Часть отряда, укрывшаяся в катакомбах, потеряв своего руководителя, продолжала действовать. А для Владимира Александровича и его соратников начался новый, тяжелейший и мучительный этап борьбы с врагом.
Арестованных подвергали пыткам, в том числе электричеством. Бадаев и арестованные с ним патриоты молчали. В поединке со следователями Бадаеву удалось вычислить предателя, из-за которого произошел провал. Владимир Александрович рассказал об этом своим соратникам, и они договорились использовать любую возможность, чтобы передать эту информацию на волю.
Первому это удалось сделать разведчику Милану, которого фашисты, не добившись от него ни звука, приговорили к смертной казни для устрашения других бадаевцев. Милан передал родным белье, в котором находился изорванный носовой платок. Кровью на краях платка было нацарапано: «Наших Бойков пре». Это известие дошло до подпольщиков, продолжавших борьбу с врагом.
Вторым это удалось и самому Бадаеву. 27 июня 1942 года фашисты повели его и ближайших сподвижников на казнь. Для устрашения жителей Одессы они повели их по городу. На одной улице из толпы выскочила женщина и подбежала к высокому мужчине, на груди которого висела табличка с надписью «Бадаев». Она повесила на его руки, закованные в кандалы, связку бубликов. Прежде чем жандармы успели что-либо предпринять, женщина скрылась в толпе. Это была жена одного из членов бадаевского отряда Екатерина Васина. Она поторопилась передать товарищам по борьбе слова Владимира Александровича, которые он успел шепнуть: «Нас предал Бойков».
Бойков-Федорович при отступлении фашистов из Одессы попытался сбежать, но был схвачен и понес заслуженное наказание.
Среди документов, которые гестаповцы и сотрудники румынской сигуранцы при отступлении из Одессы не сумели вывезти, было «Дело Бадаева и его организации». Из него видно, что враги узнали истинную фамилию стойкого патриота только через год после его расстрела. Из материалов дела следует, что Владимир Александрович три месяца молчал. Ни избиения, ни изощренные пытки не заставили заговорить. Лишь когда он увидел, что все идет к завершению, которое оккупанты решили оформить в виде комедии судилища, он заговорил. Но заговорил с единственной целью — взять все на себя и по возможности смягчить участь своих товарищей. В отношении арестованных с ним сподвижников он заявлял: «В операциях не участвовал. В отряде занимался подсобными работами».
Сила духа, которую проявили Бадаев и его сподвижники, поразила и врага. В камеру к бадаевцам был подсажен агент сигуранцы Боярчук, выдававший себя за подпольщика. Он доносил своему шефу: «Преимущественно ночью заключенные собираются в камере вокруг Бадаева. Он укрепляет в них надежду на скорый приход Красной Армии и освобождение Украины. Все верят ему, потому что видят, что он держится стойко, ни в чем не сознается». (Кстати сказать, и этот провокатор был пойман и приговорен трибуналом к расстрелу.)
Приговор подпольщикам был объявлен 29 мая 1942 года во дворе тюрьмы, куда вывели всех заключенных. После оглашения приговора прокурор заявил, что осужденные могут подать прошение о помиловании в Бухарест королеве Румынии. Бадаев выступил вперед и громко заявил: «У нас есть только один суд — советский, только одно правительство — в Москве. Мы — русские, и на своей земле помилования у врагов не просим!»
Руководительница группы связных и радистов, сотрудница внешней разведки из Москвы Тамара Межигурская в своем предсмертном письме родным написала: «Нас скоро расстреляют. Не огорчайтесь. Мы ко всему готовы. И на смерть пойдем с поднятой головой».
Разведчик-подпольщик Гордиенко в письме своим родителям и друзьям написал: «Не унывайте, все равно наша возьмет. Еще будет время и рассчитаются со всеми гадами. Наше дело все равно победит… Я не боюсь смерти. Умру, как подобает патриоту Родины».
Весть о героической стойкости советских патриотов, несгибаемых бадаевцах, облетела весь город.
За образцовое выполнение специальных заданий в тылу врага и проявленные при этом отвагу и геройство Владимиру Александровичу Бадаеву Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. Разведчики и бойцы его отряда были награждены боевыми орденами.
В конце марта 1944 года Красная Армия выбила фашистов из Николаева. Созданная областным управлением НКВД чекистская группа проделала громадную работу, чтобы по крупицам воссоздать героическую картину борьбы отважных патриотов с гитлеровцами в период оккупации.