Инженер Юэн решил выбрать последнее, и возвращается в Лорьян практически к своим прежним обязанностям, так как в 1878 году мы видим его на посту заместителя начальника объединённых отделов: вооружений и машин. Начиная с этого момента, он в течение четырнадцати лет будет трудиться в арсенале Лорьяна. Эти годы, как будет видно дальше, станут наиболее богатыми на события.
В 1880 году он производится в инженеры второго класса и становится ответственным за постройку броненосца береговой обороны "Эндомтабль", заложенного три года тому назад по чертежам директора Кораблестроения инженера Сабатье (Sabattier). Также в 1880 году получит признание его проект броненосца "Ош", чертежи которого он разработал, будет заложен на стапеле 3 июня этого года.
В 1881 г. он - начальник второго Отдела и руководит мастерской плотницких работ и одновременно работает над чертежами трёх новых броненосцев, которые должны были быть однотипными: "Мажента", "Марсо" и "Нептюн".
Построенные соответственно в арсенале Тулона, на Форж э Шантье дё ля Медитэранэ в Ля Сэйн и в арсенале Бреста, они, однако, довольно значительно различались между собой по силуэту, каждая верфь считала делом чести самостоятельно разрабатывать максимум конструктивных элементов, такова специфика, которая будет доведена до своей крайности при реализации программы 1890 г. В 1882 г. инженер Юэн становится помощником начальника отдела новых построек, он руководит мастерской железных кораблей и занимается строительством "Эндомтабль" и "Ош".
В 1883 г. в Лорьяне был заложен новый броненосец "Брэнюс", автором чертежей которого также являлся Юэн. Все последующие годы будут посвящены постройке этих различных кораблей, которая зачастую будет трудоёмкой.
По просьбе министра в 1889 году он составляет чертежи корабля, отвечающего проекту программы, который после многих изменений выльется в "программу 1890 г.", в свою очередь давшую рождение замечательному "флоту образцов".
В июле 1892 года инженер направляется на арсенал Рошфора, где пребывает до сентября следующего года, когда получает назначение в Брест чтобы контролировать постройку "Шарль-Мартэль". Юэн останется в Бресте до декабря 1897, даты, когда он будет назначен в Париже в Генеральную Инспекцию. Следовательно, он не будет иметь возможности наблюдать за строительством следующего своего творения, "Бувэ".
В это же время он был назначен директором Кораблестроения, титул, который он сохранит до своего выхода в отставку, который состоится в 1901 году.
Согласно иерархической организации того времени инженеры Кораблестроения были подчинены морским префектам, которые должны были ежегодно составлять характеристики на каждого из инженеров, находящегося под их юрисдикцией. Эти документы присутствуют в личных делах, которые сохраняются Исторической Службой Флота (Service Historique de la Marine), расположившейся в замке Венсан. Относительно инженера Юэн они всегда очень хвалебны. В качестве примера вот записка вице-адмирала Амё (Amet), датированная 10 октября 1882 года: "Образованный, умный и трудолюбивый инженер; его одарённость подтверждается каждый день и его значимость только приумножается, благодаря постоянной работе"; напомним, что в 1882 г. инженеру Юэн было всё-таки 46 лет! Отметим ещё записку вице-адмирала Дюпрэ от 8 октября 1886 г.: "Я не могу достаточно нахвалиться образом службы мсьё Юэн. Упорный, умный и деятельный труженик, всегда на верфях, весьма методичный и хороший руководитель; он будет прекрасным Директором Кораблестроения во всех отношениях".
Впоследствии появятся другие хвалебные отзывы как, например, составленный инженером Кораблестроения Годрон (Godron) в 1898 году: "Мсьё Юэн - один из наших наилучших директоров. Он наиболее полно использует технический опыт во всех отделах Службы Кораблестроения, очень верного суждения и очень правдивого характера! Ему обязаны чертежами большого числа судов и в особенности броненосцев, очень удачных для того времени, когда они были спроектированы. Я настаиваю на его представлении к кресту командора Почётного Легиона".
Инженер Юэн был принят в кадры резерва 30 января 1901 года. 26 октября предыдущего года, руководство Центрального Учета и Пенсий уведомило Дирекцию Материала в Центральном Бюро Кораблестроения, что "после рассмотрения общего состояния службы мсьё Юэн, этот высокопоставленный чиновник имеет право на пенсию по старости [в размере] восьми тысяч франков".
Однако Шарль Эрнэст поспешил обрадоваться вознаграждению за свои труды, так как администрация того времени была такой же мелочной, как и наша нынешняя. Не прошло и года, а именно, 7 декабря 1901 г., директор Общего учета направил Дирекции Материала записку, в которой сообщал, что комиссия бюджета не одобрила допуск инженера Юэн в резервные кадры. Этот допуск противоречил правилам, в результате: "было необходимо заставить ликвидировать пенсию по старости мсьё директора Юэн, начиная с даты, с которой он достиг возрастного ценза. Это высшее должностное лицо должно вернуть в казну суммы, которые он взимал как жалованье резерва, суммы, которые равны невыплатам, выпавшим на долю его пенсии...".