиты новыми жильцами.
Командир базы поселился в красивом двухэтажном доме, стоявшем на высотке отдельно от окружавших его зданий. Этот дом использовался и как гостиница. В других домах разместились отделы и службы базы, гражданские учреждения, а также семьи командного и начальствующего состава. Штаб базы располагался на привокзальной площади в трехэтажном каменном доме. Командный пункт базы оборудовали в подвале этого дома. В бывшей ратуше разместился Дом Флота, в кирхе — армейский клуб. Улицам и площадям города дали новые названия: площадь Первого мая, улицы Суворова, Кирова, летчика Борисова, Бульварная…
На набережной, над бухтой стоял обелиск в честь немецкого генерала фон дер Гольца — командира германской Балтийской дивизии, высадившейся на Ханко в 1917 г. Уже после начала войны моряки снесли этот обелиск.
У побережья Ханко имелись три рейда: Восточный на юго-запад от города; Малый к северу от линии Густавсверн — Густав-Адольф; Большой — к востоку от островов Густавсверн и Руссаре. Доступные для самых больших кораблей и судов, они могли вместить целый флот. Гавани порта были оборудованы железнодорожными ветками и кранами, а набережные облицованы гранитом.
На Большом рейде, закрытом от ветров, одновременно могла стоять целая эскадра. Якорная стоянка была хорошей. Подходы имели типичный шхерный характер с сильно изрезанной береговой чертой.
С первых же дней выяснились недостатки новой базы. Во-первых, все снабжение, в том числе продовольствие, надо везти издалека или получать от финнов. Согласно специальному соглашению финское правительство брало на себя обязательство ежедневно обеспечивать гарнизон военно-морской базы Ханко молоком, мясом и другими продуктами в счет межгосударственных расчетов. Во-вторых, доступ к базе оказался очень сложным. Существовало несколько путей: морской — по Финскому заливу, замерзающему зимой; по суше — поездом через всю Финляндию до ее юго-западной оконечности; воздушный — самолетами через Палдиски. В-третьих, границы базы ограничивали выбор более выгодных в тактическом отношении позиций и рубежей.
Для транспортировки людей и грузов на полуостров первоначально, пока залив был скован льдом, предназначались многомоторные бомбардировщики ТБ-3, которые заранее были переброшены на аэродром вблизи Палдиски. Первый самолет отправился на Ханко 22 марта с первым сводным отрядом из военных моряков и солдат. Вплоть до середины апреля 1940 г. Палдиски был промежуточной базой для переброски войск на полуостров.
2 апреля из Ленинграда к Ханко вышел первый караван судов с личным составом береговых батарей, стрелковых и других частей (около 7 тыс. бойцов и командиров), материальной частью артиллерии, танками и другим имуществом. В переходе участвовали транспорты «Днепр», «Вторая пятилетка», «Волголес», «Луначарский», «Эльтон», вспомогательный ледокол «Трувор». Флагманом шел ледокол «Ермак». Но даже с его помощью транспорты пробились к полуострову лишь 22 апреля.