Рязанский митрополит Стефан Яворский был назначен местоблюстителем патриаршего престола. А патриаршим домом, домами архиерейскими и монастырскими велено было ведать боярину Мусину-Пушкину: «сидеть на патриаршем дворе в палатах и писать монастырским приказом».
Ведомству этого учрежденного (или, вернее, возобновленного 24 января 1801 года) приказа подлежало управление патриаршими, архиерейскими, монастырскими и церковными вотчинами; устройство и содержание тех церковных учреждений, от которых были отобраны в собственность государства эти вотчины; установление штатов, назначение настоятелей, строительная часть, посредничество между Церковью и государством. Учреждением этого приказа сделан был первый шаг по переводу церковных вотчин в безусловное ведение государства. Тотчас по учреждении приказа начали составлять переписи всего церковного имущества. По архиерейским домам и монастырям разосланы были стольники, стряпчие, дворяне и приказные.
Отмена патриаршества сильно не понравилась многим приверженцам старины, которые боялись, что эта отмена поведет за собою потерю церковной самостоятельности. Наместник патриаршего престола был ограничен собранием очередных епископов, вызывавшихся попеременно из епархий в Москву. Совещания между местоблюстителем и этими епископами представлялись на утверждение Петра. Участие в духовном управлении светской власти стало сразу весьма значительным. Совершенно устраненный монастырским приказом от множества упомянутых выше весьма важных дел, состоявших раньше в ведении Патриарха, митрополит Стефан и в чисто духовных делах не имел почти никакой власти. Множество назначений на места духовного управления шло помимо Стефана, по представлению Меншикова, Мусина-Пушкина и других лиц. Исключительно Мусин-Пушкин распоряжался патриаршею типографией, сочинениями, переводами, изданием книг, даже исправлением Библии, хотя это исправление и было поручено надзору Стефана.
Вообще, ревностный к православию, правдолюбивый Стефан много пострадал в жизни, являясь одною из жертв той переходной эпохи. Происходя из дворянской Волынской семьи, Стефан, в жажде образования, должен был поступить в славившиеся тогда галицкие и польские училища и для того, вероятно, на время отступить от православия. Присланный благодетелем своим, митрополитом киевским Варлаамом Ясинским, в Москву, он был замечен Петром, который услышал слово, произнесенное им над гробом боярина Шеина, и который искал ученых и способных монахов, особенно – не враждебных европейскому духу, чтобы таковыми замещать епископские кафедры. Петр призвал Стефана на Казанскую кафедру, от которой он долго отказывался, так как в Москве его осыпали бранью и клеветами за его пребывание у иезуитов. В Великороссию он внес с собою ту любовь к просвещению, которая составляла отличительную черту малороссийского монашества, принес и свое захватывающее, красноречивое слово. Даже враги его говорили, что, уча в церкви, он мог по произволу заставить слушателей плакать или смеяться.
Свой дар слова он посвятил борьбе с двумя современными ему язвами: расколом и протестантскими веяниями.
Он застал в Москве мнение, что близко пришествие антихриста, что Москва – Вавилон, а жители ее – вавилоняне, слуги антихристовы и сыны погибели. Некоторые брались за вычисления, назначали день и час, когда Христос придет на Суд, и пред назначенным временем делали себе гробы, рыли могилы, закутывались в саваны и ложились ожидать Христа.
Для вразумления таких людей Яворский написал сочинение с обличением этих мнений, показывая, на основании Священного Писания, каковы будут истинные признаки пришествия антихриста.
Совершенно невозможную, дикую форму приняло в Москве распространение кальвинистского учения. Полковой фельдшер Тверитинов, набравшись мыслей у врача-иноземца, стал распространять хулы на многие из заветнейших преданий церковных: говорил против икон, креста, мощей, причастия, святых, литургии, постов, против поминовения усопших, значения добрых дел.
Он нашел себе последователей между невежественными стрельцами и мастеровыми. Брадобрей Фома Иванов дошел до такого исступления, что в Чудове монастыре при народе кричал хульные слова на великого святителя московского – митрополита Алексия и разрубил ножом его икону. Стефан Яворский после этого ужасного события тотчас нарядил тайное расследование об этом обществе и, найдя главных виновников, предал их церковной анафеме. Фома был казнен по гражданскому суду.