Отсутствие какого-либо протеста среди казанцев против иностранного вмешательства во внутренние дела государства показывает, что в этот момент восточная партия в Казани находилась в полном упадке. Абдул-Латыф не успел ее оживить, и позиция была сдана без боя. Переворот 1502 года имел мирный характер; по всей вероятности, внешняя форма союзнических отношений между двумя независимыми государствами была соблюдена. Русское посольство, в состав которого входил дьяк-дипломат Иван Телешов, заключил новый договор с казанским правительством, и переворот был совершен путем союзного соглашения между казанцами и московским посольством. Но, по существу, такое дипломатическое вмешательство иностранцев нанесло сильный удар национальному самолюбию казанских людей и достоинству независимого государства. В 1487 году вмешательство русских во внутренние дела Казанского ханства носило более острый характер и повлекло за собой репрессии, казни и ссылки, теперь же кризис был улажен дипломатическим, мирным путем. Если в этом следует видеть прогресс, совершавшийся в международных отношениях, то все же распоряжение иностранцев ханским престолом показывает, насколько низко упало национальное самосознание казанских людей за 15 лет русского засилья. В течение этого времени реальное соотношение между обоими государствами значительно переменилось. Формально они по-прежнему считались равными одно другому, но Россия успела окрепнуть и превратиться в сильное государство, ведущее великодержавную политику и успешно конкурирующее с Литвою и Крымом, тогда как Казанское ханство за этот период совсем не усилилось, перевороты же 1487, 1495 и 1496 годов оказали неблагоприятное влияние на государство, так как репрессии и отлив эмигрантов уносили наиболее энергичные элементы населения и ослабляли силы страны.
Низложенный Абдул-Латыф был под конвоем отправлен в Россию. Московское правительство подвергло его ссылке, как и хана Али. Абдул-Латыф был сослан, как арестант, в город Белоозеро. На престол был возведен прежний хан Мухаммед-Эмин, зарекомендовавший себя искренним другом России.
Война 1505–1507 годов
В 1495 году, эмигрировав снова в Россию, Мухаммед-Эмин стал продолжать прежнюю службу, управляя Коширой, Серпуховом и Хотунью. Он был обязан участвовать в русских походах, и в 1500 году во время Литовской войны он был назначен, в силу своего высокого титула, номинальным главнокомандующим всей русской армией. Когда хан в 1502 году возвратился в Казань, ему было 30 лет с небольшим.
Мухаммед-Эмин отлично помнил горький опыт того конца, которым завершилось его первое царствование.
Учитывая неблагоприятное впечатление, произведенное на казанцев иностранным вмешательством во время только что совершенного переворота, и опасаясь снова подвергнуться изгнанию из Казани, хан решил придерживаться новой политики. Он был искренним сторонником России и русских, но страх перед народным восстанием заставил его изменить поведение. В 1502 году все ожидали усиления русских влияний, но действительность показала, что оба правительства, как казанское, так и московское, ошибались и что на этот раз Мухаммед-Эмин обманул их ожидания. Хан в душе принял решение придерживаться антирусской ориентации, но его ум, хитрость и ловкость позволили ему долго скрывать свои замыслы и тщательно подготовить перемену режима. Ему удалось перехитрить такого умного человека, как князь Кель-Ахмед, и так незаметно приготовиться к войне против русских, что об этом русские, жившие в Казани, не подозревали: московское правительство оставалось в полном неведении.
Прежде всего Мухаммед-Эмин устранил Кель-Ахмеда, стоявшего во главе русской партии и руководившего казанским правительством. С ним у хана были давние личные счеты: князь был виновником его низложения в 1495 году, в 1502 году Кель-Ахмед постарался устранить с престола его брата, и теперь от него же можно было ожидать опять неприятностей. Мухаммед-Эмин сумел устранить Кель-Ахмеда от власти, и князь не смог уклониться от удара, направленного в него. Против него было возбуждено какое-то обвинение, он был арестован, осужден и казнен, а может быть, и просто убит по приказанию хана. Правительство Кель-Ахмеда, стоявшее у власти бессменно в течение восьми лет, пало.