Основная разница между церковью Апостолов и Сан Марко заключается в том, что в венецианском соборе имеются ясно выраженные черты восточновизантийской школы, включенные в столичную композиционную систему и переработанные константинопольским стилем, т. е. перед нами типичное средневизантийское здание. В Сан Марко в основную пятикупольную схему церкви Апостолов введена крестово-купольная система, с точки зрения которой эта основа переработана. Каждый из пяти куполов Сан Марко составляет центр крестово-купольной группы с четырьмя развитыми ветвями креста и угловыми помещениями между ними. Таким образом, в Сан Марко пять раз повторяется характерная расчлененная группа, состоящая из девяти дифференцированных и взаимно подчиненных пространственных подразделений, которая составляет базу средневизантийской архитектуры и основное ее достижение. Кроме того, из всех пяти куполов выделен средний купол, более высокий, которому подчинены остальные, так что в целом образуется очень сложная, но вместе с тем уравновешенная, продуманная, последовательная и цельная группа, которая обнаруживает мастерское владение замкнутым внутренним пространством и виртуозное умение его членить и из членений образовывать ясные группы. Именно эта особенность Сан Марко, которая выражает основное достижение средневизантийской архитектуры, имела огромное значение для последующего развития мировой архитектуры и особенно для ренессанса.
Однако в Сан Марко феодальная концепция очень ярко проявляется в обратной тенденции слить пространственные ячейки отдельных групп друг с другом, стереть грани между ними и связать их все общей дематериализованной пространственной средой, создающей неопределенность переходов, текучесть членений. Эта тенденция, очень характерная для средневизантийской столичной архитектуры, которую она имеет общей с Софией в Константинополе, проявляется в Сан Марко, например, в мраморной облицовке, сплошь покрывающей собой стены и столбы до известной высоты и образующей как бы завесу, скрывающую за собой отдельные тектонические члены и связывающую их общей средой бледных тонов мраморных плоскостей. В области пространственной композиции это выражается в одноярусных аркадах, которые связывают друг с другом подкупольные столбы и предназначены нести деревянные хоры, которые крестообразно окружали бы центральную композицию пяти куполов. Эти хоры являются отголоском хоров церкви Апостолов, которые были отделены аркадами от центральных купольных пространств, в то время как в Сан Марко аркады имеются только под хорами, а пролеты хоров оставлены совершенно открытыми, так что снизу хорошо видны мощные полуцилиндры ветвей креста. Зритель, находящийся под хорами или идущий под ними вдоль боковых нефов (рис. 348), получает богатую последовательность сменяющих друг друга архитектурных картин, открывающихся на купольные пространства. Но выйдя из-под хоров, он из центрального помещения видит простую ясную группировку полуцилиндров (рис. 347), господствующую над аркадами под ними. Тем не менее аркады и хоры все же затемняют композицию крестообразных ячеек, перекрытых полуцилиндрическими сводами.
В Сан Марко ряд чуждых константинопольской архитектуре XI века черт привнесен западноевропейскими заказчиками собора, так как архитектурные формы и схемы византийского церковного здания не соответствовали требованиям западноевропейского католического культа. Особенно важно, что не были настланы деревянные полы хоров, так что Сан Марко остался без хоров, а над аркадами между купольными столбами, которые были первоначально предназначены для несения пола хоров и потом остались в качестве декоративных аркад, прорезывающих внутреннее пространство, идут проходы, по которым можно добраться до угловых помещений, разделенных на два яруса сводами. Благодаря отсутствию хоров композиция расчлененных пространственных групп выступает гораздо яснее: именно эта композиция особенно привлекала внимание западноевропейцев романской эпохи. С другой стороны, вся купольная композиция Сан Марко была воспринята западноевропейцами главным образом с эстетической точки зрения, так как западноевропейский культ очень сильно отличается от византийского культа, в котором в центре должен был находиться амвон или алтарь, а разделенный на два яруса обход наполнялся зрителями, созерцавшими драматические церемонии. В Сан Марко не только уничтожены хоры и этим самым уменьшена вместимость боковых нефов и их обращенность на центральный неф, но и пространство под главным куполом оставлено совершенно пустым, а восточная купольная группа отделена от остальных алтарной преградой, в ней помещается алтарь, и она несколько поднята над уровнем остальной церкви, так как под ней находится крипта (подземная церковь — см. о романской архитектуре в т. III). В целом благодаря этому Сан Марко получил базиликальную ориентацию, так характерную для романского зодчества.