По замечанию В.И. Вернадского (1922), научные представления могут существовать до тех пор, пока логически выведенные из них следствия точно совпадают с известной областью явлений. Такое время наступило еще при жизни создателей учения. По мере затухания природных очагов чумы, оно все чаще переставало «работать» — следствия перестали совпадать с известной областью явлений. Чума не появлялась там, где казалось, благодаря обилию грызынов и близости к эпи-зоотичным территориям она должна обязательно быть, но возвращалась туда, где ее не ждали. Внешне это проявлялось одномоментным развитием на больших территориях чумных эпизоотий среди диких грызунов, однако тщательный контроль над таким очагом, проводившийся десятилетиями до этого, свидетельствовал о том, что чумы там все эти годы не было. И.В. Домарадский (1998), описал пробуждение одного из очагов в районе Гулженги в Забайкалье, которому он сам был свидетель. Эпизоотия там была зарегистрирована в 1947 г. Последующие многолетние исследования различных грызунов (около 300 тыс.) неизменно давали отрицательные результаты, пока, наконец, летом 1960 г. от даурского суслика, даурского хомячка, полевки Брандта и блох не были выявлены культуры возбудителя чумы.
Фактически то же самое произошло в Индии в 1994 г. Эпидемия возникла в природном очаге, эпидемический потенциал которого специалистами не считался представляющим серьезную опасность. Чума не была своевременно распознана, болезнь проявилась в уже нехарактерной для Индии легочной форме.
В середине XX столетия многие воззрения на природную очаговость чумы стали существенно дополняться. Та его составляющая, которая была разработана Д.К. Заболотным, Н.Н. Клодницким и другими русскими учеными, разумеется, ревизии не подвергалась, однако возникли сомнения в том, что грызуны являются первичным резервуаром Y. pestis. Одновременно накопились сведения, позволяющие утверждать, что механизм энзоотии чумы носит сапронозный характер.
Под давлением многочисленных эпидемиологических наблюдений, Н. Mollaret (1963), первым среди чумологов, был вынужден вернуться к забытому в начале XX столетия учению Макса Петгенкофера (1885), предполагающему участие почвы в поддержании в природе возбудителей опасных инфекционных болезней. Смысл его гипотезы сводится к тому, что чумной микроб при наличии соответствующих условий может длительно персистировать в почве нор грызунов («теллурическая чума»). Развивая гипотезу Mollaret, М. Балтазар (1964) пришел к заключению, что цикл возбудителя чумы в природных очагах состоит из двух фаз: паразитической (на грызунах и их блохах — кратковременный и неустойчивый) и непаразитарной (существование в почве нор — устойчивый). Механизм данного явления оставался непонятным до тех пор, пока С. В Никулыиин. с соавт. (1993) не показали, что ряд амеб способны фагоцитировать Y. pestis и сохранять ее в предцистах.
О.В. Бухарин и В.Ю. Литвин (1997) считают, что это явление носит характер общей закономерности для широкого круга патогенных бактерий, способных к автономному существованию в окружающей среде: иерсений, псевдомонад, листерий, эризипелотриксов, легионелл, холерных вибрионов. Благодаря селекции и накоплению в бактериальной популяции устойчивых к фагоцитозу клонов при пассировании среди простейших, поддерживается как численность, так и вирулентность (устойчивость к фагоцитозу) патогенных бактерий в почвенных и водных сообществах. В пользу этого предположения свидетельствуют и данные T.J. Marrie et al. (2001), обнаруживших, что такие микроорганизмы, как LLAPs (Legionella-like amoebalpathogens — возбудители пневмоний), Parachlamydia acanthamoeba BN9 (болезнь Кавасаки), Aft pia felis (болезнь кошачьей царапины), паразитирующие в почвенных амебах, очень хорошо размножаются в человеческих моноцитах, но не растут на искусственных питательных средах.
По мнению Домарадского (1998), с эпидемиологической точки зрения факт участия одноклеточных животных в поддержании патогенных для человека микроорганизмов важен и потому, что в инцистированном состоянии они выдерживают низкие температуры, обезвоживание, жару, воздействие других абиотических факторов и могут сохраняться годами. Следовательно, внутри цист чумной микроб имеет шансы на выживание при самых неблагоприятных условиях окружающей среды и вместе с цистами может разноситься на огромные расстояния. Домарадский (1998) считает, что сходство условий существования чумного микроба в одноклеточных организмах с таковыми в фагоцитах, объясняет то, каким образом слабовирулентные штаммы Y. pestis сохраняются в природе. В связи с этим его утверждением интересны данные D. Monack и S. Falkow (2000), показывающие использование родом Yersinia для уничтожения макрофагов млекопитающих эволюционно очень древнего приема — индуцирование апоптоза, видимо «отработанного» на амебах. Домарадский обращает внимание исследователей на механизм, с помощью которого неспорообразующие микробы могут длительно существовать в окружающей среде. Речь идет о переходе бактерий в так называемое «некультивируемое состояние».