На съезде в Вендене Кетлер убедил Фюрстенберга отречься, утверждая, что польский король согласился помочь лишь под этим условием. Действительно, это условие встречалось в договоре, но Кетлер сам вставил его. Фюрстенберг уступил неохотно; однако большинство начальников стояло за Кетлера и его предложения и дела решались по количеству, а не, как прежде, по качеству голосов. Когда был поднят вопрос о содержании старого, т.е. бывшего магистра, то сперва назначили ему Пернов. Так как, однако, перновский командор не хотел ему уступить, то он, когда 17 и 20 сентября формальности отречения были исполнены, получил Тарваст и Гельмет. В 1560 г. он получил сверх того еще Феллин, и тогда только он передал должностную печать Кетлеру. Также он медлил освободить от присяги Ригу и Ревель. Венденский съезд произвел, кроме того, некоторые перемещения начальников. В общем, приверженцы Кетлера оставались на своих местах или получали повышения. Ландмаршалом был назначен Филипп Шаль фон Белль, человек достойный и заслуживающий полного доверия.
Только в конце осени и года поляки заняли предоставленные им замки; войско их, предназначенное действовать в открытом поле, было незначительно и медленно собиралось на границе. Город Рига, хотя получил приглашение, не примкнул к договору и не признавал никаких прав польского короля. Рига и Ревель получали помощь, т.е. деньги, орудия и военные припасы от некоторых ганзейских городов. Вместе с тем они поддерживали торговые сношения с русской Нарвой. К сожалению, торговля сильно страдала от каперов и морских разбойников, которые расплодились как во время «Vitalienbruder». Сам Кетлер выдавал полномочия на каперство; оправданием этого могло служить то обстоятельство, что осенью 1559 г. под Ревелем были задержаны ганзейские корабли с грузом военных припасов, назначенным для русских.
Заручившись польской помощью, Кетлер мог действовать против русских. Для того чтобы иметь средства для найма наёмников, он продолжал закладывать недвижимости и заложил между прочим двор Кегель близ Ревеля. 22 октября 1559 г. он держал при Нюгтене последнюю победу над русскими. В ноябре он напал на русский лагерь под Дерптом и пытался взять, но без успеха, самый Дерпт. В декабре он осадил Лаис и бомбардировал его, но все его приступы были отбиты, хотя у осаждённых истощились все запасы. В конце года Кетлер отступил к Оберпалену. Время года не допускало дальнейших операций: уже отступление от Лаиса и перевозка орудий в Оберпален были связаны с величайшими затруднениями.
В начале 1560 г. вторглись русские войска в разных местах в Ливонию. От поляков помощь не приходила. Последний замок, защищавший восточную границу, Мариенбург, сдался в феврале почти без сопротивления. Об обратном его завоевании немцы не могла и думать, и вход в Ливонию ничем белее не был прикрыт. Русские отряды доходили до Феллина; кто выступал против них, терпел по слабости своей поражения; беглецов, спасавшихся в леса, ловили и либо на месте убивали, либо уводили в неволю. Ландскнехты постоянно бунтовали, так как жалованье уплачивалось неисправно. Для того чтобы удовлетворить их, Кетлер должен был закладывать всё новые недвижимости. Так он заложил Гробин у прусского герцога за 50000 гульденов (Гробин только в 1609 г. был выкуплен курляндским герцогом); Гольдинген, Виндаву Туккум — у польского короля. Все войска, находившиеся в замках, были выведены в поле; на их место являлись поляки, которые действовали вяло и нерешительно.
26 сентября 1559 г. Иоганн фон Мюнхгаузен, епископ Эзельский и Курляндский, продал свои владетельные права (если о таковых вообще может быть речь) датскому королю, а в 1560 г. он удалился в Ферден. Зато в апреле 1560 г. высадился близ Аренсбурга молодой герцог Голштинский Магнус, брат короля, которому последний за то, что он отказался от своих прав в Голштинии, передал Курляндию и Эзель. Магнус принял епископский титул. К сожалению, нужно сказать, что его, учившегося в Виттенбергском университете, злой рок привёл в Ливонию, где влияние его затормозило последние попытки зашиты. Он вступил в сношения с коадютором Христофором и другими начальниками. Когда орденский фогт в Зонебурге на Эзеле Генрих Вольф фон Людинггаузенг оказал ему сопротивление, то он взял его в плен. Магистр Кетлер заступился за фогта и достиг его освобождения, но отношения между Кетлером и Магнусом остались враждебны. Один старался вредить другому, но вредил тем самым более себе. Магнус купил также права на ревельское епископство у Морица Врангеля, последнего епископа, никогда, впрочем, не получавшего ни посвящения, ни утверждения. В то же время курляндский соборный пропет Ульрих Бер, получив Эдвален и некоторые другие имения в наследственное владение, уступил ему управление Курляндией. Наконец, Магнус старался подчинить своему влиянию и соседние области Ливонии. Но о борьбе с русскими он никогда не думал.
