Не менее важной для Советской России была оперативная информация из Финляндии о состоянии российского флота.
«Балтийский флот, — писал Алексей Фролович, — почти не ремонтировался из-за нехватки необходимых для этого материалов (красителей, стали, свинца, железа, смазочных материалов). В то же время эта продукция практически открыто направляется из Петрограда в Финляндию с последующей переотправкой через финские порты в Германию. Центром таких преступных сделок является кафе петроградской «Европейской» гостиницы, а пунктом отправления — Гутуевский остров и соединительная ветка с финляндскими железными дорогами…»
Конечно, «любимым блюдом» в информационном меню Филиппова были сведения о валютно-финансовых операциях в Финляндии. И здесь Алексей Фролович находил нужный поворот, который бы помогал решению российских национальных проблем.
«Небывалое и ничем не оправданное произвольное понижение курса российского рубля в Финляндии, — сообщал в Москву Алексей Фролович, — влечет за собой большие бедствия для русского населения. Финляндия закупает по низкой цене наши рубли, а затем сбывает их Германии. Кроме того, платежи за идущие из России в Финляндию товары производятся финскими банками в искусственно обесцененных рублях, что ведет к отливу денежных знаков за границу, в то время как Россия не получает необходимой ей финской валюты. Предлагаю поступить так, чтобы все расчеты проходили в обязательном порядке через Российский Госбанк».
Информация А.Ф. Филиппова о положении дел в Финляндии и вокруг этой страны нередко становилась предметом обсуждения правительства РСФСР. В отдельных случаях, когда она носила особо важный и конфиденциальный характер, докладывалась В.И. Ленину.
15 февраля 1918 г. Алексей Фролович пишет записку Ф.Э. Дзержинскому:
«Завтра возвращаюсь назад с полным, весьма важным докладом. Сейчас сообщаю самую настоятельную просьбу поговорить с Ильичом о непринятии решительных мер до нашего с Вами и с ним свидания».
В этой записке Филиппов сообщал об усилении финской белой гвардии, об активизации немецкого военного флота в районе Аландских островов, о возможности отвода отряда российских кораблей в Кронштадт буксирами, об оказании финляндской республике помощи продовольствием, горючими и смазочными материалами, предупреждал о необходимости принятия мер, чтобы наши поставки не попадали в руки белогвардейцев или, еще хуже, в руки немецкой армии.
Алексей Фролович пользовался большим и заслуженным доверием Дзержинского и выполнял задания не только информационного характера. Известен факт, когда руководитель ВЧК попросил Филиппова изучить в Финляндии и Ревеле (Таллине) работу обосновавшихся там после революции контрразведывательных подразделений царской армии и высказать предложения по поводу возможности их использования в интересах ВЧК. Алексей Фролович успешно выполнил это поручение, и на письменный стол Дзержинского легла докладная записка о проделанной работе. В ее резюме говорилось, что все эти учреждения «имеют в себе недостатки прежнего режима и, за небольшим исключением, состоят из чиновников, интересующихся только жалованьем, но отнюдь не результатами работы». Филиппов рекомендовал вместо старых структур создать «органы военного контроля», которые бы ежедневно давали советскому правительству по радио сведения о передвижении немецких войск в Прибалтике. Свою записку А.Ф. Филиппов завершил словами, обращенными не только к Дзержинскому, но и к правительству Советской России: «Декрет насчет контрразведки проведите немедленно!».
В марте 1918 года Алексей Фролович вернулся из Финляндии в Петроград, а затем перебрался в Москву, где ему было сделано заманчивое предложение: должность главного эксперта по составлению устава военной контрразведки и оклад в 500 рублей, что по тем временам было довольно значительной суммой (примерно соответствовало жалованью зам. наркома). В тот самый момент, когда Алексей Фролович, как ему казалось, занялся подобающим его знаниям и опыту делом, в руках Председателя Петроградской ЧК М.С. Урицкого оказалось перехваченное чекистами письмо коммерсанта Горядина, в котором тот утверждал, что А.Ф. Филиппов имел якобы отношение к составлению и распространению в общественных местах листовок антисемитского содержания от имени штаба подпольной организации «Каморра народной расправы». М.С. Урицкий не очень симпатизировал Филиппову, очевидно завидуя доброму расположению к нему Дзержинского. Имея в руках «убедительный компромат», М.С. Урицкий распорядился арестовать Алексея Фроловича и под конвоем доставить его из Москвы в знаменитую петроградскую тюрьму Кресты.