Влюбленные ведут себя по-разному. Абеляр настойчив: он охвачен жгучей страстью. Элоиза сдержанна: в ее представлении любовь должна быть возвышенна и совершенна. Но вскоре робость проходит, и, соблазненная, она забывает себя: «Она душой и телом принадлежит ему», отдается любимому со всей страстью своей натуры. Воссоздать их интимный календарь, несмотря на упоминания в письмах сменяющих друг друга времен года, не представляется возможным. Много позднее, уже после разразившейся трагедии, Элоиза скажет: «Наслаждение, которое мы испытали вместе, было такой силы, что мне не удается ни возненавидеть его, ни стереть из памяти».
Тайну, однако, хранить трудно, и поползли слухи. Кончилось тем, что о связи стало известно Фульберу. Проклиная злодея, которому он дал приют, каноник потребовал, чтобы любовники расстались. Эти печальные события Абеляр описывает в автобиографическом сочинении «История моих бедствий», изданном около 1130 года. После того как дядя узнал о связи Элоизы и Абеляра, девушка обнаружила, что ждет ребенка. Чтобы скрыть беременность Элоизы, Абеляр под покровом ночи отправил ее к своей сестре в Бретань под видом монахини; там она родила мальчика, названного Астролябием. Абеляр предлагал девушке выйти за него замуж, но она отказалась, ибо как можно совмещать ученую деятельность и крики младенца, служение Богу и рутину семейной жизни? Брак для блестящего преподавателя повлек бы за собой потерю положения, которое занимают священники, соблюдающие целибат. Элоиза заботилась в первую очередь о возлюбленном; Абеляр же думал не только о девушке, но и о карьере. Элоиза хочет, чтобы Абеляр женился на ней исключительно по любви, а не по необходимости, поэтому в ответ на предложение руки и сердца с достоинством говорит, что предпочитает называться его «подругой, а не женой».
Тем не менее брак все же был заключен — тайно, в Париже, после ночи, проведенной в молитвах. Ребенок в это время находился в Бретани. Присутствовали лишь несколько близких родственников, среди которых был и Фульбер. Сразу после церемонии супруги приняли решение расстаться, чтобы Абеляр мог продолжать свой славный путь. Молодая женщина вернулась в дом дяди, который осыпал ее упреками и иногда угрозами. Дело получило огласку. Обстановка в Нотр-Дам стала невыносимой; Абеляр предпочел отправить жену в монастырь в Аржантей, где она выросла; она снова надела монашеское платье, но пока не вуаль. Она подчинилась его приказам: была согласна на брак, расставание, монастырь. Абеляр же остался в Париже, чтобы попытаться успокоить разъяренного дядюшку.
Каноник Фульбер был человеком небезупречным и склонным к насилию. Бегство Элоизы привело его в ярость. Однажды ночью несколько человек, сговорившись с прислугой, проникли в келью к Абеляру и «отрезали ему части тела, при помощи которых он совершил свое преступление» — кастрация в те времена была обычным наказанием для виновных в изнасиловании и адюльтере. Связь между Фульбером и нападавшими не подлежала сомнению; головорезы разбежались, но двоих удалось поймать; они, в свою очередь, тоже были приговорены к кастрации. Что касается Фульбера, то он отправился в ссылку. Самый знаменитый преподаватель школы оказался в центре чудовищного скандала. О случившемся узнал весь город, включая школьников и мелких церковных служащих, и все бурно выражали Абеляру сочувствие; без такой славы он бы прекрасно обошелся. Как теперь появиться на публике? Униженный Абеляр, на которого показывали пальцем, в большей мере страдал морально, нежели физически, — наказание затронуло его авторитет. Он нашел убежище в аббатстве Сен-Дени, где его уроки теологии пользовались большим успехом у учеников. Элоиза же постриглась в монахини. Расставание состоялось.