В состав сложных тел, по мнению Ван-Гельмонта, в качестве простых тел могут входить лишь такие составные части которые могут быть выделены из этих сложных тел. Так, при сгорании всех органических веществ выделяется вода. Ее Ван-Гельмонт и принял за основную составную часть таких тел. При этом он не ограничился лишь умозаключением, а поставил проверочный опыт.
Он поместил в цветочный горшок 200 фунтов предварительно прокаленной земли, посадил в нее отросток ивы весом 5 фунтов и закрыл горшок железной крышкой, чтобы в него не попадало ничего постороннего. Затем в течение пяти лет он ежедневно поливал иву дождевой водой и ежегодно взвешивал опадающие листья Через пять лет он извлек дерево вместе с корнями, очистил их от земли и взвесил его. Оказалось, что дерево вместе с листьями весило 169 фунтов и 3 унции. Таким образом, привес ивы составил более 164 фунтов. Земля же в горшке, тщательно высушенная после опыта, почти не изменила своего веса. Убыль в весе составила лишь около двух унций. Из этого Ван-Гельмонт заключил, что ива выросла только за счет воды. Происшедшее при этом увеличение веса дерева он объяснил превращением воды в землю (19).
Этот опыт интересен как один из первых примеров количественного исследования явления. На основании своего неправильного заключения Ван-Гельмонт укрепился в мнении, что главной составной частью (простым телом) растительных и животных организмов является вода.
Изучая вопрос об истинных составных частях сложных минеральных тел, Ван-Гельмонт пришел к весьма важным выводам о составе растворов солей, а также твердых солей. Так, он указал что в растворе «ляписа» (AgNO3) содержится серебро; оно может быть выделено из раствора в виде рогового (хлористого) серебра, из которого можно получить металлическое серебро. Согласно Ван-Гельмонту, при растворении серебра в «крепкой водке» (азотной кислоте) оно не теряет своей сущности и лишь изменяет форму. Соответствующую опытную проверку Ван-Гельмонт также провел количественно, пользуясь весами. Подобный же количественный опыт он проделал и с кремнеземом, получив из него (сплавлением со щелочью) растворимое стекло и выделив из последнего кремнезем действием кислоты. Рассматривая далее выделение меди из раствора медного купороса на железе, Ван-Гельмонт окончательно опроверг мнение о том, что при этом происходит превращение железа в медь. Первым правильное заключение о сущности этого явления дал Анджело Сала.
Все эти опыты и выводы Ван-Гельмонта имеют большое историческое значение. Они впервые дали химикам правильные указания для суждения о сущности химических явлений и процессов и о направлении поисков действительных простых составных частей сложных тел.
Весьма важными для дальнейшего развития химии оказались и исследования Ван-Гельмонта, посвященные газам. Эти исследования положили начало развитию химии газов, или, как она стала называться впоследствии, пневматической химии (от греческого — «дух», «газ»). Занимаясь как иатрохимик изучением и объяснением процессов, происходящих в животных организмах, в частности явлениями брожения, Ван-Гельмонт заинтересовался газообразными продуктами брожения. До него химики и врачи не имели никакого понятия о газах. Все газы, которые они, несомненно, получали случайно, они считали воздухом чистым или испорченным, не имеющим веса. Запахи же объясняли примесью к воздуху частиц тел с острыми углами. Ван-Гельмонт впервые ввел в науку понятие «газ», ставшее в дальнейшем родовым понятием большой группы веществ. Этимологически это слово обычно сопоставляют, как это делал и Ван-Гельмонт, с греческим словом («хаос»), причем некоторые историки химии указывают на то, что слово «хаос» хорошо отражает беспорядочное движение газовых частиц. Иногда, впрочем, указывается, что термин «газ» происходит от голландского слова gisten («бродить»).