Отступив к Пекину, повстанческий совет принял решение не оборонять город и отойти на запад. Этого требовали главным образом интересы сохранения боевых сил. Кроме того, Ли Цзы-чэн опасался лишиться продовольственных ресурсов, а главное — остаться в окруженном городе, в отрыве от крестьянской массы — его социальной опоры. Нельзя было также не учитывать явно враждебного отношения значительной части столичного населения.
4 июня, через 42 дня после вступления в Пекин, повстанческая армия без боя, в полном порядке оставила город. Накануне во дворце состоялась церемония коронации Ли Цзы-чэна. По замыслу Ли Цзы-чэна, провозглашение его императором должно было помочь ему в организации предстоящей борьбы против маньчжурских захватчиков.
6 июня в Пекин вступили маньчжуры и войско У Сань-гуя. Город стал добычей иноземных изуверов. При помощи китайских предателей они утвердились в столице и провозгласили одного из внуков Нурхаци, князя-малолетку, императором. С этого времени ведет начало правления в Китае маньчжурской династии Цин.
Однако маньчжурам и их сообщникам из числа китайских феодалов-предателей понадобилось еще несколько десятилетий, чтобы подавить сопротивление китайского народа и утвердить свою власть во всем Китае.
До зимы 1645 г. продолжал борьбу с превосходящими силами врага Ли Цзы-чэн. Повстанцы дали несколько решительных сражений преследовавшим их войскам У Сань-гуя и маньчжуров, но не смогли разбить их и продолжали все время отступать далее на юг. Новая попытка совета вождей заключить союз с У Сань-гуем для совместного нападения на маньчжуров также оказалась безуспешной: У Сань-гуй категорически отверг предложения повстанческой верхушки.
Чжан Сянь-чжун, обосновавшийся в Сычуани, и не помышлял о помощи Ли Цзы-чэну и объединении с ним в борьбе против общего врага. В этом заключается одна из конкретных причин ослабления патриотических сил китайского народа и поражения великой крестьянской войны.
В октябре 1645 г. Ли Цзы-чэн с горстью своих соратников был настигнут неприятелем на южной окраине провинции Хубэй и убит. В борьбе погибли многие сподвижники Ли Цзы-чэна.
В 1646 г. под натиском вражеских войск распалось государство Сянь-чжуна. Сам он пал в одном из сражений.
С гибелью Ли Цзы-чэна, Чжан Сянь-чжуна и других крестьянских вождей борьба китайского народа против объединенных сил маньчжурских завоевателей и китайских феодалов-предателей не прекратилась. В северных, центральных и южных районах Китая сложился довольно широкий антиманьчжурский лагерь, включавший крестьян, ремесленников, городские низы, купечество и часть феодалов и чиновничества. Главной, активнейшей силой в этом движении было крестьянство.
Вскоре после отвода армии Ли Цзы-чэна из Пекина в окрестностях столицы, а также в Баодине и Тяньцзине начались открытые антиманьчжурские выступления. Осенью 1644 г. волна патриотических восстаний охватила территорию Шаньдуна. Наиболее крупным среди них было восстание крестьянской «Армии вязовых чащ», действия которой продолжались до 1655 г.
Одним из главных очагов народного патриотического движения были провинции Цзянсу и Аньхуэй. Начиная с лета 1644 г. несколько восстаний вспыхнуло близ Нанкина и в приморских пунктах провинции Цзянсу. Одним из них руководила тайная религиозная секта «Белый лотос». До 1662 г. проходило восстание рыбаков и крестьян-хлебопашцев в районе озера Тайху. Повстанцы громили усадьбы богачей, забирали имущество и продовольствие и распределяли их среди сельской бедноты.
В городах Цзянъинь, Цзядин и Сучжоу восстали купцы и ремесленники. Горожан поддержали жители окрестных сел. Защитники Цзянъиня в сражениях с маньчжурами, длившихся 81 день, убили 18 вражеских военачальников и 75 тысяч солдат. В конце августа 1645 г. было сломлено сопротивление гарнизона и ополченцев Цзядина. Но стоило захватчикам через три дня увести свои войска, как население города и прилежащих сел вновь подняло восстание. Маньчжурам удалось окончательно подавить сопротивление патриотов лишь в октябре 1645 г.
На просторах провинций Хубэй, Хунань и Сычуань до 1680 г. действовала полумиллионная крестьянская армия, выросшая на базе отрядов Ли Цзы-чэна. Ею командовал Ли Го — боевой соратник Ли Цзы-чэна.
Большой вклад в освободительную борьбу внесли патриотически настроенные китайские военачальники Ши Кэ-фа, Чжан Хуан-янь и др. С сопротивлением войск, руководимых национальным героем китайского народа Ши Кэ-фа, маньчжуры столкнулись при продвижении к Великому каналу. Враги не раз пытались склонить Ши Кэ-фа на предательство, но герой-патриот остался верен своему делу. Когда в апреле 1645 г. маньчжуры после ожесточенного штурма завладели Янчжоу, который защищал вместе со своим 20-тысячным войском Ши Кэ-фа, герой был взят в плен и казнен.