Состязание в нравственном влиянии и в церковном авторитете между двумя трапезундскими церквами отразилось на внутреннем устройстве храма и на архитектурном типе. Оно заметно и на внешних украшениях. Стоит всмотреться в мраморные вставки, украшающие внешние стены главной апсиды, на которой в обилии сохранились фрагменты рельефов и орнаменты, чтобы вспомнить о наблюдениях, сделанных относительно храма Богородицы Златоглавой. И здесь в стене вделаны, по-видимому, остатки надгробных памятников, которыми св. Евгений не уступал Богородице Златоглавой, и здесь видим христианские эмблемы креста, растительный орнамент, кисти винограда и, кроме того, одноглавого орла, входившего в герб империи. Храм св. Евгения еще больше, чем Златоглавая, окружен частными зданиями, возникшими в непосредственной к нему близости и заполнявшими обширный монастырский двор, кладбище и монашеские помещения. Выяснение многих подробностей истории его стоит в связи с производством как в нем самом, так и в его ближайшем соседстве больших работ. Внутри храма мной предприняты были некоторые предварительные разведки. Прежде всего необходимо было снять деревянный пол, настилкой которого мусульмане налагали свою печать на христианский храм, носивший рисунки и эмблемы, недопускаемые для чувства правоверных, даже на полу. В алтаре и прилегающих к нему отделениях с северной и южной сторон деревянная настилка лежала прямо на земле, в церкви же покрывала частью мраморный пол с орнаментом, а в западной части настилка лежала на деревянных брусьях, положенных на земле. Почва в алтаре, по снятии верхнего рыхлого слоя, оказалась скалистым материком, очень неровным, залитым цементом. Найдено несколько больших глыб хорошо цементированного состава, упавшего, как можно догадываться, со сводов. Следы огня с остатками угля в глыбах глины и цемента указывают на пожар, разрушивший эту часть храма. В мягкой почве по направлению к северной стороне, в небольшом помещении из камня, сложенного насухо, оказались кости, положенные в беспорядке, как можно догадываться, два костяка, при них два черепа, один хорошо сохранившийся, другой разбитый. Кости собраны, положены в ящик, и все вместе снова зарыто землей. При раскопке обнаружено несколько мраморных плиток различной величины и цвета, что указывает на остатки облицовки стен в алтаре и мозаичную работу. Сохранились ли по стенам апсиды и в сводах росписи, об этом нельзя сказать ничего определенного, так как для систематических работ в этом отношении потребовалось бы возведение деревянных построек и продолжительные работы.
В северной апсиде и по стене в направлении к югу сделана пробная траншея. За небольшим слоем мелкого щебня начинается грунт скалистой почвы. Здесь в нескольких местах обнаружены остатки погребения, но не в цельном виде, а в небольших углублениях, специально сделанных для положения костей. Так, на глубине 1/4 аршина, на песчаной плите, в маленьком углублении, найдены истлевшие кости, кусочек стекла и кольцо. Кости были прикрыты доской. У самой северной стены под плитой, в углублении в пол-аршина длиной и 1/4 глубиной, найдены еще кости с черепом, который разбит на кусочки. Кости оставлены мной на своем месте и заложены плитой, у устья ямки положен булыжник. Все место завалено снова землей.
Можно сказать, что сделанными пробными траншеями внутри церкви не добыто таких результатов, которые оправдывали бы дальнейшие в том же направлении попытки. Очевидно, следовало бы перенести работы на окрестности храма, где находится обширная поляна с неровностями и где можно предполагать основания зданий, принадлежавших храму и окружавшему его монастырю.
Но я был поощрен важной находкой и внутри самого храма. Не столько с археологической, сколько с церковной и политической точки зрения может получить значение сделанная мной находка внутри церкви. Выше было указано, что по некоторым литературным указаниям местонахождение раки св. Евгения следовало предполагать у правого предалтарного столба. И, действительно, после снятия деревянного настила, когда обнаружился каменный пол из штучного мрамора и когда стало возможным выяснить план мозаичного пола, в правой (южной) стороне между пилястром и алтарем в полу открылись явственно следы углублений, каковые обозначают места для четырех ножек саркофага. Далее выяснено, что эти углубления сделаны в скалистом грунте и что дальнейшие попытки раскапывать место были излишни. Остается неизвестным, греки или турки удалили раку из церкви. Если допустить мысль, что мощи были заблаговременно скрыты в алтаре под верхним слоем земли, то можно бы видеть в найденных нами костяках остатки мученика. Рака св. мученика и сама по себе представляла значительную ценность, как можно видеть из следующего описания раки св. Стефана Сурожского[31]: «разбивъ двери и вниде видеше гробъ святого, а на гробе царьское одiяло и жемчугъ и злато и камень драгый и кандила злата, сосудовъ златыхъ много. Все пограбиша».