В 1840 году Пирогов занял кафедру в медико-хирургической академии и организовал учреждение госпитальных клиник для кончающих курс студентов и молодых врачей. Многочисленны были препятствия для деятельности Пирогова. Чтобы судить о них, достаточно сказать, что главный врач военно-сухопутного госпиталя «на настойчивые требования об улучшении гигиенических условий госпиталя и существовавших порядков относительно ухода, содержания и продовольствия больных, серьезно заподозрил Пирогова в помрачении его умственных способностей, о чем «конфиденциально» и довел до сведения бывшего военного министра».
Учреждение анатомического театра при академии — тоже дело Пирогова; проект его не без жестокой борьбы был утвержден, и знаменитый хирург вывез из-за границы молодого прозектора — Грубера, который до сих пор работает на пользу науки, в академии.
Кто не знает деятельности Н. И. Пирогова в Севастополе? Но едва ли кто поверит, что, когда Пирогов «сам себя предложил к услугам осады, он только после значительных хлопот добился разрешения отправиться в Крым», и, главным образом, благодаря участию в этом деле покойной великой княгини Елены Павловны.
Порядки, которые нашел Пирогов на театре войны, приводили его в ужас. «Страшное это время! Его нельзя забыть до конца жизни!» — говорил Пирогов, понимая, что люди гибнут не столько от ран и болезней, сколько от недостатков администрации и от злоупотреблений. «О том, что мы не были приготовлены к войне — это уже теперь не государственная тайна, — писал в предисловии к своей «Общей военно-полевой хирургии» Пирогов. — В декабре 1855 года дошло до того, что наших раненых и больных (число которых сильно увеличилось от эпидемии) нужно было отправлять при 20° Р за 400–500 и даже 700 верст. Я нашел многих из них, при моем осмотре военных лазаретов в зиму 1855 года, с отмороженными в транспорте ногами…» И далее: «Я никогда не забуду первого моего въезда в Севастополь. Это было в позднюю осень, в ноябре 1854 года. Вся дорога от Бахчисарая на протяжении 30 верст была загромождена транспортами раненых, орудий и фуража. Дождь лил как из ведра, больные и между ними ампутированные, лежали по́ двое и по́ трое на подводе, стонали и дрожали от сырости; и люди, и животные едва двигались в грязи по колено; падаль валялась на каждом шагу; из глубоких луж торчали раздувшиеся животы павших волов и лопались с треском; слышались в то же время и вопли раненых, и карканье хищных птиц, целыми стаями слетевшихся на добычу, и крики измученных погонщиков, и отдаленный гул севастопольских пушек. Поневоле приходилось задуматься о предстоявшей судьбе наших больных; предчувствие было неутешительно. Оно и сбылось».
Расстроенный неурядицей и массою злоупотреблений, встреченных им на театре войны, Пирогов после шестимесячного пребывания в Севастополе вернулся в Петербург, рассчитывая личным ходатайством изменить положение врачебного дела в Крыму, — но это ему не удалось, и он снова был командирован в Крым, откуда возвратился по окончании войны и снова занялся прерванными научными работами.
В эпоху новых «веяний», обнаружившихся после крымской войны, вопрос о воспитании, как и следует, занял одно из главных мест среди других вопросов, выдвинутых требованиями жизни. «Морской сборник», где в те времена печатались статьи, не пропускавшиеся общей цензурой, первый обратил на этот вопрос серьезное внимание. Появились статьи гг. Бема, Николаи и других и, наконец, статья Пирогова «Вопросы жизни», обратившая на себя общее внимание. Вот как говорил о силе впечатления, произведенного этой статьей, Добролюбов: «Они поразили всех — и светлостью взгляда, и благородным направлением мыслей автора, и пламенной, живой диалектикой, и художественным представлением затронутого вопроса. Все, читавшие статью г. Пирогова, были от нее в восторге, все о ней говорили, рассуждали, делали свои соображения и выводы… Статья Пирогова, — говорит дальше критик, — вовсе не отличается какими-нибудь сладкими разглагольствованиями или пышными возгласами для усыпления наших отцов и воспитателей, вовсе не старается подделаться под существующий порядок вещей, а, напротив, бросает прямо в лицо всему обществу горькую правду; не обинуясь, говорит о том, что́ у нас есть дурного, смело и горячо, во имя высочайших вечных истин, преследует мелкие интересы века, узкие понятия, своекорыстные стремления, господствующие в современном обществе».
И по поводу этого общего сочувствия к статье Пирогова известный критик радовался за общество, находя, что оно «имеет столько внутренней силы, что не пугается сознания своих недостатков», и написал превосходнейшую статью, в которой с обычным мастерством развил основные положения Пирогова…