Между тем в мае 1560 г. князь Курбский и Адашев с новыми войсками вступили в Ливонию, чтобы сломить последнее сопротивление. В конце июля собрался в Пернове ландтаг. Магистр, архиепископ Вильгельм, герцог Магнус были тут налицо. Но о самом важном — о защите Ливонии — не говорили. Тратили время на попытки примирить Кетлера и Магнуса. Скоро, т.е. уже в начале августа, плохие вести с театра войны, из Дюнамюнде, Кокенгузена, Аренсбурга, разогнали участников этого последнего ландтага в старой Ливонии.
Сильное русское войско окружило Феллин. 2-го августа 1560 г. при Эрмесе, недалеко от Валка, небольшое орденское войско под начальством ландмаршала Филиппа Шалля встретило неожиданно главное русское войско. Это была последняя битва Тевтонского ордена в Ливонии. Рыцари сражались храбро, и большинство пало в бою. Взятые в плен были казнены в Пскове и в Москве. Этой участи подвергся и ландмаршал в октябре 1560 г., вызвав дерзким замечанием гнев царя. Победившее русское войско отправилось к Феллину Защитой этого замка, хорошо укреплённого и снабжённого всем необходимым, руководил бывший магистр Фюрстенберг. Город Феллин скоро сгорел, но замок не особенно страдал от русских снарядов. И всё-таки Феллин должен был пасть. Кетлер, которого Ферстенберг просил о помощи, не мог её оказать. У него не было войска, пути были в руках русских, поляки не шевелились. Кетлер сделал попытку пройти к Феллину, но был задержан и отступил в Дюнамюнде. Наконец, взбунтовались ландскнехты, требуя жалованья, и тем принудили Фюрстенберга к сдаче. 20 августа 1560 г. Фюрстенберг сдался, а 21 августа он был отправлен в Москву. Так как ландскнехты ускорили сдачу Феллина, то им дозволили свободно выйти. Они удалились с богатой добычей и взяли с собой также имущество своего взятого в плен начальника. Кетлеру, впрочем, удалось перехватить и повесить зачинщиков бунта.
После этого русские отряды доходили до Вендена, Пернова, Ревеля и Вика. При этом они взяли все замки, за исключением одного Вейсенштейна, который Яспар фон Альтенбоккум защищал с успехом. Только в позднюю осень русские отступили, оставив, однако, войска в Вирляндии и дерптском епископстве. Поляки в войне не участвовали, но в стране они утвердились. Кетлер выдал им ещё в 1560 г. Венден, Вольмар и другие замки; временно они занимали даже ревельский замок. Силы ордена и всего края были совершенно истощены. Кетлер обратился через своего секретаря Соломона Геннинга к молодому, только что вступившему на престол шведскому королю Эриху XIV и просил его оказать помощь, обещая за это сделать территориальную уступку. Но шведский король ответил отрицательно. Эстляндское и иервенское рыцарство и город Ревель, которым поведение Кетлера внушало справедливые опасения, ещё раньше вступили в переговоры со Швецией. Кроме того, положение вещей в Ливонии было таково, что Швеция могла надеяться получить часть её и без согласия Кетлера. В мае 1561 г. депутация от города Ревеля и от рыцарства совещалась с магистром в Митаве. Кетлер узнал о сношениях Эстляндии со Швецией; но в Эстляндии знали, что Кетлер был готов признать верховную власть католической Польши. Скоро после того город Ревель и рыцарства объявили присягу, принесённую магистру, недействительной, а 4 июня 1561 г. рыцарства и 6 июня Ревель подписали акт о подданстве Швеции и присягнули шведскому королю. Яспар фон Альтенбоккум, командовавший под конец в вейсенштейнском и ревельском замках, не получив никакой помощи, вступил в переговоры со шведским фельдмаршалом Клаусом Горном и с его согласия 24 июня удалился с небольшим оставшимся у него отрядом.