По мнению Б. А. Рыбокова, Мокошь была одной из центральных фигур языческой веры на Руси. Её культ четко противопоставлялся дружинной религии Перуна и был распространен в крестьянской среде, являясь общенародным. Академик считал, что поклонение Мокоши было характерно для народной религии дохристианской Руси, и благодаря этому почитание богини продолжалось и после принятия христианства. Особо популярен культ Мокоши был у женщин, она считалась покровительницей плодородия, богиней судьбы и удачи. Рыбаков использует написание Макошь и трактует смысл имени богини как " ма"– мать и "кош" – корзина для зерна или жребий. Б. А. Рыбаков сближает образ Мокоши с образом Матери Сырой Земли, что делает её основной богиней славянского пантеона. Как покровительница прядения Мокошь отмеряет нити людских жизней и соотносится со скандинавскими богинями судьбы Норнами, или греческими Парками, прядущими нити судеб. Вместе с тем, обычно, богини плодородия и богини ведающие судьбами людей четко разделены, как функционально, так и психологически. Это мифологические персонажи разного уровня. Богини плодородия представляют персонификацию идеи всеобщей Матери, цикличности времени с непрерывным повторением смерти и нового рождения, в то время как Норны или Мойры, выражают представления о неумолимости рока и конечности жизни как людей так и богов. Исходя из объективных данных, Мокошь скорее подходит на роль богини судьбы и удачи, покровительствующей прядению и другим женским работам, чем на роль Богини Матери, ведающей плодородием.
В. В. Иванов и В. Н. Топоров выдвинули предположение, согласно которому Мокошь почиталась славянами как жена Перуна и была действующим лицом «основного мифа». Якобы из-за неё разгорелась вражда между Перуном и Велесом. Последний, похитив Мокошь навлек на себя гнев громовержца и был низвергнут в царство мертвых, где и стал хозяином. Такое заключение ученые сделали на основе оппозиции между днями недели посвященными Мокоши и громовержцу. Перуну соответствовал мужской день – четверг, Мокоши женский – пятница. Такое противопоставление чет – нечет, верх – низ, женское – мужское, стали основой для построений ученых. Эта теория не выдерживает серьёзной критики, хотя и имеет большое число сторонников. Пожалуй, основная проблема структуралистов заключается в их постоянном желании все элементы мифа включить в систему, по аналогии с систематизацией лингвистических конструкций, но в мифологии этот метод применим далеко не всегда и не подходит для объяснения большинства мифов. Славянская мифология не имела четкой систематизации и жёсткой функциональной привязки мифологических персонажей. Различные, абсолютно противоположные верования могли мирно сосуществовать, дополняя друг друга. Например Богиня-Мать могла одновременно быть супругой, как небесного Бога-Громовержца, так и властителя страны мертвых, хтонического бога Велеса. Такая картина была совершенно нормальной для верований языческой эпохи и не вызывала диссонанса в людских сердцах.
Несмотря на то, что большинство ученых считают Мокошь генетически связанной со славянским населением древней Руси и генезис этого образа возводят к процессам происходившим внутри древнеславянского общества, есть и другие версии происхождения богини и имени Мокошь. Так историк литературы Е. В. Аничков соотнес это имя с многочисленными до славянскими топонимами финно-угорского происхождения, расположенными в северной части России и на этом основании сделал предположение о финском происхождении Мокоши. По его мнению, Мокошь заняла свое место в пантеоне славян с началом активного освоения северных регионов, в результате тесных контактов с местным финно-угорским населением. Однако, против такой гипотезы говорит повсеместное почитание Мокоши у южных и восточных славян, а так же более детальное исследование мифологии финно-угорских племен. Современные учёные однозначно говорят, что в мифологии Мордвы нет аналогичного Мокоши женского божества. Никаких следов почитания Мокоши не было обнаружено и у других народов финно-угорской группы, что доказывает ошибочность гипотезы о «финнском» происхождении богини. Скорее здесь можно говорить о заимствовании финно-угорскими племенами названий и терминов из Индоевропейского языка, что свидетельствует о длительных контактах двух этносов в древности. Другие ученые находят аналогии в санскрите , где «мокша» означает освобождение, смерть. Хотя индийский след Мокоши кажется сомнительным, возможно что в доисторические времена, индоевропейской общности, некое женское божество стало прообразом для развития культа Мокоши у славян.